QTLMap

D'une façon générale, est ce que si le LRT est négatif il faut le rapporter? on peut décider d'indiquer simplement "optimization failure" et ignorer ces points.

Question: est ce qu'il s'agit des tests 2 QTL? les cas où les LRT sont négatifs sont souvent dus à des tests de deux positions à l'intérieur d'un intervalle entre deux marqueurs informatifs, les calculs sont donc faux. Nous avions plusieurs fois évoqué le fait de ne pas rapporter les valeurs de LRT pour ces couples de position (ou au moins les couples de positions non séparées par un marqueur).

Cela arrive frequemment pour le test 2QTL ou plus mais cet evenement intervient egalement dans du 1 QTL (jeux de donnees difficile à optimiser, cox, multicaracteres avec beaucoup de caracteres,....)

Aujourd'hui nous affichons le LRT negatifs dans les fichiers sires/grid_qtl.

je pense qu'il serait meiux de mettre optimization failure quand on sait que cela se produit.

On affiche deja cette information lors du "runtime"...
pour le fichier grid_qtl ou sire c est plus delicat car nous utilisons ce fichier pour generer des graphiques, filtrer des valeurs,....

du coup, (de mon point de vue), il est plus interessant d'avoir seulement des valeurs numeriques dans ce fichier....

le fait que les valeurs soit négatives implique clairement qu'il y a eu un probleme d optimisation à l'utilisateur (si on l explique dans la doc) et se differencie
bien de la valeur 0 (ayant une signification juste dans un test d hypothese)

Certes. on pourrait mettre un '.' alors?

ca y est jm sait repondre. victoire et bon appetit!