Description du fichier performance generé pour blupf90¶

Fichier de performance¶

On enregistre les information dans un tableau data simulant le fichier de performance pour blupf90

• La premiere colonne correspond au ID des animaux
• La deuxieme colonne corespond à la moyenne generale (effet fixé avec 1 niveau)
• la troisieme colonne correspond au status du marqueur ** 2 niveaux minimum (marqueur avec MAF=0 doivent etre supprimé) ** si un genotype est 0, on doit faire un +1 sur le status de chaque individus car 0 est une donnee manquante pour blupf90
• la quatrieme colonne correspond au poid de la performance
• la cinquieme colonne correspond à la performance
• les colonnes suivantes sont les effets de nuisances que l'utilisateur souhaite dans le modele

Generation du fichier parametre¶

dans la section

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT  [EFFECT NESTED]

Les premiers effet doit etre la moyenne generale

 2 1 cross

ensuite on definit les effets de nuisance utilisateur.

l'avant dernier effet est l'effet SNP et le dernier effet reference est l'effet polygenique

 3 1 cov
 1 17000  cross
...
 RANDOM_GROUP
 <NB_EFF_DU_MODEL>
 RANDOM_TYPE
 add_animal

exemple sans effet de nuisance

 NUMBER_OF_TRAITS
 1
 NUMBER_OF_EFFECTS
 3
 OBSERVATION(S)
 5
 WEIGHT(S)
 4
 EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT  [EFFECT NESTED]
 2 1 cross
 3 1 cov
 1 17000  cross
 RANDOM_RESIDUAL VALUES
   4.98169620000000     
 RANDOM_GROUP
 3
 RANDOM_TYPE
 add_animal

 (CO)VARIANCES
   28.2296118000000     
 OPTION sol se
 OPTION solv_method FSPAK

Notes¶

On a toujours

NUMBER_OF_TRAITS
 1

 OBSERVATION(S)
 5
 WEIGHT(S)
 4