Aides à la programmation¶

Informations données par Vincent Ducrocq¶

Pour la résolution d'un grand nombre de problèmes statistiques et informatiques

• Guide to Available Mathematical Software : http://gams.nist.gov/
• GNU scientific library : http://www.gnu.org/software/gsl/
• numerical methods : http://tonic.physics.sunysb.edu/docs/num_meth.html
• collection of mathematical software, papers, and databases : http://www.netlib.org/

Résolution de systèmes linéaires

• un must, excellent : http://www.netlib.org/utk/people/JackDongarra/la-sw.html
• Computational Routines : http://www.cs. colorado .edu/~jessup/lapack/routines.html

Logiciels d'optimisation

• decision tree : http://plato.asu.edu/guide.html
• http://www.optimization-online.org/links.html
• http://trilinos.sandia.gov/packages/

Autres logiciels

• programmes de Ignacy Misztal : http://nce.ads.uga.edu/html/projects/FAQ.html

Fortran

• Language Fortran

NAG¶

Librairie de routines Fortran : http://www.nag.co.uk/

Utilisation¶

Version Mark 22 en production¶

Le manuel NAG pour la librairie fortran en ligne : http://www.nag.co.uk/numeric/fl/nagdoc_fl22/html/FRONTMATTER/manconts.html
Le manuel NAG dans d'autres formats : http://www.nag.co.uk/numeric/fl/fldocumentation.asp

Version Mark 24 en test¶

08/08/2013 : NAG Mark 24 est disponible pour des tests sur dga12, dga18 et dga11.
Si vous ne spécifiez pas le chemin de la librairie NAG dans vos scripts, il faudra exécuter la commande suivante pour se mettre dans l'environnement NAG Mark24 : source nag_env_mark24
et pour revenir dans l'environnement Nag Mark 22, il faudra passer la commande suivante : source nag_env_mark22

Si vous spécifiez le chemin de la librairie NAG dans vos scripts, celui de la Mark24 est le suivant :
/opt/NAG/fll6i24dcl/lib

Manuel de la Mark 24 : http://www.nag.co.uk/numeric/FL/nagdoc_fl24/html/FRONTMATTER/manconts.html
Nouveautés de la Mark 24 : http://www.nag.co.uk/numeric/FL/nagdoc_fl24/html/GENINT/news.html

Accès au support technique¶

Pour des questions d’administration des licences, d’installation, etc., mais aussi pour des questions et des conseils d’utilisation, un seul point d’entrée : support@nag.co.uk.

Partage de codes utilisant NAG avec le monde académique (ou dans le cadre de partenariats non commerciaux)¶

Les codes devront être transmis sous la forme d’exécutables uniquement avec la Librairie NAG linkée en statique (utilisation des lib *.a et non *.sl ou *.so). Pour plus de détails merci de contacter ctig.systeme@dga.jouy.inra.fr .

09/07/13 - Présentation de NAG¶

NAG FR INRA Juillet 2013.pdf --> présentation générale et technique des outils NAG (par M. Cassier notre interlocuteur NAG).

Compléments à la présentation¶

Composants de datamining NAG¶

C’est un produit qui n'est plus développé mais qui peut toujours être utilisé. Plus de détails sur les fonctionnalités proposées à : http://www.nag.co.uk/numeric/DR/DRdocumentation.asp. Il est accessible via une interface C.

Pour les nouvelles fonctionnalités statistiques, celles-ci sont ajoutées à la Librairie NAG.

Interfaçage avec d’autres outils (Python, R, Java, etc.)¶

Des papiers techniques, des exemples, des interfaces (complètes ou non) sont disponibles depuis http://www.nag.co.uk/languages-and-environments

La différenciation algorithmique¶

Informations concernant la différenciation algorithmique : la méthode alternative à la différence finie qui permet de calculer les dérivées exactes d’une fonction (typiquement dans un programme Fortran ou C/C++) de manière performante. Concrètement cette méthode permet de régler les deux problèmes inhérents à la différence finie : l’approximation des calculs (ce qui peut conduire par exemple à des soucis de convergence lors d’un calcul d’optimisation) et des performances qui peuvent être très affectées en cas d’un nombre de variables d’entrée élevé.
Pour une présentation technique sur le sujet : http://www.nag.co.uk/market/events/AD_intro_engineering_jan_2013.pdf

30/05/2013 - les libraires fortran SMP retirées sur dga12 et dga18¶

Suite au conseil des utilisateurs du 6 mai, la bibliothèque permettant la parallélisation n'est plus fournie sur dga12 et dga18, les options de compilation/link concernant la parallélisation ne sont donc plus prises en comptes ( openmp ).

Il faut refaire un link de vos programmes :
L'option -l nagsmp doit être remplacée par -l nag_nag

Le nom des routines appelées n'a pas changée.
Le nouveau chemin de la librairie : /opt/NAG/fll6i22dcl