GWAS - Muller

Version avec gestion d'une carte génétique

Müller et al (2011) {Müller BU, Stich B, Piepho HP, 2011. A general method for controlling
the genome-wide type I error rate in linkage and association mapping experiments in plants.
Heredity 106: 825-831} ont proposé une méthode pour le contrôle de l’erreur de première espèce
dans les analyses d’association ou de liaison, basée sur une méthode rapide de simulation.
Cette méthode est applicable aux approches de type « genome scan » dans lesquels chaque chromosome
est exploré en testant successivement la présence d’un QTL en une succession de localisations.
La méthode prend en compte la non-indépendance, engendrée par la liaison génétique, entre les distributions
des statistiques de test aux différentes positions. Elle le fait très rapidement par le calcul des éléments
de la matrice des covariances entre ces statistiques de test et sa décomposition spectrale.

Le logiciel développé dans le cadre du projet ANR Rules & Tools est une application directe de l’algorithme proposé
et permet d'exécuter des BLUP (programme BLUPF90 de Ignacy Misztal and collaborators, University of Georgia) afin
d'obtenir les tests statistiques pour chaque SNP du groupe de liaison testé et enfin de calculer des seuils de rejets
objectifs de l’hypothèse d’absence de QTL sur un groupe de liaison.