Spécifications générales

Révision du document de anne

Date
algorithme_15_08.doc calcul moyenne et ecart type des beta i
29/07/2010 les genotypes manquants et option tirage ou non de PI
07/06/2010 creation

Spécifications détaillées

Description des modules

Les sources se trouvent dans le répertoire src. Il y a 6 modules (5 fortran, 1 C++) et un programme principale :

  • main.f95 : programme principale exécutant plusieurs processus (nombre de chaine)
  • mod_struct.f95 : module contenant les constantes et les structures de données du programme
  • mod_lecture.f95 : routines pour la lecture des données
  • mod_random.f95 : interface d'appel des routines de génération aléatoire dans des lois CHI2,Normal,Uniforme et beta
  • mod_calcul.f95 : algorithme du bayes C pi

Structure de données

Type DATASET

Description du jeu de donnees

  • na : nombre d'animaux
  • nmk : nombre de marqueurs
  • y : vecteur des performances (dimension : na)
  • x : vecteur de typage 0 pour aa 1 pour Aa 2 pour AA (dimension : na,nmk)
  • availXAnim : tableau de booleen (dimension na,nmk) pour la presence d un genotype d'un individu au marqueur
  • availXProb : tableau de booleen (dimension nmk) pour la presence d'au moin un genotype manquant au marqueur
  • probGenotypeCase : probabilite d'obtenir un genotype -1, 0 ou 1.

probGenotypeCase est calculé seulement si availXProb est a faux au marqueur i.

Type Solution


Description de l'estimation / solution

  • mu : moyenne generale
  • beta : vecteur des effets (dimension : nmk)
  • deltaOne : (dimension : nmk) : vecteur de presence de l effet (1 ou 0)
  • vare : variance residuelle
  • varbeta : variance des effets SNP
  • pi : pi
  • nbloci : nombre de locus pris en compte (somme des delat i)

Type DistributionParameter

Stockage des solutions.

  • Nb : nombre de points
  • allVare : liste des variances residuelles.
  • AllVarbeta : liste des variances genetiques
  • allPi : liste des valeurs de Pi

algorithme_15_08.doc (362 ko) Olivier Filangi, 02/08/2011 11:58

workflow.png (89,209 ko) Olivier Filangi, 02/08/2011 11:58