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Versions du logiciel

J'ai mis ici les nouveautés annoncées à chaque changement de version. J'ai fait par ordre décroissant pour avoir la dernière version en haut de la page.
Il aurait été intéressant de noter les dates à chaque version distribuée, à faire si possible pour les prochaines fois.
Normalement Gemma ne devrait plus bouger car la licence que j'ai pour développer n'est plus maintenue.
Et en plus la version de 4D (4D 2003) ne fonctionne que sur Windows XP (à vérifier) sur 32 bits.

Chaque version de Gemma 4.00, 5.00, 6.00 indique un changement de version de 4D. En général, on ne peut pas revenir à une version antérieure de 4D.
Les dernières versions de Gemma les versions >6.00 reposent sur la version 4D 2003.

Version 6.11 (Après le 29/11/2011)

Ajout de l'espèce dans la table [ANIMAUX]
1 = Caprins
2 = Ovins
3 = Bovins
4 = Lapins
5 = Porcins
6 = Canards
7 = Oies
8 = Poules
9 = Cailles
10 = Dindes
11 = Pintades
12 = Faisans
13 = Rats
14 = Souris

Release A

Ajout d'un champ Poubelle (booléen) dans les 5 tables suivantes :
[ECH ADN], [ECH ARN], [ECH DIVERS], [ECH DIVERS BIOLOGIQUES], [ECH SANG]
Permet de garder les échantillons vides (historique)
Attention : Les échantillons mis à la poubelle ne sont pas comptabilisés dans [STOCKS ADN]

Release B

[ECH DIVERS BIOLOGIQUES] modification en mode Page : Bug
Le champ Poubelle n'est pas visualisé : ok bug corrigé

Release C

Lien entre [BOITES] et [ECH ARN] : Bug corrigé

Release D

Fiches Import liées aux échantillons
Tables [ECH ADN], [ECH ARN], [ECH SANG], [ECH DIVERS] et [ECH DIVERS BIOLOGIQUES]
Ajout du bouton-radio Remplacer l'info
Ajout du choix des identifiants : ajout de 2 bouton-radio Animal + Ech ou identifiant Code Barre

Release E

Bugs 229 et 230 : Pb dépiler enregistrement

Release F

Ajout de Id_Ech dans les tables [ECH ADN], [ECH SANG] et [ECH DIVERS]

Release G

Ajout de Id_Ech dans les tables [ECH ARN] et [ECH DIVERS BIOLOGIQUES]
Import du champ Poubelle pour les tables [ECH DIVERS], [ECH ARN] et [ECH DIVERS BIOLOGIQUES]
Ajout du champ Remarques dans la tables [DOSSIERS] texte 250 caractères

Release H

Le champ [ANIMAL]Origine est passé de 7 à 9 caractères

Release I

Le champ [ANIMAUX]Origine a été agrandi dans les formulaires [Animaux]Liste et [Animaux]Liste Alias

Release J

Bug sur le bouton "Parents" dans "Lister les animaux" dû à la taille du champ Origine qui est passé de 7 à 9.

Release K (02/09/2016)

GELS : Créer la Feuille de Route : j'ai mis le Nom de l'équipe à la place du nom du Projet dans la colonne Comment ainsi que dans la 2ème ligne après Regular.

Version 6.10 du 15/02/2011

1) La boîte est passé à 30 caractères (à la place de 9) dans les tables [BOITES], [ECH ADN], [ECH SANG], [ECH_DIVERS], [ECH_PRIMERS]
Vous pouvez noter le code barre dans le numéro de boîte (demande de Nathalie)

2) Nouveau lien entre [ECH_PRIMERS] et [BOITES]
- Se fait sur le champ Boite
- Les boites pour les échantillons primers sont notés PR devant

3) Gestion des échantillons ARN
- 2 tables ont été créées [ECH ARN] et [ECH DIVERS BIOLOGIQUES]
- Nouveau menu ARN : voir, ajouter, modifier, supprimer et importer des échantillons
- Enumérations :
- Type Ech a été renommé en Organe :
- Lieu ADN a été renommé en Lieu Boite :
- Table [BOITES] :
- 2 nouveaux champs
- Température A4
- Format Boite A25 lien avec l'énumération Format Boite
- 2 noms de champs modifiés
- Localisation a été renommé en Loc_Salle_Gros_Materiel
- Code Barre Lieu a été renommé en CB_Salle_Gros_Materiel

Version 6.09

1) Le Code Barre est passé à 30 caractères
dans les tables [BOITES], [ECH ADN], [ECH SANG], [ECH_DIVERS], [PLAQUES]

2) Possibilité d'envoyer les typages validés à SIVOL
Se fait par dossier
Contrainte : Le typage doit être validé

Version 6.08

1) Structure : Dans la table [Moyennes_Gels] ajout des champs suivants :
Moyenne estimée : Numérique
Moyenne Allèle Avant : Numérique
Nb Trouvés Avant : Entier
Moyenne des gels Avant : Numérique
Nb de Gels Avant : Entier

2) Procédure pour vérifier les Pics Allèles
Menu Fichier - Utilisation Direct - Fonction Diverses - Vérifier Pics Allèles :
Permet de visualiser les pics allèles qui sont loin de la moyenne de l'allèle
La taille dans Pics Allèles est comparée à la moyenne pour la condition choisie (1,2,3) dans [Allèles]. Seuls les pics qui sont éloignés de plus de la fourchette - 0,1 dans la condition choisie sont visualisés.
L'utilisateur doit supprimer les fiches qui ne vont pas avant de lancer la maintenance.

3) MAINTENANCE
Page 4 : Calcul des tailles d'allèle en partant de la table [PICS ALLELES] :
3.1) Maintenance Globale : à tester en grandeur nature
3.2) Maintenance à partir d'une date : cette option a été bloquée.

4) Pour SNP
Ajout du champ Nom_BAC (Alpha14) dans la table [MARQUEURS]
Possibilité de le saisir à la main à l'écran
Possibilité de l'intégrer à partir d'un fichier texte
Visualisation dans Menu Marqueur - Voir Marqueurs - PopUp Liste+Détails
Le champ Limite1 passe de Alpha7 à Alpha12 dans la table [MARQUEURS]
Le champ Limite2 passe de Alpha7 à Entier dans la table [MARQUEURS]
Nouveau Gel : SNP a été ajouté avec AFLP, RFLP .etc.

5) Code Barre : passage de 15 à 20 caractères dans les tables [ECH ADN], [ECH SANG], [ECH DIVERS], [BOITES], [PLAQUES]

6) Ajout de la table [VERSIONS] : permet de stocker la date de changement de chaque nouvelle version ainsi que le numéro de release.

7) Calcul des tailles min et max pour les marqueurs :
Maintenance : le calcul se fait à partir de tous les allèles pour tous les numéros de couple par marqueur. Dans ce cas, tous les marqueurs sont traités.
En direct : le calcul se fait à partir de tous les allèles pour UN SEUL no couple et par marqueur; le numéro de couple dépend de la procédure que l'on fait.

8) Fichiers pour GeneMapper :
Fichier ImportPanelGeneMapper : Le calcul des tailles min et max pour chaque marqueur se fait intra no de couple
Fichier ImportCompletGeneMapper : tous les allèles de tous les couples pour UN marqueur sont écrits dans ce fichier

9) Nouveau Protocole --> Nouveau couple :
S'il existe déjà des allèles pour un autre couple --> création des allèles pour le nouveau couple.
Les champs concernant les tailles et les moyennes sur gel sont initialisés à zéro pour les 3 conditions.

10) Modification des feuilles de route pour le module BarCode (Ancien GenoBarres) :
FR1 devient FR6 et FR2 devient FR7
Dans les 2 cas, ajout de 2 colonnes
- Localisation de référence (Code Barre de la boîte)
- Localisation actuelle (rien)

Version 6.07

1) Pour afficher le menu Performances : Menu Préférence - Base - Afficher Performances, cliquer sur Oui.

2) Opérations ajoutées :
- Ajouter Caractère
- Ajouter Performance
- Modifier Caractère
- Modifier Performance
- Supprimer Caractère
- Supprimer Performance
- Importer Caractères
- Importer Performances

Release A

Ajout du champ Notes de type Texte dans la table [CARACTERES]
Ajout du champ Notes de type Texte dans la table [PERFORMANCES]

Release B

Vérification de l'unicité du code barre dans les tables [ECH ADN], [ECH SANG], [ECH DIVERS] et [BOITES].
Ajout en saisie manuelle et par les imports

Release C

Interprétation manuelle : quand on saisit la taille d'allèle, la recherche du no d'allèle se fait sur la taille MOYENNE et non sur la taille Courante
Assignation d'allèles : même principe

Release D

Interprétation d'un Gel : Problème boucle infinie au moment d'écraser les typages.
Suppression de la boucle en attente : A surveiller
Tout ce qui concerne l'aide en ligne a été supprimé : à surveiller

Release E

Bugs corrigés :
Interprétation d'un Gel : Problème boucle infinie quand on re-interprète un gel.
Maintenance : Vérification Unicité des fiches : vous n'avez pas les autorisations d'accès .etc.
Maintenance : Erreur à la ligne 8 dans la méthode MAJTHERMOMESS2

Release F

Pour Interprétation d'un Gel
Quand on clique sur Voir allèles --> revient bien sur les puits sélectionnés
On ne peut plus double cliquer sur les puits pour interprétation1, 2 et finale et gel virtuel.

Release G

a) Import d'animaux : possibilité d'importer Gestion ADN (Vrai ou Faux)
b) Interpréter Gel : seuls les pics validés pour les marqueurs choisis par l'utilisateur sont sauvegardés dans la table [PICS ALLELES]
c) Importer Un jeu d'animaux : ajout du bouton permettant d'importer UN jeu d'animaux dans le formulaire Liste des jeux d'animaux.
Attention le fichier doit être structuré comme suit : rang Tab Nom Animal
d) Interpréter Gel : comparer les 2 interprétations par no d'allèle : bug N° 105 résolu

Release H

a) Bug 107: Interprèter Gel
Quand on interprète un Gel avec Garder pour des Statistiques, la liste des marqueurs avec puce est vide lors de la 1ère interprétation. Il faut Re-Interpréter pour avoir la liste des marqueurs avec puce : ok corrigé
b) Interpréter un Gel Virtuel : quand le gel est VIRTUEL, on ne peut pas Garder pour les Statistiques.
c) Bug 108 : Import de typages via un fichier texte
Quand on importe des typages vides, c'est à dire Animal Marqueur sans numéro d'allèle, il créé MAINTENANT la fiche de typages.
d) Quand on créé les fiches de typages à la volée, il faut calculer le numéro de la fiche typage et la reporter au niveau du puits.

Release I

Code Barre : Alpha(20) dans les tables [ECH ADN], [ECH SANG], [ECH DIVERS], [BOITES}] et [PLAQUES]

Release J

Bug Gemma no 125 dans l'intranet :
Message Imposible d'empiler l'enregistrement dans la procédure VERIFIER_CODE_BARRE ligne 24
Import de données [ECH ADN], [ECH SANG], [ECH DIVERS] :
Si l'échantillon existe déjà et on veut compléter : Pb avec la vérification du code barre.

Release K

Bug Gemma no 139 dans l'intranet :
Supprimer UN caractère Pb : bug corrigé

Version 6.06

1) Ajout des champs pour le Code Barre :
[ECH ADN]No Code Barre (Alpha15)
[ECH SANG]No Code Barre (Alpha15)
[ECH SANG]No Code Barre (Alpha15)
[BOITES]No Code Barre (Alpha15)
[BOITES]Code Barre Lieu (Alpha15)
[PLAQUES]No Code Barre (Alpha15)

2) Pour exporter les données des échantillons au format établi pour le Génopôle, faire visualiser les données (ECH ADN, ECH SANG, ECH DIVERS, PLAQUES), puis bouton Export, ASCII, format Genopôle.

3) Pour importer le code barre, menu ADN, Import de données : bouton spécifique à chaque table (ECH ADN, ECH SANG, ECH DIVERS, BOITES) ou bouton Import Ech Genopôle.

4) Le contenu d'une plaque est lié à l'énumération Contenu Plaque et peut prendre les valeurs ADN, PCR, POOL, DEPOT. Il faut renseigner cette information au moment de la création ou de la modification d'une plaque.

5) Les énumérations sont contenues la table PROJET3700 :
Voir menu Fichier - Gestion des énumérations
Dans la liste, cliquer sur les boutons Ajouter, Modifier, Supprimer.
Seules les énumérations mises à jour par ce module seront conservées d'une version à l'autre.

Version 6.05

Beaucoup de changements.
1 Typages – Import de typages
1.1 Nouveau champ dans la table [TYPAGES] : Ancien Gel (Entier)
1.2 Possibilité d’importer les champs suivants :
•Ancien Allèle 1
•Ancien Allèle 2
•Ancien Gel
•Statut du typage

1.3 Nouveau bouton : Import spécial nouvelle base
Cette option permet d’importer Nom Marqueur, Nom Animal, Ancien Gel, Ancien Allèle 1, Ancien Allèle 2. Ne pas oublier de cocher les options indiquées sous «Si le typage n’existe pas» :
•Afficher message d’erreur
•Créer le typage
•Compléter le typage si la donnée est vide

2 Calcul de la taille moyenne des allèles
Attention, dans cette version le calcul de la taille moyenne des allèles prend en compte les valeurs observées sur le gel et calcule un décalage pour les allèles voisins non observés.
A chaque Gel, Gemma met à jour une moyenne par Allèle et numéro de couple dans la table
[MOYENNES GELS].

3 Paramétrage
Menu Fichier – Préférences – Préférences liées à la Base
Ajout du champ "Nb allèles observes max" dans la table [PARAMETRES]
Possibilité de changer ce paramètre dans ce formulaire

Menu Fichier – Préférences – Préférences liées à la Session
Possibilité de choisir :
•Génotypes Informatifs
•Anciens génotypes
•Toute l’info (non traité pour le moment)
Permet de faire l’export des haplotypes en fonction soit des génotypes réels de la base, soit des anciens génotypes importés d’une autre base. Voir bouton Exporte Haplo dans Voir Typages – Géno. Complets.

4 Traçabilité
Demande de Nathalie. Pouvoir à partir d'un Gel retracer les plaques PCR origines, Dépôt et ADN. Afficher les tables de transfert, les machines, le nombre de cycle, la température et les marqueurs ou les jeux de marqueurs utilisés.
Ajout du champ "Nb cycles" dans la table [PLAQUES]

Version 6.04 du 13/08/2005

1 Interprétation des gels

1.1 La notion de fourchette a été ajoutée au niveau des allèles :
Dans la table [ALLELES] ajout du champ Fourchette de type numérique.
Initialisation :
a) Pour les marqueurs avec une fourchette non nulle, la valeur de cette fourchette a été transmise à chaque Allèle du Marqueur.
b) Pour les autres marqueurs, les fourchettes des allèles ont été initialisées à 0,8.
Dans la table [PARAMETRES] ajout du champ fourchette de type numérique.
Initialisation : la fourchette par défaut est initialisée à de 0,8. Elle peut être modifiée dans les préférences liées à la Base.

1.2 Interprétations généralités :
La fiche concernant les paramètres d'interprétation a été supprimée (notion de fourchette globale ou lié au marqueur).
Validation : une interprétation (1 ou 2) ne pourra être Validée que s'il n'y a rien dans la seconde interprétation !
Dans le cas contraire, il faudra Valider le Gel au niveau de l'interprétation finale.

1.3 Interprétation manuelle : les écrans ont été modifiés.
Les champs concernant les douteux ne sont plus utilisés (et donc ne sont pas affichés).
Le code doute n'est plus utilisé.
Les boutons MAJ Taille Allèles, Génotype, Export Texte ont été supprimés.
La recherche des allèles en fonction de la taille a été modifiée pour prendre en compte la fourchette liée à chaque allèle.
La procédure Assignation des allèles a également été modifiée pour la même raison.

1.4 Page Interprétation Finale - Bouton COMPARER :
•possibilité de comparer par TAILLE ou par NO ALLELE
•possibilité de comparer dans TOUT le gel ou sur une SELECTION

1.5 Voir TYPAGES : nouveau bouton pour créer un GEL Virtuel.
Attention, le nombre de puits créés ne peut pas dépasser 384 (limite des plaques actuelles).
•Si le nombre de puits créés est inférieur ou égal à 96, le Gel aura comme Type de Plaque 96.
•S'il est compris entre 96 et 384, le Gel aura comme Type de Plaque 384.
Pour chaque couple (Animal, Marqueur) crée UN puits différent dans l'ordre d'affichage des Typages.
Le protocole pris est le protocole par défaut lié à chaque marqueur. Le GEL est marqué VIRTUEL.

2 Calcul des moyennes pour les tailles des allèles

Le calcul des moyennes des tailles d’allèles se fait en fonction des tailles observées et en fonction des tailles attendues pour les allèles voisins non rencontrés sur le gel. Ceci permet de permet de prendre en compte le décalage pour les allèles non observés. Pour plus de détails voir document de Juliette Riquet.
Stockage dans une nouvelle table des moyennes des moyennes des gels : Table [MOYENNES_GELS] voir le document Tables de Données Gemma V6.04.

Les moyennes sont également stockées dans la table [ALLELES] :
•[ALLELES]Moyenne des Gels : Moyenne des moyennes des gels pour la condition 1
•[ALLELES] Nb de gels : Nombre de gels où l’allèle a été observé pour la condition 1
•[ALLELES]Moyenne des Gels2 : Moyenne des moyennes des gels pour la condition 2
•[ALLELES] Nb de gels2 : Nombre de gels où l’allèle a été observé pour la condition 2
•[ALLELES]Moyenne des Gels3 : Moyenne des moyennes des gels pour la condition 3
•[ALLELES] Nb de gels3 : Nombre de gels où l’allèle a été observé pour la condition 3

La table [TAILLES ALLELES] a également été modifiée. Les 2 champs suivants ont été ajoutés :
•Moyenne des gels : Moyenne des gels (rencontrés + estimés).
•Nb de gels : Nombre de gels où l’allèle a été observé pour le type de gel indiqué.

3 Fichiers pour GeneMapper : Menu Gel

3.1 Construction du fichier contenant les marqueurs :
Si la taille minimum et maximum ne sont pas connues pour la condition demandée, l'utilisateur doit les saisir en interactif.
Dans ce cas, les tailles sont marquées Virtuelles pour la condition demandée.
Codage des Tailles Virtuelles :
•0 = les 2 tailles min et max sont réelles
•1 = seule la taille est min virtuelle
•2 = seule la taille max est virtuelle
•3 = les 2 tailles min et max sont virtuelles

3.2 Construction du fichier contenant les allèles :
Si la taille courante n'est pas connue pour la condition demandée, une erreur va être indiquée.
L'utilisateur devra les saisir dans Gemma et relancer la construction des fichiers.

3.3 Jeu de marqueurs :
Un jeu correspond à un ensemble de marqueurs identiques d'un puits à l'autre.
Les fichiers des marqueurs et des allèles ont été construits en intégrant ces jeux .

4 Gestion des boîtes

4.1 Une nouvelle table a été créée [BOITES] :
Description de la table :
Boite : Alpha 9
Localisation : Alpha 15
Type boite : Alpha 6 (Peut prendre les valeurs ADN, SANG ou DIVERS)
Les trois tables [ECH ADN], [ECH SANG] et [ECH DIVERS] sont liées à la table [BOITES] sur le champ boîte.

4.2 L’initialisation se fait au changement de version.
Comment Gemma a créé les boîtes que vous pouvez visualiser ?
•Il a lu toutes les boîtes de la table [ECH ADN] et a créé les boîtes de type ADN dans la table [BOITES].
•Puis il a fait de même pour les boîtes de la table [ECH SANG] en notant comme type de boîte SANG.
•Puis pour les boîtes de la table [ECH DIVERS] en notant comme type de boîte DIVERS.

4.3 Comment créer une nouvelle Boîte ? Menu ADN
Opérations : Nouvel Ech ADN, Nouvel Ech Sang, Nouvel Ech Divers, Modifier Ech ADN, Modifier Ech Sang, Modifier Ech Divers, Modifier Ech ADN, Modifier Ech Sang, Modifier Ech Divers.

Saisir la boîte, si la boîte n'existe pas, Gemma vous demande si vous voulez la créer.
Préciser la Localisation Et le type de boîte. Veuillez respecter les conventions suivantes :
•Si vous créez une boîte au niveau des échantillons ADN, choisir ADN.
•Si vous créez une boîte au niveau des échantillons Sang, choisir SANG.
•Si vous créez une boîte au niveau des échantillons Divers, choisir DIVERS.

Contraintes : Une boîte est liée à un type d'échantillons (type de boîte).
Si vous avez créé une boîte au niveau des Ech ADN, vous ne pourrez pas l'utiliser pour des échantillons SANG ou DIVERS. Même principe pour chaque type d'échantillon.

Version 6.03

1) Création de document
Dans toutes les fonctions demandant d'écrire dans un fichier, il est possible de choisir l'emplacement du fichier.

2) Nettoyage dans le Menu Gel
Suppression des opérations :
- Archiver Gel
- Voir Pics Séquenceur
- Lire Gel
- Localisation sur le X
- Détecter allèles nuls

3) Nouveau Gel : la fiche a été modifiée, certaines options ont été supprimées

4) Interprétation des gels : il ne reste que 3 options
•Interprétation manuelle
•Interprétation à partir de lecture de fichiers (Format Génopôle, Format Libre)
•Interprétation graphique (possible pour les gels RH)

5) Fichier d'import :
Dans tous les formulaires d'import de données via un fichier, vous pouvez stocker le format de lecture.
Chaque utilisateur peut avoir son propre format de lecture pour chaque type de fichier d'import.
•Import d'animaux
•Import d'échantillons ADN, Sang, Divers
•Import de Marqueurs
•Import d'échantillons primers
•Import de couples de primers
•Import de Typages

6) Préparation des données pou la nouvelle base vide
Toutes ces opérations concernent la préparation des données à exporter pour la nouvelle base vide. Cela concerne pour le moment la base Gemma Porc officielle.
1) Table [TYPAGES] : Ajout de 2 champs
[TYPAGES]Ancien Allèle 1 = No allèle 1
[TYPAGES]Ancien Allèle 2 = No allèle 2
2) Table Animal : nouveau champ «Nouveau Nom Gemma » Alpha 20
3)Lister Animaux - Jeux d’animaux : possibilité d’ajouter des animaux à un jeu déjà existant.
4)Lister Animaux : nouveau bouton "Parents" : permet de faire une liste d’animaux indiqués en tant que parents mais non connus de la base Gemma (n’ont pas de fiche Animal).
5)Renommer animal : préciser pour quel nom d’alias l’utilisateur veut renommer les animaux.
6)Dossier : nouveau bouton "Export Spécial" pour exporter les données dans 5 fichiers différents qui pourront être ensuite importés dans la nouvelle Base.
  1. Fichier ANIMAUX
  2. ALIAS ANIM : pour le nom alias demandé au moment de l’export.
  3. Fichier ECH ADN
  4. Fichier ECH DIVERS (ne prend que les échantillons pour le type échantillon « queue»).
  5. Fichier TYPAGE (pour les animaux, marqueurs du dossier et dont le statut du typage est supérieur à 3).
    *MAJ de Ancien Allèle 1 = No allèle1 et Ancien Allèle 2=No Alèle2
    *Export des champs suivants :

1.Nom Marqueur
2.Nom Animal
3.No Gel
4.Ancien Allèle 1
5.Ancien Allèle 2

7) Voir Typages : possibilité de comparer les typages de 2 animaux.

Version 6.02 du 03/03/2005

1 Option d'impression
Vous pouvez choisir d'imprimer toutes vos listes en 100% ou 80% .etc
Cette option est liée à chaque utilisateur.
Pour la modifier, cliquer sur Fichier - Préférences - Préférences liées à l'utilisateur. Saisir ensuite le pourcentage.

2 Pour gérer le chromosome sexuel
Le chromosome sexuel est différent suivant le groupe d'animaux étudiés,
Mammifères : la femelle est XX et le mâle XY
Volailles : la femelle est ZW et le mâle ZZ,
Pour gérer ces différences, 3 champs ont été ajoutés dans la table [PARAMETRES]
Chr_Sexuel_Hetero : Chromosome hétérozygote
Chr_Sexuel_Homo : Chromosome homozygote
Sexe_Porteur : Sexe qui porte le chromosome hétérozygote

Pour Modifier ces paramètres, cliquer sur Fichier - Préférences - Préférences liées à la Base.

Version 6.01

Attention, cette version utilise 4D 2003. Vous ne pourrez pas revenir à une version antérieure.

1 Feuille de route

1.1 A partir de maintenant, il faut déclarer sur quel séquenceur on va faire le Gel.
Quand on créé un nouveau Gel, Gemma demande de préciser la machine sur lequel va se faire le GEL

1.2 Pour mettre à jour les types de machines : Menu PCR - Gestion des types de machines
Un type de machine est défini :
•par un numéro UNIQUE géré par Gemma
•par un instrument (Séquenceur, Thermocycleur, .etc. fait parti d'une énumération)
•par un modèle à saisir (3100, 3700, .etc.)

1.3 Pour mettre à jour les machines : Menu PCR - Gestion des machines
Une machine est définie :
•par un numéro UNIQUE géré par Gemma
•par un nom d'appareil UNIQUE à saisir
•par un type de machine défini ci-dessus

1.4 Paramétrage de la feuille de route :
Le Run Module est lié au type de séquenceur (3100 ou 3700) :
Veuillez supprimer vos anciens Run Module et les recréer pour les associer à un type de séquenceur.

1.5 A la création de la feuille de route :
Si le séquenceur est un 3700 et Plaque 96 : Gemma complète les puits vides jusqu'à 96
Si le séquenceur est un 3700 et Plaque 384 : Gemma complète les puits vides jusqu'à un multiple de 96
Si le séquenceur est un 3100 et Plaque 96 : Gemma complète les puits vides jusqu'à un multiple de 16
Si le séquenceur est un 3100 et Plaque 384 : Gemma complète les puits vides jusqu'à un multiple de 64

2 Divers

2.1 Dans le Menu Fichier A Propos
Est indiqué à droite de la version de Gemma, le numéro de la Release (A,B,C.etc)

2.2 Modification des Marqueurs dans Mapgena
Vous pouvez modifier le Chromosome et la position génétique des Marqueurs déjà transmis à Mapgena.
Voir Menu Fichier - Utilisation Directe - Mapgena - Envoie de typages - Cliquer sur Marqueurs.

Version 5.06

1 Type de Gel

Les modifications les plus importantes de cette version portent sur le type de Gel. En effet, avec cette nouvelle version, vous pouvez charger 3 conditions de gel différentes et ainsi passer plus facilement de l’une à l’autre. Vous pouvez par exemple interpréter un gel dans une condition et un autre gel dans une autre condition.

Modification de la table TYPE GEL : nouveau champ 'Cond Chargée' de type entier
Dans cette nouvelle version, vous pourrez avoir 3 conditions chargées en même temps
Cond Chargée = 1 --> première condition
Cond Chargée = 2 --> seconde condition
Cond Chargée = 3 --> troisième condition

Modification de la table ALLELES : 3 possibilités pour stocker les tailles
Taille Moyenne, Taille Courante, Nb Trouvé --> première condition
Taille Moyenne2, Taille Courante2, Nb Trouvé2 --> seconde condition
Taille Moyenne3, Taille Courante3, Nb Trouvé3 --> troisième condition

Modification de la Table Marqueurs : 3 possibilités pour stocker les tailles minimum et maximum.
Taille Minimum, Taille Maximum --> première condition
Taille Minimum2, Taille Maximum2 --> seconde condition
Taille Minimum3, Taille Maximum3 --> troisième condition

Dans le menu Marqueurs -> Gérer Types de Gel , vous pouvez :
•créer, modifier, supprimer, lister les types de Gel
•lister les allèles
•lister les tailles des allèles
•stocker les tailles d'allèles d'un type de gel déjà chargé
•charger les tailles d'allèles d'un type de gel dans la condition 1, 2 ou 3, c'est à dire :
-dans taille courante, taille moyenne, nb trouvé pour la condition 1
-dans taille courante2, taille moyenne2, nb trouvé2 pour la condition 2
-dans taille courante3, taille moyenne3, nb trouvé3 pour la condition 3

Dans la table PARAMETRES, le champ 'No Cond Gel' permet de stocker le type de gel lié à la base.
Pour modifier ce paramètre, Menu Fichier --> Préférences --> Préférences liées à la base

Dans la table UTILISATEURS, ajout du champ 'No Type Gel Defaut' pour stocker le type de gel par défaut de l'utilisateur.
Pour modifier ce paramètre, Menu Fichier --> Préférences --> Préférences liées à l'utilisateur

Dans la table GELS, ajout du champ 'No Type Gel' pour stocker le type de gel utilisé au moment du Gel.
Au moment de l'interprétation, vous devez choisir la condition de Gel dans la liste des types de gels chargés
Attention il peut y avoir 1, 2 ou 3 conditions chargées en même temps.
La condition de gel (no type gel) est stockée dans la table GELS.

2 Création d'un Gel

.Possibilité d'afficher l'adresse du puits du Gel sous forme lettre (A1,A2,..etc.)
•Possibilité d'afficher par colonne ou par ligne
ATTENTION : Si le gel n'est pas de format 96 ou 384, il peut y avoir des problèmes.

3 Jeu d’animaux et de marqueurs

Jeu d'animaux : Le libellé est obligatoire, unique et indexé.

Jeu de Marqueurs : Le libellé est obligatoire, unique et indexé.
Quand il y a beaucoup de jeux de marqueurs, la liste est sur plusieurs pages. Utiliser Pg Suiv et Pg Prec pour changer de page.

4 Divers

Initiales des utilisateurs sur 4 caractères.
•Tous les champs créateur et modificateur sont sur 4 caractères.
•Dans GELS, les opérateurs sont sur 4 caractères.
•Dans TYPAGES_RH, les cartographes sont sur 4 caractères.
•Création des feuilles de route : vous pouvez avoir des responsables techniques sur 4 caractères (demande du Génopôle).

Nom Marqueur sur 15 caractères à la place de 10.

Changement dans toutes les tables de données où se trouve Nom Marqueur.
Changement dans tous les programmes où se trouve Nom Marqueur.
Attention, il peut y avoir des oublis : veuillez nous indiquer les bugs dûs à ce changement.

Table Marqueur : ajout des champs suivants :
•Access Number (Alpha 12) : numéro international d'accès aux séquences
•Nom (Alpha 30) : nom générique, peut être le nom du gène, du Bac .etc.

Version 5.05

Dans cette version, les modifications portent sur la traçabilité. Vous pouvez stocker sur quelle machine vous avez fait vos plaques PCR ainsi que vos Gels.
Vous pouvez également indiquer le numéro du run génopôle.

Création de la table TYPE_MACHINE
No_type : Entier (Clé primaire)
Instrument : Alpha 20 (Lien avec l'énumération Instrument)
Modèle : Alpha20

Création de la table MACHINES
No_machine : Entier (Clé primaire)
No_type : Entier (Lien avec la table [TYPE_MACHINE].no_type)
No Appareil: Alpha 2 (exemple 1a, 1b 2a, 2b ..etc...)

Pour mettre à jour les types de machines, Menu PCR, Liste et MAJ des types de machines
Seuls les utilisateurs ayant les droits peuvent ajouter/modifier/supprimer
Pour ajouter, cliquer sur le bouton Ajouter
Pour modifier, cliquer sur le bouton Modifier
Contrainte : le type de machine ne doit pas être déjà utilisé dans la table MACHINES

Pour supprimer, cliquer sur le bouton Supprimer
Contrainte : le type de machine ne doit pas être déjà utilisé dans la table MACHINES

Pour mettre à jour les machines, Menu PCR, Liste et MAJ des machines
Seuls les utilisateurs ayant les droits peuvent ajouter/modifier/supprimer
Pour ajouter, cliquer sur le bouton Ajouter
Pour modifier, cliquer sur le bouton Modifier
Contrainte : la machine ne doit pas être déjà utilisée dans les tables PLAQUES ou GELS
Pour supprimer, cliquer sur le bouton Supprimer
Contrainte : la machine ne doit pas être déjà utilisée dans les tables PLAQUES ou GELS
Dans la table PLAQUES ajout du champ no machine (lien avec la table MACHINES)
Dans la table GELS ajout du champ no machine (lien avec la table MACHINES)
Pour mettre à jour les machines, menu GEL, voir gel, traçabilité, bouton Machines PCR et Machines Gel
Bouton Machines PCR : choisir la machine utilisée pour faire la plaque PCR
Bouton Machines Gel : choisir la machine utilisée pour le Gel

Numéro de Run génôpole :
Où saisir le numéro de run génôple ? :
Menu Gel -> Interpréter Gel --> Saisie manuelle --> Traçabilité
Saisir le numéro de run : le numéro de run doit être unique !

Version 5.04

1 Typage RH

Avec cette nouvelle version de Gemma, vous pouvez faire le typage en Génétique ou en RH.

1.1 Règle RH

Menu RH - Nouvelle règle
Créer la ou les règles que vous voulez appliquer automatiquement au moment de l'interprétation 

Si qu'un résulat 1 --> résultat final sera celui qui est stocké dans res1
 Si qu'un résulat 0 -->  résultat final sera celui qui est stocké dans res0
 Si qu'un résulat ? -->  résultat final sera celui qui est stocké dans resD
Si deux résulats 10 ou 01 --> résultat final sera celui qui est stocké dans res10 
 Si deux résulats 1? ou ?1 --> résultat final sera celui qui est stocké dans res1D 
 Si deux résulats 0? ou ?0 --> résultat final sera celui qui est stocké dans res0D 
 Si deux résulats 11 --> résultat final sera celui qui est stocké dans res11 
 Si deux résulats 00 --> résultat final sera celui qui est stocké dans res00 
 Si deux résulats ?? --> résultat final sera celui qui est stocké dans resDD

N'oubliez pas de définir une règle par défaut

Il est également possible d’ajouter une Règle RH au niveau de chaque marqueur.
Menu Marqueur - Modifier Marqueur

1.2 Interprétation du Gel

Faire l'interprétation automatique
Pour chaque puits du Gel à interpréter, Gemma cherche s'il existe une règle RH pour le marqueur
Si oui -> il applique la règle définie dans la table REGLE RH
Si non -> il applique la règle par défaut définie dans la table REGLE RH

2 Nouveaux Fluorophores

Vous pouvez utiliser les Fluo Vic, Pet, Liz
Nouveau filtre au niveau de la création des Gels : G5

3 Normalisation des noms de Fluorophore

- Le Fluo 6-Fam est renommé 6Fam
- Pour les autres, ils sont mis en majuscule (HEX ->Hex)

4 Import de données

Pour les Import d'Animaux, Import d'échantillon ADN, Import d'échantillon Divers,
Import de Marqueurs, Import d'échantillons Primers,
Vous pouvez utiliser un fichier de données ayant jusqu'à 20 colonnes

5 Import des typages

Possibilité d'importer des typages via un fichier texte
(Nom Animal, Nom Marqueur, Nom ou No Allèle 1, Nom ou No Allèle2, Note)

6 Liste des typages

On peut visualiser les notes en format liste (choisir +Note) au niveau de Liste Standard

7 Fonctions Diverses

Menu Utilisation Directe -> Fonctions Diverses -> Fait Allèles depuis PIC ALLELE

Version 5.03 du 02/06/2003

Gestion du Contexte

Nouveautés pour les échantillons Primers et pour les protocoles :

Nouvelle Table CONTEXTE_PROTO permettant de stocker les contextes
- Contexte Alpha(10)
- Libellé Alpha(20)

Modification de la table ECH_PRIMER :
- Defaut Booléen
- Courant Booléen
- Fluorophore Alpha(5)

Nouvelles règles pour les échantillons Primers :
- Il n'existe qu'un échantillon par défaut et par Primer
- Il n'existe qu'un échantillon courant par Primer et par Fluo

Modification de la table PROTOCOLE :
- Défaut Booléen
- Courant Booléen
- Contexte Alpha(10)
Nouvelles règles pour les protocoles :
- Il n'existe qu'un protocole par défaut et par Marqueur
- Il n'existe qu'un protocole courant par Marqueur et par Contexte

Modification de la table PLAQUES :
Possibilité de sauvegarder les paramètres de création de chaque Plaque
Contexte_JeuM Entier
Contexte_Dossier Entier
Contexte_Protocole Alpha(10)

2 Gestion des Fluorophores

Modification de la table DOSSIER MARQUEURS :
Vous pouvez ainsi associer un Fluo à un Marqueur dans un DOSSIER
Fluorophore Alpha(6)

Modification de la table PUITS_PLAQUES :
Possibilité de stocker le fluo au moment de la création de la Plaque PCR
Fluorophore Alpha(6)

3 Création des Plaques PCR

Format de saisie Page, pour chaque marqueur saisit :
- L'échantillon Primer pris sera celui par défaut
- Le fluorophore pris sera celui marqué dans l'échantillon primer par défaut
- Le n° protocole pris sera celui par défaut

Format de saisie Liste :
L'utilisateur peut choisir plusieurs formules de saisie :
Au niveau des Echantillons Primers pour avoir le Fluorophore :
- Fluo indiqué via l'échantillon primer par défaut
- Fluo indiqué via le jeu de marqueurs à préciser
- Fluo indiqué via le dossier à préciser
Au niveau du Protocole :
- Le n° protocole par défaut
- Protocole courant intra Contexte à préciser

Version 5.02 du 17/04/2003

1 Panel RH

Ajout du champ Typage dans les tables PARAMETRES et UTILISATEURS
-Typage = G pour Typage Génétique
-Typage = RH pour Typage RH

Possibilité de modifier ce paramètre au niveau de la Base et au niveau de chaque utilisateur : Menu Fichier  Préférence  Base/Utilisateur

2 ECH DIVERS

La table ECH RATE n'existe plus. Elle est remplacée par ECH DIVERS
Toutes les données vont être initialisées Type Echantillon=Rate
Pour les nouvelles données, vous devrez préciser le type d'échantillon (Rate, Muscle, Arn.etc.)

3 Import des Animaux et Echantillons d'ADN

Vous pouvez importer des animaux contenus dans un fichier texte (séparateur Tabulation)

Import des Animaux
Choisir : Menu ANIMAUX -> Import Données -> Import d’Animaux

Vous pouvez importer les informations suivantes :
- Nom de l'Animal (Obligatoire) - Origine
- Nom Père - Génération
- Nom Mère - Race
- Date de naissance - No de bande
- Sexe

Import des échantillons d'ADN
Choisir : Menu ANIMAUX Import Données... --> Importer ECH ADN

Vous pouvez importer les informations suivantes :
- Nom de l'Animal (Obligatoire)
- No Echantillon
- Courant
- Boite
- Position
- Quantité
- Concentration
- Localisation
- Temps ADN
- Organe
- Entamé
- Remarque

Version 5.00 du 19/03/2002

VOUS NE POUVEZ PAS REVENIR A UNE VERSION ANTERIEURE A 5.00

Gestion des plaques et des gels : Le nombre de puits devenant très important (Passage des plaques 96 en 384), le stockage des plaques et des gels se fait maintenant dans des tables et non dans des sous-fiches.

Nouvelle table PUITS_PLAQUES :
La structure de la table est :
- No Plaque
- les mêmes infos que [PLAQUES]Puit
Toutes les données stockées dans les sous-fiches [PLAQUES]Puit sont ajoutés dans la table PUITS_PLAQUES.

Nouvelle table PUITS_GELS :
La structure de la table est :
- No Gel
- les mêmes infos que [GELS]Test
Toutes les données stockées dans les sous-fiches [GELS]Test sont ajoutés dans la table PUITS_GELS.

Avantages :
Plaques : vous pouvez naviguer entre PLAQUES, PUITS_PLAQUES, ANIMAUX et MARQUEURS
Gels : vous pouvez naviguer entre GELS, PUITS_GELS, ANIMAUX, MARQUEURS et TYPAGES.

Attention :
Nous avons dû modifier beaucoup de procédures. Nous avons essayé de tester tous les cas. Il se peut cependant que nous en ayons oublié certains. Veuillez nous indiquer tout problème rencontré (Bug, etc..).

Version 4.54

Nouvelle Condition PCR :
Choisir : Menu Fichier -> Utilisation Directe -> Import Données -> Nouvelle Condition PCR

Importation de données liées aux Marqueurs :
Choisir : Menu Fichier -> Utilisation Directe -> Import Données -> Importer Marqueurs

Vous pouvez importer les informations suivantes :
- Nom du Marqueur (Obligatoire)
- Origine
- Chromosome
- Position
- Statut
- Notes

Importation de données liées aux Primers et Echantillons Primers :
Choisir : Menu Fichier -> Utilisation Directe -> Import Données -> Importer Primers

Vous pouvez importer les informations suivantes :
- Nom du Marqueur (Obligatoire)
- Nom du Primer (Obligatoire)
- Séquence
- No Tube
- Boite
- Position
- No Ech Source
- Mélange (Vrai ou Faux)
- Fluorophore
- Utilisé (Vrai ou Faux)
- Courant (Vrai ou Faux)
- Purifié (Vrai ou Faux)
- Concentration

Importation de données liées aux Couples de Primers et Protocoles :
Choisir : Menu Fichier -> Utilisation Directe -> Import Données -> Importer Couples Primers

Vous pouvez importer les informations suivantes :
- Nom du Primer1 (Obligatoire)
- Nom du Primer2 (Obligatoire)
- No Condition PCR (Obligatoire)
- Courant (Vrai ou Faux)

Version 4.53

1) Feuille de Route :
- Mise à jour des variables
- Nom du laboratoire
- Nom du responsable
- Nom du projet
- Nom du responsable technique
- Module d'exécution
- Module d'analyse
- Création de la feuille de route à partir d'un Gel

2) Import de fichier Genotyper Génopôle
Permet d'importer des données extraites d'un fichier Genotyper lorsque le fichier correspond au format défini sur le GENOPOLE toulousain.

4) Export des typages :
Possibilité d'exporter ou non les allèles 1 et 2 déduits
-dans un fichier texte (ASCII)
-dans un format CRIMAP

5) Stockage des énumérations dans une table de données :
Ceci pour les énumérations liées à chaque base, c'est à dire :
Fournisseurs, Génération, Lieu d'ADN, Origine des Marqueurs, Pays Animaux, Sexe, Race, Type Gel

6) Navigations :
Il est maintenant possible sur les navigations à une table, de demander un report automatique (du genre [TYPAGES] -> [ANIMAUX] -> [TYPAGES]).

A partir d'une sélection de typages réalisés sur certains animaux, cela permet d'obtenir en une seule navigation, l'ensemble des typages réalisés sur ces animaux

3) Groupage de marqueurs :
- Le groupage de marqueurs est maintenant interfacé dans les listes de marqueurs
- Deux nouvelles procédures ont été créées, permettant :
- de tenir compte des fluorophores
- de définir un nombre maximal de marqueurs par couleur et par jeu

La première procédure prend les marqueurs par taille décroissante
La deuxième procédure prend en priorité les marqueurs pour les tailles les plus fréquentes

Version 4.52

1) Plaque PCR : Ajout Saisie Liste
- Propagation des Animaux
- Propagation des Marqueurs
- Propagation des Animaux + Marqueurs
La propagation peut se faire sur une seule ligne ou sur tout le puits.

2) Gels :
- Visualisation du puits sous forme lettre A1,A2,.etc.
- Possibilité de trier les puits des façons suivantes:
1 Ligne Animal
2 Colonne Animal
3 Ligne Marqueur
4 Colonne Marqueur

3) Echantillon Primer :
- Ajout de la Boite + Position
- Ajout du booléen Mélange qui indique si l'échantillon a été mélangé ou non
Ajout de l'origine : Numéro de l'Echantillon Source

Version 4.51

Création de Plaque PCR à partir d'une table de transfert
Animal Plaque 1+ PCR Plaque 2 --> message d'alerte
Marqueur Plaque 1+ PCR Plaque 2 --> message d'alerte
PCR Plaque 1+ Animal Plaque 2 --> message d'alerte
PCR Plaque 1+ Marqueur Plaque 2 --> message d'alerte

Modifications des Bugs :
- Modifier Jeu de marqueurs
- Nouvelle Allèle

Version 4.50

Dans la Version 4.50, quelques bugs ont été corrigés :
1) Thermomètre : affichage du thermomètre est lisible (normalement)
- dans les export
- dans la maintenance, .etc..

2) Création de Echantillon d'ADN
Lieu : on peut choisir dans la liste proposée

3) Gel Fusion :
Quand un Gel est Enregistré, on ne peut pas faire Fusion de Gels