Forge DGA

The popsizeabc code included in comp_stat1.zip is no more consistent with recent versions of msprime. From msprime version 0.6.2 (and maybe even some ealier ones) please use the updated code in comp_stat1.2.zip

Quantitative trait loci (QTL) with small effects, which are pervasive in quantitative phenotypic variation, are difficult to detect in genome-wide association studies (GWAS). To improve their detection, we propose to use a local score approach that accounts for the surrounding signal due to linkage disequilibrium, by accumulating association signals from contiguous single markers.

We also updated the scripts, so now is possible to compute the distribution of the local score for xi= 3 and 4, under the assumption that the p-values follow a uniform distribution.

Reference:

• A local score approach improves GWAS resolution and detects minor QTL: application to Medicago truncatula quantitative disease resistance to multiple Aphanomyces euteiches isolates https://www.nature.com/articles/s41437-019-0235-x

http://147.99.156.182/ontologies/visualisation/ontologie/

Ordre du jour :
Présentation du projet
Retour sur les enquêtes réalisées suite aux visites sur les UE
L’ontologie EOL
La réglementation
Définition des besoins des scientifiques
Discussion sur les liens à mettre en place avec :

• Les bâtiments / les installations
• Les animaux lot ou individus
• La métrologie…

Le stockage et l’interrogation des données
Élaboration du plan de projet d’après le modèle du Cati Sicpa
Discussion sur la constitution du comité de pilotage et la désignation d’un chef de projet métier

Modèle plan de projet Cati Sicpa

Bonjour,

Les 4 gemma serveurs Porc, Poule, Lapin et Ruminant sont passés en Release N
Problème sur la création de Gel à la main avec Fluo : bug sur la couleur des fluo en numérique résolu (normalement).
A vous de jouer.

We were glad to participate to the SSPMG 2017 summer school in Aussois. This was the oportunity to create a gentle introduction to hapFLK, which you can find on github here . This provides a bit more introduction on the FLK/hapFLK concepts and a tutorial on performing an analysis from scratch, a bit more complete than the simple Lactase example available here.

We are glad to announce the release of the new hapflk release numbered 1.4. This release includes bug fixes on the calculation and handling of the kinship matrix. All users are invited to upgrade to the new version.

In addition, hapflk is now available on the python package index ( https://pypi.python.org/pypi/hapflk ) so that hapflk can now be installed and upgraded using the pip package manager.

## install
sudo pip install hapflk
## upgrade
sudo pip install hapflk --upgrade

The packages will still be made available here.

Un problème d'accès au serveur DNS de l'INRA a causé des difficultés pour se connecter à la forge DGA depuis vendredi après-midi (28/07/2017). Ce problème semble résolu et l'accès est à nouveau accessible normalement.

Pour cause d'intervention sur le réseau du centre de Jouy en Josas, la forge DGA indisponible le 17 mars entre 07h30 et 08h30.

Pour cause d'intervention sur le réseau du centre de Jouy en Josas, la forge DGA indisponible le 16 mars entre 07h30 et 08h30.