Erreur sur chargement librairie xlsx via qsub

Added by Arnaud Delpeuch about 3 years ago

Bonjour,
J'utilise cette librairie qui fonctionne trés bien avec R studio mais lorsque je veux l'utiliser avec qsub j'ai cette erreur

library(xlsx)

Erreur : package or namespace load failed for \u2018xlsx\u2019:
.onLoad a échoué dans loadNamespace() pour 'rJava', détails :
appel : dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
erreur : impossible de charger l'objet partagé '/bao/lib_R3.5.0/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: Ne peut ouvrir le fichier d'objet partagé: Aucun fichier ou dossier de ce type
Exécution arrêtée

Que dois-je faire pour y remédier ?

Merci d'avance.


Replies (3)

RE: Erreur sur chargement librairie xlsx via qsub - Added by Remi Resmond about 3 years ago

Bonjour,
Une réponse partielle : au lieu du package "xlsx", utiliser "openxlsx" qui n'a aucune dépendance. "xlsx" a besoin du package "rJava", qui a lui même besoin de Java.
Bonne journée

RE: Erreur sur chargement librairie xlsx via qsub - Added by Axel Michel about 3 years ago

Il faudrait essayer de rajouter la ligne suivante dans le script sge avant la commande R350

export LD_LIBRARY_PATH=/bao/R/spec/lib:$LIBRARY_PATH:/bao/R/3.5.0/lib64/R/lib:/usr/lib/jvm/jre-1.7.0-openjdk.x86_64/lib/amd64/server

Il y a une différence de config entre dga20 et le cluster.

RE: Erreur sur chargement librairie xlsx via qsub - Added by Arnaud Delpeuch about 3 years ago

Merci pour vos retours !
Les 2 fonctionnent parfaitement

(1-3/3)