Projets

  • Bambusicola

    Assemblage de novo du génome de Bambusicola

  • QGSP Users

    Documentation and Help about "How to use https://qgsp.jouy.inra.fr/galaxy"

  • CIReine

    La défaillance des reines, illustrée notamment par une diminution constatée de leur durée de vie, est une des causes des fortes mortalités de colonies constatées de manière récurrente par la filière apicole. Pour autant, il n’existe pas d’indicateurs fiables et simples d’utilisation permettant de prédire la qualité d’une reine et donc de progresser sur ce critère. Ce projet vise donc à développer puis à tester la pertinence d’indicateurs de qualité des reines qui soient automatiques et non destructifs pour la reine. Pour cela deux pistes seront suivies : (i) le développement d’un système pour mesurer l’activité de la reine dans sa colonie via une technologie de type RFID (ii) l’estimation des relations entre des indicateurs potentiels (activité de la reine, dynamique de colonie, poids des reines, polyandrie) et la qualité des reines, estimée par les performances des colonies (production, sanitaire, longévité). La pertinence des indicateurs sera évaluée par un suivi exhaustif de deux lots de ruches situées dans des environnements différents....

  • CTIG-Environnement pour l’utilisateur

    Le projet CTIG-Environnement pour l’utilisateur est l'espace où trouver de l'information concernant les serveurs, logiciels, services et bases de données du CTIG. Celle ci est organisée en sous-projets : l'environnement de base, l’environnement de développement, le cluster et les commandes Linux....

  • Nemo

    NEMO

    Three-dimensional fluorescence in situ hybridization (3D-FISH) is used to study the organization and the positioning of chromosomes or specific sequences such as genes or RNA in cell nuclei. Many different programs (commercial or free) allow image analysis for 3D-FISH experiments. One of the more efficient open-source programs for automatically processing 3D-FISH microscopy images is Smart 3D-FISH, an ImageJ plug-in designed to automatically analyze distances between genes. One of the drawbacks of Smart 3D-FISH is that it has a rather basic user interface and produces its results in various text and image files thus making the data post-processing step time-consuming. We developed a new Smart 3D-FISH graphical user interface, NEMO, which provides all information in the same place so that results can be checked and validated efficiently. NEMO give users the ability to drive their experiments analysis in either automatic, semi-automatic or manual detection mode. We also tuned Smart 3D-FISH to better analyze chromosome territories....

  • Formation Subversion

    - Création d'un projet fictif avec une arborescence SVN
    - Support de formation

  • Glint

    Glint is a general purpose nucleic acid sequence aligner.

    It is is based on a seed-and-extend alignment approach.
    The glint sofwtare is extensively used by the Narcisse genome browser (http://narcisse.toulouse.inra.fr, [1])

    Initially designed to compare large genomes it handles now different alignment ...

  • hapflk

    hapflk is a software implementing the hapFLK [1] and FLK [2] tests for the detection of selection signatures based on multiple population genotyping data.

    See "Wiki" tab for documentation and a tutorial

    See "Files" tab for software download

    See "Documents" tab for downloading the tutorial and utility scripts....

  • Kit de développement C sharp

    Ce projet vise à fournir un ensemble d'outils pour faciliter le développement en C# sur PC. Ces outils sont développés a partir du Framework .Net 3.5 qui est donc indispensable à leur utilisation.
    Ce kit d'aide au développement comporte 3 sous projets :
    ...

  • Kit de développement C sharp mobile

    Ce projet vise à fournir un ensemble d'outils pour faciliter le développement en C# sous Windows Mobile. Ces outils sont développés a partir du Framework .Net 3.5 Compact Framework qui est donc indispensable à leur utilisation.
    Ce kit d'aide au développement comporte 3 sous projets : ...

  • Local score

    This project provides R scripts implementing the local score approach, which aims at detecting significant regions in a genome sequence by the cumulation of single marker p-values. These scripts were developed by Fariello et al (2017) for the detection of genomic regions under adaptive selection using a between population differentiation (Fst like) approach, but they can be applied to any other type of study for which single-marker p-values along the genome are available....

  • The Survival Kit

    Kit de Survie: logiciel pour les analyses de survie

  • MARGAU Porcins Web

    Application Web du projet MARGAU Porcins

  • metamap

    Metamap software to extract robust maps obtained with the carthagene mcmc command.
    Methodology underlying the software is described in :

    Statistical confidence measures for genome maps: application to the validation of genome assemblies.
    Servin B, de Givry S, Faraut T. Bioinformatics. 2010 Dec 15;26(24):3035-42....

  • Mise bas PDA

    Gestion des mises bas pour petits ruminants, en Wifi sur PDA.

  • Pesees PDA

    Ce projet englobe la documentation de deux programmes utilisés pour peser des animaux avec une plateforme de pesées (TEO-BALEA) reliée par Bluetooth à un PDA.

    1) Le programme PC qui permet de préparer un chantier de pesées et de récupérer les données.
    ...

  • Pool-HMM & Freq-HMM

    This projects provides three related Python programs :

    - Freq-hmm estimates the allele frequency spectrum and detects selective sweeps using allele frequency data for a sample of individuals from the same population. It implements the HMM method of Boitard et al (2009)....

  • PopSizeABC

    This project provides python and R scripts allowing to estimate population size histories from large samples of genome wide SNP data using approximate Bayesian computation (ABC), as described in:

    S. Boitard, W. Rodríguez, F. Jay, S. Mona and F. Austerlitz (2016). Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach. PLoS Genet 12(3): e1005877. http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1005877...

  • CheckCNGTyp

    Workflow qui permet à partir du fichier au formart du CNG de verifier le typage via l outil MendelSoft

  • GABayes

    Implémentation d'un algorithme Bayes C (Kizilkaya et al.) OpenMP

  • GS3

    GS3 is a program that estimates fixed and random effects, breeding values and SNP effects for genomic selection. It includes normal, mixture, or double exponential distributions for SNP effects, i.e. GBLUP, the so-called BayesCPi, and the Bayesian Lasso. It allows estimation of the variances and effects of SNPs, polygenic and environmental effects, and also the inclusion of heterogeneous variances as for the analysis of DYD's. As of December 2010, the software has been rewritten to allow for more user-friendly data files; as of August 2011, the Bayesian Lasso has been included....

  • GWAS - Muller

    Implementation d'un GWAS utilisant le Controle de l'erreur de premiere espece par Muller

  • QTLMap

    QTLMap is a software dedicated to the detection of QTL from experimental designs in outbred population. QTLMap software is developed by the Animal Genetics Division at INRA (French National Institute for Agronomical Research). The statistical techniques used are linkage analysis (LA) and linkage disequilibrium linkage analysis (LDLA) using interval mapping. Different versions of the LA are proposed from a quasi Maximum Likelihood approach to a fully linear (regression) model. The LDLA is a regression approach (Legarra and Fernando, 2009). The population may be sets of half-sib families or mixture of full- and half- sib families. The computations of Phase and Transmission probabilities are optimized to be rapid and as exact as possible. QTLMap is able to deal with large numbers of markers (SNP) and traits (eQTL)....

  • SparseMethods4Snp

    SparseMethods4Snp implemente deux méthodes "sparses" :

    Pls4Snp implémente des fonctionnalités pour l'évaluation génomique utilisant les régressions PLS/Sparse-PLS décrites dans la thèse de Carine Colombani Modèle de prédiction pour l'évaluation génomique des bovins laitiers....

  • Rules & Tools

    Espace de partage d'information et de documentation du projet ANR Rules & Tools : Méthodes statistiques pour la dissection de la variabilité des caractères à l’aide de puces SNP

  • Régression à Noyaux

    Implémentation en C++ de la régression à noyaux + bootstrap & Cie

  • SAD

    This project provides fortran scripts allowing to run single- and multiple-trait structured antedependence models with ASReml for studying data with repeated measurements.

  • Select SNP 4 Imputation

    Sélection d'un panel de SNP basse densité pour imputation de génotype haute densité.
    Sélection basée sur le déséquilibre de liaison entre SNP.

  • SICPA Poissons Installation

    SICPA Poissons Installation est le support de diffusion des logiciels, produits dans le cadre du projet SICPA Poissons.

  • SIDEx

    L'objectif de SIDEx est de fournir un outil informatique capable de gérer, dans la durée, les protocoles de recherche et les expérimentations animales issues de ces protocoles. Cela signifie que les outils fournis permettent de formaliser un protocole et assurent le suivi des différents niveaux de validation mis en jeu durant son cycle de vie. De plus, il intègre l'utilisation de systèmes embarqués pour assurer la collecte des données dans les élevages en mettant en oeuvre des processus de vérification adaptés. SIDEx est un projet qui s'insère dans le processus de démarche qualité mis en oeuvre à l'INRA. ...

    • SICPA SIDExTRACT

      SIDExTRACT est un programme python qui permet d'extraire des données depuis la base SIDEx. Il est destiné aux extractions de grandes quantité de données qui ne peuvent pas être réalisées depuis le logiciel windows, en raison de leur durée (plusieurs heures). De ce fait, SIDExTRACT doit être exécuté depuis une machine du CTIG (ex : dga12). Il génère un fichier .dat qui peut ensuite être importé dans SAS, pour analyse....

  • GEEDOC

    Gestion des Elevages Expérimentaux Ovins et Caprins

    Geedoc est un système d’information développé spécifiquement pour les Unités Expérimentales (UE) INRA du département de Génétique Animale gérant des ovins ou des caprins. Depuis quelques années, ce système est mis à la disposition des UE de PHASE qui le souhaitent. Cet outil comprend une base de données hébergées sur un serveur centralisé au CTIG (Centre de Traitement des Informations Génétiques), une interface ‘cliente’ pour mettre à jour et consulter les données, et des applications terrains embarquées sur des boîtiers de saisie portable. Développés en lien avec tous les utilisateurs, Geedoc et ses applications terrains associées facilitent et sécurisent la saisie puis la gestion de très nombreuses données issues de ces élevages expérimentaux. Ils permettent également aux unités d’avoir un suivi quotidien des animaux grâce à une interface conviviale et de multiples possibilités de synthèses sur leurs troupeaux. Les données générées concernent toute la carrière des animaux de leur naissance (Mise Bas) à leur abattage ou réforme. Toutes les données liées à la reproduction, mise en lot de lutte, pose et retrait d’éponges, endoscopies, plan d’accouplement, prélèvement des mâles, saillies (lutte, insémination animale ou transfert d’embryon), diagnostic de gestation, prévision de mise bas, mise bas sont intégrées. Toutes les opérations de mesures (pesées des animaux, notes d’état corporelles, données d’abattage) peuvent être enregistrées. Les pesées se font en général via les automates de pesées Baléa (ComAGPA et Téo). Il est possible de noter tous les mouvements d’animaux entre élevages ou dans l’élevage en gérant les animaux par lots physiques, par lots expérimentaux. Vous pouvez également stocker les génotypages tels PRP, caséine alpha S1 ou autre, vous pouvez créer des lignées divergentes. Pour les élevages en production laitière, vous pouvez enregistrer toutes données de traite ainsi que les résultats d’analyse (TB, TP, CCS, Urée), les données venant des spectres MIR, les débits de lait, les palpations, les pointages de mamelles et les données liées au tank. Pour tous les élevages en lien avec les bases nationales, vous pouvez exporter les animaux pour ces bases : SIECL pour les caprins-lait, SIEOL pour les ovins-lait, OVALL pour les ovins-viande. Vous pouvez également exporter les données vers Sidex (Systèmes d'Informations de Données Expérimentales). Les données sanitaires qui étaient gérées dans Geedoc sont maintenant gérées dans CaSaME (Carnet Sanitaire Multi-Espèces)....

    • Aladin_IntraBois

      Passage des données de Aladin à Geedoc pour les animaux IntraBois

    • Geedoc_PMM

      Logiciel de saisie des pointages de mamelles sur PDA.
      Cette application a été demandé par les animaliers de La Fage travaillant sur le troupeau laitier et notamment David Portes, responsable de l'équipe "Lait".

    • Geedoc_Saillie

      Saisie sur PDA des saillies (Ia ou Lutte en Main ou Lutte controlée).

    • GeedocMobile

      Application terrain permettant de saisir les Nec, les DG, les endoscopies et les sorties d'animaux sur PDA.

    • GeedocWebServices

      Webservices pour les autres SI Sicpa Sanitaire, Sicpa Alimentation

    • Mise Bas

      Application terrain développée par Edmond Ricard.

      Permet de saisir les mises bas pour les ovins/caprins sur le terrain à partir d'un boîtier de saisie durci de type PDA.
      Ce PDA doit être connecté en Wifi à une base de données locale qui est en MySQL sur une serveur linutop....

  • SivolWebServices

    WebServices pour les autres SI (Sicpa Sanitaire, Sicpa Alimentation and Co)

  • sRNA-PlAn

    ncRNA workflow for Galaxy

  • SVPipeline

    Développement d'un pipeline de détection de CNV

  • Gemma

    Logiciel de gestion des animaux et des marqueurs de type microsatellites.
    Logiciel développé sous 4D dans les années 1990.

  • Documentation Forge

    Documenter l'utilisation de la Forge DGA et assurer le support utilisateur.
    N'hésitez pas à faire une nouvelle demande ou à poser une question sur le forum...

  • Theme beamer INRA

    Ce projet propose un thème beamer simple reproduisant la nouvelle charte graphique de l'INRA.

    Vous pouvez télécharger l'archive de ce thème ici

Formats disponibles : Atom