Construire nos questions

Ce qui n’est pas clair (pour au moins l’un d’entre nous).

Pour le moment l’expression est totalement libre…. Vous êtes invités à allonger la liste des questions qui ne sont pas résolues pour vous ou pour lesquelles vous avez une réponse qui mérite d’être débattue.

  1. Régression, QTDT, GRAMMAR, FASTA…. Ne pourrait on en faire un arbre généalogique qui aiderait à leur présentation ? est ce que ça veut dire établir une grille de caractéristique des approches qui permette de les situer les unes par rapport aux autres?
  2. Comment établit on les phases, fabrique t’on les haplotypes, à partir des informations populationnelles ?
  3. Pourquoi se contente t’on de la phase la plus probable quand on fait du LDA ? Y a-t-il une grande différence de probabilité avec la deuxième phase la plus probable ? Et si non, ne faudrait il pas considérer toutes les phases de probabilité non négligeable ?
  4. Ne peut on pas se contenter de calculer des phases locales et travailler par tuilage ?
  5. Quelle est la signification génétique de travailler sur les probabilités d’IBD alors que les QTL mutent ?
  6. Quelles mesures sont disponibles pour estimer des distances entre haplotypes ?
  7. Quels instrument de classification peut on utiliser pour regrouper les haplotypes ?
  8. Le choix de distance / classification est il important sur le produit final (la détection des QTL) ?
  9. Quels seuils de rejet de l’hypothèse d’absence de QTL doit on prendre en LA, LDA, LDLA ?
  10. Comment construit on un test statistique quand on imagine qu’il existe un nombre indéfini de QTL de localisation et d’effet inconnus ?
  11. Pourquoi les observations contredisent elles l’utilisation de seuils très élevés en bovins laitiers ?
  12. Sur quelle distance faut il construire les haplotypes ?
  13. Comment lisser le signal donné par le LD ?
  14. De quelle part du hasard (la répartition des génotypes, celle des phénotypes, de l’informativité) vient le caractère brownien des statistiques de test dans le LDA ?
  15. L’analyse de liaison est elle réellement plus robuste qu’une bonne LDA ?
  16. Est il utile de faire des familles et de quelle taille ?

==> J'ai du rater quelque chose: il y a du LA, du LD, du LDA et du LDLA. Le LDA m'échappe, à quoi cela se réfère t il?