Guide Utilisateur

Exécution

Format d 'entrée : il y a 2 possibilités :
  • même format qu'accepte le script R du bayes C : 1 fichier contenant les lignes suivantes,
    • <ID> <PERF real > <SEXE 1|2> <MARK1 -1|0|1>
  • format qtlmap :
    • fichier de phenotype : <ID> <PERF real>
    • fichier de gentype : <ID> <MARK1 AL1 1|2 > <MARK1 AL1 1|2>....

les fichiers exemples se trouvent dans le repertoire sample
execution du programme :

gabayes <fichier_parametre> <v>
>$GABAYESDIR/build/gabayes p_analyse 
pour avoir un detail (estimation a chaque cycle)
>$GABAYESDIR/build/gabayes p_analyse v

Construction du fichier de paramètre

p_analyse est un fichier paramètres ou plusieurs clefs peuvent être définis.

in_numanim Nombre d animaux
in_nummark Nombre de marqueurs
in_pheno_and_genotype Fichier de performance et de typage (Format 1)
in_trait Fichier de performance (Format 2)
in_genotype Fichier de genotype (Format 2)
out_output Fichier de sortie resultat
in_vara Variance genetique total initiale
in_vare Variance residuelle initiale
in_pi Valeur de Pi initiale
in_random_pi Si vrai tire une nouvelle valeur de Pi durant chaque cycle
in_nubeta Value de nubeta (degree de liberté) (entier)
in_numberchain Nombre de Chain a exécuter en parallèle
in_chainlength Longueur de la chaine
in_numcycle Pas de recolte des valeurs à estimer
in_burnin Nombre de cycle de chauffe...
set_random_generator 1 -> random sur le PRNG implémenté par le compilateur fortran , 2 -> Tina's RNG