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Local score: Improving GWAS resolution using local score.

Added by Maria Ines Fariello Rico 6 months ago

Quantitative trait loci (QTL) with small effects, which are pervasive in quantitative phenotypic variation, are difficult to detect in genome-wide association studies (GWAS). To improve their detection, we propose to use a local score approach that accounts for the surrounding signal due to linkage disequilibrium, by accumulating association signals from contiguous single markers.

We also updated the scripts, so now is possible to compute the distribution of the local score for xi= 3 and 4, under the assumption that the p-values follow a uniform distribution.

Reference:

GEEDOC: Geedoc est reparti

Added by Marie-Christine Batut 6 months ago

Comme annoncé dans le titre, la base de données est fonctionnelle. Vous pouvez vous connecter à Geedoc.
Cordialement,
Kinou

GEEDOC: Arrêt du serveur au CTIG

Added by Marie-Christine Batut 6 months ago

Bonjour,

Je vous remercie pour votre réponse rapide.

La date bloquée pour l'intervention est Le MARDI 04 Juin 2019 de 09 h 00 à 12 h 00.

Cdlt,
JHU

GEEDOC: Arrêt du serveur au CTIG (A vous de répondre)

Added by Marie-Christine Batut 6 months ago

Le serveur de bases de données DGA5 au CTIG doit être arrêté pour intervention de 4 heures.
Pouvez-vous dire si vous avez des impératifs. Ou plutôt indiquer vos jours et heures de disponibilités dans le doodle indiqué.
Merci d'avance,
Marie-Christine

-------------------- Message du CTIG --------------
Bonjour,

Serveur Impacté : DGA5

En vue de changement de lecteur DAT intégré sur le serveur DGA5, nous aimerions faire un arret de 4 heures afin que les techniciens puisse intervenir.
J'ai mis des dates à vous de choisir le Jour et le Creneau qui vous convient :

https://framadate.org/LNlbumbHwyXpbsiH

Merci de votre compréhension.
Equipe système
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GEEDOC: Version 6.15

Added by Marie-Christine Batut 6 months ago

Bonjour,

La version 6.15 est disponible.
Attention, si vous avez les droits admin, Lancer Geedoc, se connecter à Geedoc, puis Menu "?" MAJ "Version Geedoc".

Les nouveautés de la version 6.15 (24/05/2019)

Table ANIMAL : ajout des champs D_ETAT_PHYSIO de type Date, CD_ETAT_PHYSIO de type char sur 1, COMMENT_NAIS de type varchar2 sur 40
ajout des 2 champs TRAYON_SUR_DROIT de type char sur 1 et TRAYON_SUR_GAUCHE de type char sur 1.
Table PRESENT : ajout du champ COMMENT_SORTIE de type varchar2 40
Table ELV_ACTIF : ajout des champs MB_ECART_IA de type number sur 2, MB_ECART_LN de type number sur 2

Nouvelle table FAMILLE_HIST : Tout changement du champ Famille est gardé dans la table FAMILLE_HIST (fait au niveau du serveur par un trigger MAJ_FAMILLE.sql).

Menu Fichier

Paramètres généraux :
Nouvel onglet "Paramètres liés à la mise Bas"
Possibilité de modifier les 2 paramètres MB_Ecart_IA et MB_Ecart_LN de la table ELV_ACTIF.

Nouveau champ PDS_NAIS lié à la table PESEE : possibilité de modifier la valeur min et max.
Nouveau champ NOTE_LOMB lié à la table ETAT_CORPOREL: possibilité de modifier la valeur min et max.
Nouveau champ NOTE_STER lié à la table ETAT_CORPOREL: possibilité de modifier la valeur min et max.

Menu Effectif

Voir Animal : Ajout de l'onglet "Changement Famille" en haut et "Plan d'accouplement" au niveau de l'onglet "Repro".
Lister les Animaux : possibilité d'afficher tous les nouveaux champs de la table ANIMAL
Lot Physique : bug corrigé.

Menu MiseBas

Saisie : Validité de la saillie fécondante en fonction des paramètres Mb_Ecart_Ia et Mb_Ecart_LN
Mode de mise-bas : "Normale" et "Difficile" : possibilité de saisir des agneaux/chevreaux
Poids naissance : contrôle par rapport à la valeur min et max mis dans la table PARAMETRE pour chaque élevage de production, espèce et production. Message d'alerte.
Affichage de la pesée de naissance dans la grille des agneaux/chevreaux à la saisie.
Règle pour Famille : la famille de la mère est transmise aux agneaux pour l'élevage Laqueuille elv_ne='63189112' (comme pour Les Verrines elv_ne='86139415').

Menu Mesures

Etat Corporel : Necs
Saisie de la Note lombaire et de la note sternale : vérification des bornes min et max mis dans la table PARAMETRE pour chaque Elevage de production, espèce et production.
A Partir d'un fichier : vérifications également.

Menu Lait

Traite des animaux
Possibilité de modifier Date et heure d'analyse dans la fiche Traite des Animaux (demande de Evelyne Bruneteau)

GEEDOC: Version 6.14

Added by Marie-Christine Batut 8 months ago

Bonjour,

La version 6.14 est disponible.
Attention, si vous avez les droits admin, Lancer Geedoc, se connecter à Geedoc, puis Menu "?" MAJ "Version Geedoc".

Les nouveautés de la version 6.14 (04/04/2019)

Dans les Onglets "A partir d'un fichier" : pb sur la lecture des dates : ok bugs modifiés.

Menu Effectif

Lot physique : A partir d'un fichier : test avec beaucoup d'animaux à Lafage-Ovins-Lait : pb des curseurs : ok toute la procédure a été modifiée.
Faire des fichiers de 1000 animaux maximum.

Mouvements des animaux : le cas spécial des animaux vivants de Langlade à l'ENVT a été supprimé. L'envoi des animaux à l'ENVT est comme pour les autres élevages.
Il faudra peut-être se connecter sur ENVT pour faire Réception. Ou alors faire une réforme avec destination ENVT (elv=31555215).

GEEDOC: TraceAppli

Added by Marie-Christine Batut 8 months ago

Bonjour,

Pour tous ceux qui utilisent les automates Baléa (Le jaune COMAGPA et le TEO), il faut de temps en temps lancer TraceAppli.
Ceci se fait sur l'application Geedoc, menu Mesures puis TraceAppli.

A quoi cela sert ?
1) A enregistrer dans la base de données TraceAppli tous les paramètres des chantiers de pesées, les Tares ..etc..
Tous les fichiers d'émission et de retours sont aussi sauvegardés.
Si vous perdez des pesées, vous pourrez normalement les retrouver. Voir avec Edmond Ricard la procédure pour les récupérer.

2) A contrôler tous les plateaux de pesées : mission qualité. (A faire tous les ans).

Bon week-end
Marie-Christine

GEEDOC: Version 6.13

Added by Marie-Christine Batut 8 months ago

Bonjour,

La version 6.13 est disponible.
Attention, si vous avez les droits admin, Lancer Geedoc, se connecter à Geedoc, puis Menu "?" MAJ "Version Geedoc".

Les nouveautés de la version 6.13 (15/03/2019)

Tous les traitements avec Dates ont été modifiés (Attention, je n'ai pas re-testé tous les modules).
Ceci pour préparer la migration de Oracle à PostGreSQL (pas d'échéance entre 1 an et 5 ans).

Menu Codes

Liste et MAJ des véhicules et des transporteurs

Suppression de Entreprise dans les tables DEF_TRANSPORTEUR et TRANSPORTEUR_ACTIF.

Menu Effectif

Transport des animaux : Suppression du comboBox sur les Entreprises. Les Véhicules et les Transporteurs ne sont pas liés à une entreprise.
Document de circulation : afficher le numéro de transporteur en haut du document plus autres détails demandés par Mathias.

Menu Lait

Ajout de PARAM_NBJOUR number sur 2 et PARAM_QTE Number sur 4 dans la table ELV_TRAITE

Liste et MAJ des traites
Par Femelle : Ajout de "Calculer les incohérences sur la Quantité de lait" et "Calculer les incohérences sur la Quantité de lait + afficher Place".
Nouvel Onglet "MAJ pour vérifier les incohérences" :
MAJ de PARAM_NBJOUR : nombre de jours admis entre deux dates de traite
et MAJ de PARAM_QTE : intervalle en ml admise pour la quantité de lait entre deux dates de traite.

Menu Export

Export OVALL : Renouvellement des Repro : Ajout de l'option Exporter les animaux "Mettre En repro à une certaine date"

SICPA Conditions d'ambiance: Lien Ontologies

Added by Sophie Normant 9 months ago

SICPA Conditions d'ambiance: Réunion en visio le 12/02/2019

Added by Sophie Normant 10 months ago

Ordre du jour :
Présentation du projet
Retour sur les enquêtes réalisées suite aux visites sur les UE
L’ontologie EOL
La réglementation
Définition des besoins des scientifiques
Discussion sur les liens à mettre en place avec :
  • Les bâtiments / les installations
  • Les animaux lot ou individus
  • La métrologie…

Le stockage et l’interrogation des données
Élaboration du plan de projet d’après le modèle du Cati Sicpa
Discussion sur la constitution du comité de pilotage et la désignation d’un chef de projet métier

Modèle plan de projet Cati Sicpa

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