Cluster : impossibilité de charger les packages du tidyverse

Added by Tristan Kistler about 3 years ago

Bonjour,
Depuis quelques jours, l'exécution sur le cluster par la commande Rscript d'un script R chargeant un package du tidyverse (par ex. dplyr, tidyr, ggplot2 ou tout le tidyverse) renvoit désormais le message d'erreur:
Error in readRDS(pfile) :
impossible de lire une version 3 d'un environnement de travail écrit par R 4.0.3 ; besoin d'un R 3.5.0 ou plus récent
Erreur : le chargement du package ou de l'espace de noms a échoué pour ‘dplyr’
Exécution arrêtée

Auparavant (il y a quelques semaines), ce problème ne se posait pas.

Utiliser la commande Rscript350 au lieu de Rscript renvoi l'erreur :
Error in library(dplyr) : aucun package nommé ‘dplyr’ n'est trouvé
Exécution arrêtée

Préciser l'utilisation de l'option --vanilla ou non pour ces deux commande ne change pas le problème.

Quelqu'un d'autre utilisant dernièrement les packages du tidyverse sur le cluster a-t-il rencontrer des problèmes pour les charger?
Auriez-vous une solution pour pouvoir charger ces packages R très utiles?

Merci à tous,
Tristan Kistler


Replies (2)

RE: Cluster : impossibilité de charger les packages du tidyverse - Added by Sebastien Taussat about 3 years ago

Bonjour,

En utilisant la commande Rscript350, le chemin par défaut menant aux packages est faux. Il faut donc ajouter en début de script la ligne .libPaths("/bao/lib_R3.5.0").
Normalement cela devrait résoudre votre problème.

Cordialement,
Sébastien Taussat

RE: Cluster : impossibilité de charger les packages du tidyverse - Added by Tristan Kistler about 3 years ago

Bonjour,

Merci beaucoup pour cette réponse.
Effectivement, cela résout le problème, les packages se chargent désormais avec succès.

Je ne comprend toujours pas quel changement a pu avoir lieu faisant que le chargement des packages avec la commande Rscript (et non Rscript350) ne fonctionne plus (une mise à jour des packages du cluster peut-être?).
L'essentiel reste d'avoir une formule qui marche et je vous remercie encore pour votre aide!

Cordialement,
Tristan Kistler

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