Guide Utilisateur¶

Exécution¶

Format d 'entrée : il y a 2 possibilités :

• même format qu'accepte le script R du bayes C : 1 fichier contenant les lignes suivantes,
  • <ID> <PERF real > <SEXE 1|2> <MARK1 -1|0|1>
• format qtlmap :
  • fichier de phenotype : <ID> <PERF real>
  • fichier de gentype : <ID> <MARK1 AL1 1|2 > <MARK1 AL1 1|2>....

les fichiers exemples se trouvent dans le repertoire sample
execution du programme :

gabayes <fichier_parametre> <v>
>$GABAYESDIR/build/gabayes p_analyse 
pour avoir un detail (estimation a chaque cycle)
>$GABAYESDIR/build/gabayes p_analyse v

Construction du fichier de paramètre¶

p_analyse est un fichier paramètres ou plusieurs clefs peuvent être définis.

in_numanim	Nombre d animaux
in_nummark	Nombre de marqueurs
in_pheno_and_genotype	Fichier de performance et de typage (Format 1)
in_trait	Fichier de performance (Format 2)
in_genotype	Fichier de genotype (Format 2)
out_output	Fichier de sortie resultat
in_vara	Variance genetique total initiale
in_vare	Variance residuelle initiale
in_pi	Valeur de Pi initiale
in_random_pi	Si vrai tire une nouvelle valeur de Pi durant chaque cycle
in_nubeta	Value de nubeta (degree de liberté) (entier)
in_numberchain	Nombre de Chain a exécuter en parallèle
in_chainlength	Longueur de la chaine
in_numcycle	Pas de recolte des valeurs à estimer
in_burnin	Nombre de cycle de chauffe...
set_random_generator	1 -> random sur le PRNG implémenté par le compilateur fortran , 2 -> Tina's RNG