problème installation package

Ajouté par Herve Chapuis il y a environ 5 ans

Bonjour à tous,

Je cherche à acquérir des données DAC brutes.

Si je suis en Rstudio server, pas de problème lors de la lecture du fichier.
En revanche si je lance un job sur le serveur de calcul, j'ai un warning.

2: In fread("3257OK.csv", sep = ";", header = TRUE) :
  Some columns have been read as type 'integer64' but package bit64 isn't loaded. Those columns will display as strange looking floating point data. There is no need to reload the data. Just require(bit64) to obtain the integer64 print method and print the data again.

De fait, j'ai un champ "animal" qui est le numéro de transpondeur, une suite de 15 chiffres.
Plus loin je fais bien un

brut$animal<-as.factor(brut$animal)

mais autant ça fonctionne bien en interactif
17 999000000000000 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:46 2.1730 0.640        13
18 999012019251951 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:46 2.1720 0.705        13
19 999012019251951 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:46 2.1725 0.750        13
20 999012019251951 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:47 2.1730 0.785        13

autant c'est (beaucoup) moins bien sur le serveur:
17 4.93571580195405e-309 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:46 2.1730 0.640
18 4.93577518494883e-309 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:46 2.1720 0.705
19 4.93577518494883e-309 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:46 2.1725 0.750
20 4.93577518494883e-309 DAC.ART.DAAMIC107 2019-06-28 08:11:47 2.1730 0.785

La solution pourrait être d'installer le package bit64 pour qu'il soit accessible par la version du serveur de calcul.

Cela ne semble pas être à ma portée.

> install.packages("bit64",dependencies=TRUE)
Installation du package dans \u2018/bao/lib_R3.3.2\u2019
(car \u2018lib\u2019 n'est pas spécifié)
essai de l'URL 'https://ftp.igh.cnrs.fr/pub/CRAN/src/contrib/bit64_0.9-7.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 125539 bytes (122 KB)
==================================================
downloaded 122 KB

* installing *source* package \u2018bit64\u2019 ...
** package \u2018bit64\u2019 correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
mv: impossible de déplacer « /bao/lib_R3.3.2/bit64 » vers « /bao/lib_R3.3.2/00LOCK-bit64/bit64 »: Permission non accordée
Warning in file.copy(f, instdir, TRUE) :
  problème lors de la copie de ./NAMESPACE vers /bao/lib_R3.3.2/bit64/NAMESPACE: Permission non accordée
Warning in file.copy(f, instdir, TRUE) :
  problème lors de la copie de ./NEWS vers /bao/lib_R3.3.2/bit64/NEWS: Permission non accordée
Warning in file(file, if (append) "a" else "w") :
  impossible d'ouvrir le fichier '/bao/lib_R3.3.2/bit64/DESCRIPTION' : Op?ration non permise
Error in file(file, if (append) "a" else "w") : 
  impossible d'ouvrir la connexion
ERROR: installing package DESCRIPTION failed for package \u2018bit64\u2019
* removing \u2018/bao/lib_R3.3.2/bit64\u2019

Les packages source téléchargés sont dans
    \u2018/scratch/hchapuis/RtmpKsKhyT/downloaded_packages\u2019
Warning message:
In install.packages("bit64", dependencies = TRUE) :
  l'installation du package \u2018bit64\u2019 a eu un statut de sortie non nul

Quelqu'un peut-il l'installer ?

Merci.


Réponses (2)

RE: problème installation package - Ajouté par Thierry Coudert il y a environ 5 ans

essayez la commande R350 (qui correspond à la version de R sous Rstudio server)

RE: problème installation package - Ajouté par Herve Chapuis il y a environ 5 ans

Merci !
Cela fonctionne beaucoup mieux.

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