Assemblage de novo du génome de Bambusicola

Ce projet a pour objectif de communiquer et de partager nos expériences sur l’utilisation de Xamarin

Documentation and Help about "How to use https://qgsp.jouy.inra.fr/galaxy"

La défaillance des reines, illustrée notamment par une diminution constatée de leur durée de vie, est une des causes des fortes mortalités de colonies constatées de manière récurrente par la filière apicole. Pour autant, il n’existe pas d’indicateurs fiables et simples d’utilisation permettant de prédire la qualité d’une reine et donc de progresser sur ce critère. Ce projet vise donc à développer puis à tester la pertinence d’indicateurs de qualité des reines qui soient automatiques et non destructifs pour la reine. Pour cela deux pistes seront suivies : (i) le développement d’un système pour mesurer l’activité de la reine dans sa colonie via une technologie de type RFID (ii) l’estimation des relations entre des indicateurs potentiels (activité de la reine, dynamique de colonie, poids des reines, polyandrie) et la qualité des reines, estimée par les performances des colonies (production, sanitaire, longévité). La pertinence des indicateurs sera évaluée par un suivi exhaustif de deux lots de ruches situées dans des environnements différents....

Le projet CTIG-Environnement pour l’utilisateur est l'espace où trouver de l'information concernant les serveurs, logiciels, services et bases de données du CTIG. Celle ci est organisée en sous-projets : l'environnement de base, l’environnement de développement, le cluster et les commandes Linux....

NEMO¶

Three-dimensional fluorescence in situ hybridization (3D-FISH) is used to study the organization and the positioning of chromosomes or specific sequences such as genes or RNA in cell nuclei. Many different programs (commercial or free) allow image analysis for 3D-FISH experiments. One of the more efficient open-source programs for automatically processing 3D-FISH microscopy images is Smart 3D-FISH, an ImageJ plug-in designed to automatically analyze distances between genes. One of the drawbacks of Smart 3D-FISH is that it has a rather basic user interface and produces its results in various text and image files thus making the data post-processing step time-consuming. We developed a new Smart 3D-FISH graphical user interface, NEMO, which provides all information in the same place so that results can be checked and validated efficiently. NEMO give users the ability to drive their experiments analysis in either automatic, semi-automatic or manual detection mode. We also tuned Smart 3D-FISH to better analyze chromosome territories....

e-training bioinformatics logs analysis

Logiciel de calcul des valeurs énergétiques, protéiques et minérales des aliments du porc

- Création d'un projet fictif avec une arborescence SVN
- Support de formation

Pour aider au tuilage de la base de données et de tous les outils autour de Sicpa Ovins-Caprins (Geedoc)

Cette Forge peut-être utilisée, selon les besoins, pour tous les travaux liés au projet européen GenTore

Glint is a general purpose nucleic acid sequence aligner.

It is is based on a seed-and-extend alignment approach.
The glint sofwtare is extensively used by the Narcisse genome browser (http://narcisse.toulouse.inra.fr, [1])

Initially designed to compare large genomes it handles now different alignment ...

hapflk is a software implementing the hapFLK [1] and FLK [2] tests for the detection of selection signatures based on multiple population genotyping data.

See "Wiki" tab for documentation and a tutorial

See "Files" tab for software download

See "Documents" tab for downloading the tutorial and utility scripts....

Outil d’analyse des performances et d’évaluation des stratégies alimentaires et des besoins nutritionnels pour des porcs en croissance et des truies en reproduction

Ce projet vise à fournir un ensemble d'outils pour faciliter le développement en C# sous Windows Mobile. Ces outils sont développés a partir du Framework .Net 3.5 Compact Framework qui est donc indispensable à leur utilisation.
Ce kit d'aide au développement comporte 3 sous projets : ...

The use of Linkage Disequilibrium (LD) greatly increased over the last decades. It has become a classical tool for the detection of QTL by using fine-mapping methods (Meuwissen and Goddard, 2000; Boitard et al. 2006) or genome-wide association studies (Hayes et al. 2009, Pausch et al. 2011). LD is also the key point of the genomic selection (Meuwissen et al. 2001). Finally LD is also used for studying the population histories, for instance to evaluate the evolution of the population sizes over the time (Hayes et al. 2003) or the effects of natural and artificial selection through the identification of selective sweeps (Fan et al. 2010). Simulations are necessary to evaluate the new methods that can be developed for any method using LD....

This project provides R scripts implementing the local score approach, which aims at detecting significant regions in a genome sequence by the cumulation of single marker p-values. These scripts were developed by Fariello et al (2017) for the detection of genomic regions under adaptive selection using a between population differentiation (Fst like) approach, but they can be applied to any other type of study for which single-marker p-values along the genome are available....

Kit de Survie: logiciel pour les analyses de survie

Application Web du projet MARGAU Porcins

Author : S. De Givry, INRA

MendelSoft is an open source software which detects marker genotyping incompatibilities (Mendelian errors only) in complex pedigrees using weighted constraint satisfaction techniques. The input of the software is a pedigree data with genotyping data at a single locus. The output of the software is a list of individuals for which the removal of their genotyping data restores consistency. This list is of minimum size when the program ends. ...

Metamap software to extract robust maps obtained with the carthagene mcmc command.
Methodology underlying the software is described in :

Statistical confidence measures for genome maps: application to the validation of genome assemblies.
Servin B, de Givry S, Faraut T. Bioinformatics. 2010 Dec 15;26(24):3035-42....

Gestion des mises bas pour petits ruminants, en Wifi sur PDA.

This package estimates the effective population sizes from actual (present - sampling date) to ancestral time with a coalescent approach. This program uses microsatellites data.
See wiki for more detailed information.

Citing Articles:
-Nikolic N, Chevalet C 2014. Detecting past changes of effective population size. Evolutionary Applications. DOI: 10.1111/eva.12170...

Ce projet englobe la documentation de deux programmes utilisés pour peser des animaux avec une plateforme de pesées (TEO-BALEA) reliée par Bluetooth à un PDA.

1) Le programme PC qui permet de préparer un chantier de pesées et de récupérer les données.
...

This projects provides three related Python programs :

- Freq-hmm estimates the allele frequency spectrum and detects selective sweeps using allele frequency data for a sample of individuals from the same population. It implements the HMM method of Boitard et al (2009)....

This project provides python and R scripts allowing to estimate population size histories from large samples of genome wide SNP data using approximate Bayesian computation (ABC), as described in:

S. Boitard, W. Rodríguez, F. Jay, S. Mona and F. Austerlitz (2016). Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach. PLoS Genet 12(3): e1005877. http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1005877...

Workflow qui permet à partir du fichier au formart du CNG de verifier le typage via l outil MendelSoft

Implémentation d'un algorithme Bayes C (Kizilkaya et al.) OpenMP

GS3 is a program that estimates fixed and random effects, breeding values and SNP effects for genomic selection. It includes normal, mixture, or double exponential distributions for SNP effects, i.e. GBLUP, the so-called BayesCPi, and the Bayesian Lasso. It allows estimation of the variances and effects of SNPs, polygenic and environmental effects, and also the inclusion of heterogeneous variances as for the analysis of DYD's. As of December 2010, the software has been rewritten to allow for more user-friendly data files; as of August 2011, the Bayesian Lasso has been included....

Implementation d'un GWAS utilisant le Controle de l'erreur de premiere espece par Muller

QTLMap is a software dedicated to the detection of QTL from experimental designs in outbred population. QTLMap software is developed by the Animal Genetics Division at INRA (French National Institute for Agronomical Research). The statistical techniques used are linkage analysis (LA) and linkage disequilibrium linkage analysis (LDLA) using interval mapping. Different versions of the LA are proposed from a quasi Maximum Likelihood approach to a fully linear (regression) model. The LDLA is a regression approach (Legarra and Fernando, 2009). The population may be sets of half-sib families or mixture of full- and half- sib families. The computations of Phase and Transmission probabilities are optimized to be rapid and as exact as possible. QTLMap is able to deal with large numbers of markers (SNP) and traits (eQTL)....

SparseMethods4Snp implemente deux méthodes "sparses" :

Pls4Snp implémente des fonctionnalités pour l'évaluation génomique utilisant les régressions PLS/Sparse-PLS décrites dans la thèse de Carine Colombani Modèle de prédiction pour l'évaluation génomique des bovins laitiers....

RobPower is a R Program to compute algebric formulaes in references to the
article "Inuence of population structure on power and robustness of current
association mapping tests" by S. Teyssèdre, J-M Elsen and A. Ricard.

Authors¶

• S. Teyssedre...

Multiplexeur de ports séries RS232.

Espace de partage d'information et de documentation du projet ANR Rules & Tools : Méthodes statistiques pour la dissection de la variabilité des caractères à l’aide de puces SNP

Implémentation en C++ de la régression à noyaux + bootstrap & Cie

This project provides fortran scripts allowing to run single- and multiple-trait structured antedependence models with ASReml for studying data with repeated measurements.

L'objectif de ce programme est de détecter des discordances de génotypages entre deux fichiers de génotype.

Sélection d'un panel de SNP basse densité pour imputation de génotype haute densité.
Sélection basée sur le déséquilibre de liaison entre SNP.

SV detection with long reads

SICPA Poissons Installation est le support de diffusion des logiciels, produits dans le cadre du projet SICPA Poissons.

L'objectif de SIDEx est de fournir un outil informatique capable de gérer, dans la durée, les protocoles de recherche et les expérimentations animales issues de ces protocoles. Cela signifie que les outils fournis permettent de formaliser un protocole et assurent le suivi des différents niveaux de validation mis en jeu durant son cycle de vie. De plus, il intègre l'utilisation de systèmes embarqués pour assurer la collecte des données dans les élevages en mettant en oeuvre des processus de vérification adaptés. SIDEx est un projet qui s'insère dans le processus de démarche qualité mis en oeuvre à l'INRA. ...

Je mets ici les documents technique pour faire la transmission à Pierre Blavy pour reprendre le projet SIVOL

WebServices pour les autres SI (Sicpa Sanitaire, Sicpa Alimentation and Co)

ncRNA workflow for Galaxy

Projet Station QM - 2020-2022
Passage en modèle animal - single step - test de scénarios

Développement d'un pipeline de détection de CNV

Logiciel de gestion des animaux et des marqueurs de type microsatellites.
Logiciel développé sous 4D dans les années 1990.

This program DemoDivMS is designed to predict the genetic diversity at a microsatellite DNA marker, in a finite population, for various mutation models and for variable population size.
The program is very quick. It is written in Fortran and makes use of NAG numerical routines. It creates small files of the order of 50Ko....

Authors¶

• M. San Cristobal, INRA
• C. Chevalet, INRA
• G. Laval, UP Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur, Paris, France

Description¶

The program DistMiss computes a matrix of genetic distances between populations on the basis of their allele frequencies at L loci....

Documenter l'utilisation de la Forge DGA et assurer le support utilisateur.
N'hésitez pas à faire une nouvelle demande ou à poser une question sur le forum...

Ce projet propose un thème beamer simple reproduisant la nouvelle charte graphique de l'INRA.

Vous pouvez télécharger l'archive de ce thème ici