Utilitaires¶

htop¶

Suivi d'un job en train de tourner sur DGA20.

Pour suivre le déroulement d'un job sur DGA20 en interactif pour voir par exemple son utilisation de la mémoire, vous pouvez taper htop -u identifiantldap (ou faire la même chose par le menu Applications/OutilsSystème/htop).
Si comme Clochix, vous avez déjà utilisé cette commande mais n'avez pas pris le temps de lire la notice, vous serez peut être intéressé de savoir qu'il existe un moyen de suivre les échanges de votre job avec le système pour essayer de comprendre ce qui prend de la CPU: pour cela, il faut sélectionner le job que l'on veut suivre et taper sur la touche "s".
Pour d'autres infos sur htop, voici la page de clochix ([[http://www.clochix.net/post/2009/02/10/htop-et-compagnie]])

SGE¶

L’ordonnanceur utilisé pour soumettre des jobs de calcul sur le cluster est SGE (Son of Grid Engine). Son rôle essentiel est de permettre à plusieurs utilisateurs simultanés une utilisation efficace des resources de calcul (processeurs et mémoire) des noeuds d'une machine multiprocesseur à travers une interface usager simplifiée.

Le mode d'emploi pour dga12 est dans la paragraphe 4 du document : Fiche technique dga12 .

qinfo: Bilan à posteriori sur des jobs lancés par SGE sur le cluster et Synthèse des jobs en cours¶

(si remarque ou probleme, contactez eric.venot@inra.fr)

Pour obtenir des informations (notamment sur l'utilisation maximale de mémoire!) sur un ou plusieurs jobs lancés par SGE sur le cluster, la commande qinfo est disponible.

En tapant qinfo sans parametre dans un terminal, vous obtiendrez un mode d'emploi succinct sur cette commande et plus particulièrement la façon de la lancer.

Il existe 3 options:

1. qinfo -n permet d'obtenir une synthese des differents jobs en cours sur DGA-CLUSTER,

2. qinfo -u ldapctig (-d MM/AAAA) permet d'obtenir la liste des jobs soumis par un utilisateur spécifique dans le mois en cours (voir option -d ci-dessous sinon), avec les temps de traitement et la mémoire maximum utilisée pour chaque process,

3. qinfo -j numero-du-job _(-d MM/AAAA) permet d'obtenir une description plus détaillée pour le job réalisé pendant le mois en cours (voir option -d et/ou -t ci-dessous sinon).

-d MM/AAAA permet de demander des informations sur un mois precedent (jusqu a 11 mois plus tôt). Option a ajouter a la suite des options -u ou -j.
-t numero_tache permet de demander des informations sur une tache specifique d un job lancé en qarray. Option a utiliser avec -j dans le cas d un lancement en qarray).

Point important: qinfo donne le maximum de mémoire utilisé par un job. Cette information peut vous permettre de mieux renseigner l'option -l h_vmem = X G lors du lancement avec SGE d'un job qui utilise plus de 4G de mémoire.

Rappel: lorsque vous indiquez -l h_vmem=100G, 100G de mémoire vont être bloqués par SGE sur la machine concernée pendant toute la durée de votre job, ce qui peut bloquer le lancement des autres jobs soumis par d'autre utilisateurs!! Avec l'information donnée par qinfo, vous pouvez adapter au mieux la mémoire mobilisée sur les machines pour la bonne execution de votre job sans bloquer les autres utilisateurs.

Rappel: lorsque vous indiquez -l h_vmem=30G et que vous voulez utiliser l'environnement openmp (parallélisation) avec 8 threads, la mémoire réellement réservée ne sera pas de 30 Go mais de 8x 30 Go soit 240 Go.

Remarque 1: dans le cas d'un lancement en qarray, un numéro de process peut renvoyer à plusieurs jobs que l'on peut distinguer par la taskid. Dans ce cas, si vous souhaitez plus d'information sur un process lancé avec un qarray, qinfo vous demandera de sélectionner la taskid à considérer.

Remarque 2: qinfo ne fait qu'une interprétation de la commande qacct disponible sur Linux.

nedit¶

éditeur syntaxique (fortran,C, ... )

Se lance à partir du bureau en cliquant sur un fichier (si nedit est l'éditeur par défaut) ou par la commande nedit suivie du nom du fichier.

Documentation accessible par le bouton "Help" de l'éditeur ou http://dgasp1.jouy.inra.fr:49213/doc_ctig/editeurs/nedit.html

Emacs¶

Emacs est une famille d'éditeurs de texte disposant d'un ensemble extensible de fonctionnalités et qui est très populaire parmi les programmeurs et plus généralement les personnes ayant des compétences techniques sur les ordinateurs.
La suite sur http://fr.wikipedia.org/wiki/Emacs

Se lance par la commande : emacs

Documentation : emacs-meumeu.pdf

Le package ESS d'emacs est installé sur dga12.
ESS provides an intelligent, consistent interface between the user and the software. ESS interfaces with S-PLUS, R, SAS, BUGS and other statistical analysis packages under the Unix, Microsoft Windows, and Apple Mac OS operating systems.