Outils génétiques Extérieur¶
CRI-MAP 2.503¶
Voir : http://www.animalgenome.org/bioinfo/resources/manuals/Embnetut/Crimap/
La liste des utilisateurs de crimap : crimap-users@animalgenome.org
Lancemant crimap par la commande crimap
Mail du 7 mars 2013 : "CRI-MAP and full-sibling families, MultiMap"¶
[ Cri-Map Users Mailing List - Mail distributed to 202 members ]
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Hi All
All versions of CRI-MAP have errors in twopoint handling for full-sibling
families. These are most problematic for large full-sibling families. We
are still working on this problem. In the meantime we have an interim
version of CRI-MAP that gives better full-sibling twopoint results than the
available versions. The other modules of CRI-MAP do things differently to
twopoint and don't have the same problem with full-sibling families.
There are some problems with versions 2.504 and 2.504a and MultiMap that
are caused by some debug messages inadvertently being left in the lispcri
version of the code. The interim version includes fixes for this.
If you wish to use this interim version then please contact me and I will
send it to you. We are not releasing this version more generally as there
are a couple of outstanding issues with the new map building module that we
want to fix first.
Regards
Jill Maddox
Jill Maddox 16 Park Square Port Melbourne, 3207 Australia phone: 03 9646
0428 E-mail: jillian.maddox@alumni.unimelb.edu.au
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-o http://www.animalgenome.org | Help desk: bioinfo-team@animalgenome.org
-o NRSP8 National Animal Genome Research Program - Supported by USDA/NIFA
-o Unsubscribe: send "unsubscribe" to: crimap-users-request@animalgenome.org
crEDC¶
Sur dga12 et dga8. Se lance par la commande : crEDC
L'exécutable se trouve dans /logiciels/EDC/mtedc_5e_rel
ASReml¶
Release 4.2¶
En production depuis le 20 février 2024
Le CTIG a souscrit la nouvelle version proposée par l'éditeur, la 4.2 (voir https://vsni.co.uk/software/asreml). Elle est utilisable :- en ligne de commande (version SA= Stand Alone) sur les serveurs suivants :
- RStudio-server (en web https://ctig-services.inrae.fr/Rstudio ou directement en mode commande en se connectant de dga14 ou dga20 avec ssh ctig-rstudio-server-01)
- sur les nœuds « redhat8 » du cluster ( via un qsub avec la queue redhat8q )
- sous forme de package R sous rstudio server (sur les mêmes serveurs), uniquement pour l'instant avec les versions 4.1.1 et 4.2.1 de R
La syntaxe qui était utilisée par les versions 3 et 4.1 d'ASREML continue à être acceptée par la version 4.2.
En version SA : vous devez utiliser la commande :
asreml42
En R, sous RStudio Server 4.1.1 ou 4.2.1 ou sur les nœuds redhat8 du cluster, vous devrez utiliser le code suivant :
library(asreml)
A l'occasion de cette montée de niveau le "licensing" change : nous avons souscrit 10 jetons. Nous vous demandons de veiller à libérer les ressources le plus vite possible et de limiter les utilisations parallélisées sur le cluster.
Release 4.1¶
ASREML 4.1 n’est plus disponible sur dga20 ou via les queues « classiques » du cluster à partir du 29/02/2024
Release 3.0¶
ASREML 3.0 n’est plus disponible sur dga20 ou via les queues « classiques » du cluster à partir du 29/02/2024
Informations complémentaires¶
Le 22/05/2013 14:26, Guillaume Salle a écrit :
Bonjour,
J’ai fait des analyses av AsReml il y a 3 semaines, mais aujourd’hui il ne m’est plus possible de lancer le logiciel :>
« ASReml 3.00 [01 Jan 2009] gm [22 Jun 2010]>
An error has occurred whilst reading the license key ”>Pouvez-vous m’indiquer la marche à suivre s’il vous plait ?
Martin Souchal a écrit :
Il n'est possible de faire tourner que 5 utilisateurs utilisant asreml simultanément. Cet après midi vous êtes plus de 5 à utiliser asreml, d'ou les problemes de licenses.
La seule solution est de voir avec les autres utilisateurs utilisant ASREML ou de patienter.
laurianne canario a écrit :
Si j'essaye de lancer la commande ''asreml3 -s8 Model1Asreml3.as'', ça ne fonctionne pas: dga2:/ugen/ugenlca/AssocSwitz # asreml3 -s8 Model1Asreml3.as ASReml 3.00 [01 Jan 2009] gt [26 Nov 2010] Registered to: INRA Serial Number: 12345678, expiry: 31-Dec-2015 STOP INSUFFICIENT MEMORY AVAILABLE
Avant de lancer la commande asreml3, pouvez vous passer les 2 commandes suivantes
ulimit -m unlimited
ulimit -d unlimited
Je viens de le tester via la commande : asreml3 -W270 toto.as et je n'ai plus le message indiquant une mémoire insuffisante
T.Coudert
Durant le dernier mois de validité de la licence, asreml 4 essaie d'ouvrir une fenêtre graphique pour afficher un Warning (expiration de la licence dans moins d'un mois).
Cet essai d'affichage provoque une erreur dans asreml (Segmentation Fault).
Pour remédier à ce problème, il faut exécuter la commande suivante avant de lancer asreml4
unset DISPLAY
FImpute¶
FImpute (ef-impute) was mainly developed for large scale genotype imputation in livestock where hundreds of thousands of individuals are genotypes with different panels.
Version 2.2
Version 3
- lancement par la commande FImpute
- Documentation : FImpute_documentation.pdf
Cette version n'est disponible que sur les noeuds du cluster ( et pas sur dga20). Cette version n'est donc utilisable que via SGE
- lancement par la commande FImpute3
- Documentation: FImpute3_documentation.pdf
FPC¶
FingerPrinted Contigs- lancement par la commande fpc_local
- Documentation : http://dgasp1.jouy.inra.fr:49213/doc_ctig/logiciels/FPChelpdoc.htm
PEST¶
PEST is a software package for multivariate prediction and estimation. It covers fixed, random and mixed models.
Concernant la limitation de la taille mémoire, on n'est pas réellement limite a 32Mo:- si on execute "pest nom_fichier_parametres" on est limité a 32Mo
- si en revanche on execute "pest nom_fichier_parametres NNN", on est alors limité a NNN Mo (par exemple, on peut mettre NNN=256 pour 256 Mo, NNN=1024 pour un Giga, etc).
contact : <ctig.systeme@dga.jouy.inra.fr>
Permet de résoudre notamment le problème de la largeur de sortie dans l'output (limité dans la version précédente à 10 caractères ou 5 caractères + PEV)
- Nom de l'exécutable : pest
- documentation pest-v4_manuel.pdf .
VCE¶
VCE is a program to estimate covariance matrices in a rather general manner.Three methods are available: REML using analytical gradients, a Monte-Carlo EM which also does REML and GIBBs sampling. plus d'informations sur http://vce.tzv.fal.de/software
version 6.0.2
- Sous /logiciels/vce6/bin , nom de l'exécutable : vce6
- Documentation : vce6-manual-3.1-a4.pdf
WOMBAT¶
WOMBAT est un logiciel d'estimations des composantes de variances développé et compilé par Karin Meyer. Plus de détails sur http://didgeridoo.une.edu.au/km/wombat.php
2 exécutables sont accessibles :- wombat version du 25/02/2020 (expire le 01/01/2030)
- wombat2017 version du 25/08/2017 (expire le 01/08/2022)
ces exécutables peuvent être lancés via les commandes suivantes
wombat
wombat2017
Manuel d'utilisation (version février 2020) : http://didgeridoo.une.edu.au/km/WOMBAT/WWW/manual.html
Manuel d'utilisation (version aout 2017) : WombatManual-V20170531.pdf
Manuel d'utilisation (version mars 2017) : WombatManual-V20170308.pdf
Manuel d'utilisation (version avril 2008) : WombatManual.pdf
Des exemples sont disponibles sous /bao/WOMBAT/Examples .
Le manuel d'utilisation (format html) sur http://didgeridoo.une.edu.au/km/WOMBAT/WWW/manual.html
PLINK¶
PLINK is a free, open-source whole genome association analysis toolset, designed to perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient manner. Plus de détails sur http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/gplink.shtml
Exécutables accessibles :- plink (pour l'interface java : gplink ) : version 1.07
- plink-1-09 : version 1.09b4
VCFTools¶
VCFTools est un logiciel de manipulation et d'analyse de fichiers de séquence au format vcf.
Lancement par la commande : /bao/vcftools/bin/vcftools
Pour en savoir plus : http://vcftools.sourceforge.net/
Admixture¶
ADMIXTURE is a software tool for maximum likelihood estimation of individual ancestries from multilocus SNP genotype datasets. It uses the same statistical model as STRUCTURE but calculates estimates much more rapidly using a fast numerical optimization algorithm.
You will find the corresponding user’s guide at the webite :
https://www.genetics.ucla.edu/software/admixture/admixture-manual.pdf
ADMIXTURE est un logiciel pour l’estimation par maximum de vraisemblance des origins ancestrales individuelles à partir de genotypes SNP. Il est fondé sur le même modèle statistique que STRUCTURE, mais est beaucoup plus rapide. Vous trouverez un guide d’utilisation sur le site :
https://www.genetics.ucla.edu/software/admixture/admixture-manual.pdf
blupf90¶
Une série de programmes fortran compilés pour réaliser des évaluations dites Single Step (entre autres). Plus d'info sur le site officiel.
Présentation de Iola Croue en PDF: Présentation_BLUPF90.pdf.