SIDExTRACT¶

SIDExTRACT est un programme python qui permet d'extraire des données depuis la base SIDEx. Il est destiné aux extractions de grandes quantité de données qui ne peuvent pas être réalisées depuis le logiciel windows, en raison de leur durée (plusieurs heures). De ce fait, SIDExTRACT doit être exécuté depuis une machine du CTIG (ex : dga20). Il génère un fichier .dat qui peut ensuite être importé dans SAS, pour analyse.

Utilisation¶

flaperruque@dga20:~# python /home/flaperruque/SIDExTRACT.py
/home/flaperruque/SIDExTRACT.py v2.4 (19/09/2017)
/home/flaperruque/SIDExTRACT.py -c cle -t typeid (classique, rfid, officielle) -d aaaa-mm-jj -f aaaa-mm-jj -s 1

En sortie de la commande, un fichier 'num_expe.dat' est généré. 'num_expe' correspond au numéro attribué par SIDEX, à l'expérimentation dont sont issues les données extraites.
Si des dates de début et/ou de fin ont été utilisées pour filtrer les données à extraire, elles sont rajoutées au nom du fichier (ex : 2790_2017-02-01_2017-02-05). Si l'argument "-s 1" a été utilisé sur la ligne de commande, le nom du fichier sera complété par la chaine de caractères "_cassandra".

La dernière version de ce programme étant toujours présente dans le répertoire /home/flaperruque, il est recommandé de l'appeler avec la syntaxe :
python /home/flaperruque/SIDExTRACT.py -c cle -t typeid ...

Paramètres¶

-c cle : Ce paramètre est obligatoire. Cette clé est créée et associée automatiquement à l'expérimentation par SIDEx. Elle est récupérable depuis le logiciel windows en faisant un <clic droit> sur la liste des expérimentations en cours, puis en cliquant sur 'Générer le fichier XML interface d'importation de données et la clé secrète de l'expé... Ces informations sont envoyées automatiquement par mail.

-t typeid : Ce paramètre, optionnel, correspond à la forme de l'identifiant animal qui sera positionné, en 1ère colonne, dans le fichier d'extraction. Il peut prendre les valeurs 'classique', 'rfid' ou 'officielle'. Si aucun paramètre n'est défini ou si le paramètre n'a pas une des valeur précédentes, c'est la valeur classique qui lui est attribué.

-d aaaa-mm-jj et -f aaaa-mm-jj : Ces 2 paramètres sont optionnels, si aucun n'est défini, toutes les données de l'expérimentation sont extraites. Si -d aaaa-mm-jj est utilisé seul, les données collectées depuis cette date et jusqu'à la fin de l'expérimentation, sont extraites. Si -f aaaa-mm-jj est utilisé seul, les données collectées depuis le début et jusqu'à cette date sont extraites. Si les 2 paramètres sont définis, les données collectées entre ces 2 dates sont extraites, y compris celles des 2 jours concernés.

-s 1 : Argument obligatoire pour exporter les dates des mesures au format compatible Cassandra (aaaa-mm-jj au lieu de jjmmaaaa). Il ne doit pas être utilisé pour une extraction classique.

Exemples d'utilisation avec les 3 paramètres <typeid>¶

flaperruque@dga20:~/000# python /home/flaperruque/SIDExTRACT.py -c raoylhey2yrrigukw9b11jass3x64dudh7p9hc1zboa08ognn -t classique

Version 2.1 (06/01/2016)
Cle :  raoylhey2yrrigukw9b11jass3x64dudh7p9hc1zboa08ognn
Type Identifiant :  classique

['CODE BARRE SANG 1', 'CODE BARRE SANG 2', 'CODE BARRE CENTRIFUGATION', 'CODE BARRE PLASMA']

flaperruque@dga20:~/000# cat 398.dat
 FR29MQ1;803287;010402;;;;GC8614;05032009;11:27:00;;;;;;;
 FR29MQ1;803292;010405;;;;GC8616;05032009;11:26:12;;;;;;;
 FR29MQ1;803296;010412;;;;GC8617;05032009;11:26:41;;;;;;;
 FR29MQ1;803307;010410;;;;GC8618;05032009;11:25:25;;;;;;;
 FR29MQ1;803310;010406;;;;GC8493;05032009;11:25:54;;;;;;;
 FR29MQ1;803332;010404;;;;GC8613;05032009;11:29:43;;;;;;;
 FR29MQ1;803340;010407;;;;GC8492;05032009;11:24:50;;;;;;;
 FR29MQ1;803356;010401;;;;GC8615;05032009;11:27:14;;;;;;;
 FR56DA9;801044;010701;;;;GC8487;05032009;11:24:13;;;;;;;
 FR56DA9;801068;010708;;;;GC8486;05032009;11:23:32;;;;;;;
 FR56DA9;801069;010709;;;;GC8491;05032009;11:25:07;;;;;;;
 FR56DA9;801097;010705;;;;GC8488;05032009;11:22:36;;;;;;;
 FR56DA9;801110;010706;;;;GC8612;05032009;11:27:34;;;;;;;
 FR56DA9;801180;010703;;;;GC8490;05032009;11:23:50;;;;;;;
 FR56DA9;801208;010704;;;;GC8485;05032009;11:23:00;;;;;;;
 FR56DA9;801228;010711;;;;GC8489;05032009;11:23:15;;;;;;;

flaperruque@dga20:~/000# python /home/flaperruque/SIDExTRACT.py -c raoylhey2yrrigukw9b11jass3x64dudh7p9hc1zboa08ognn -t rfid

Version 2.1 (06/01/2016)
Cle :  raoylhey2yrrigukw9b11jass3x64dudh7p9hc1zboa08ognn
Type Identifiant :  rfid

['CODE BARRE SANG 1', 'CODE BARRE SANG 2', 'CODE BARRE CENTRIFUGATION', 'CODE BARRE PLASMA']

flaperruque@dga20:~/000# cat 398.dat
00000000000018905627;;;;GC8614;05032009;11:27:00;;;;;;;
00000000000018905641;;;;GC8616;05032009;11:26:12;;;;;;;
00000000000018905854;;;;GC8617;05032009;11:26:41;;;;;;;
00000000000018905826;;;;GC8618;05032009;11:25:25;;;;;;;
00000000000018905688;;;;GC8493;05032009;11:25:54;;;;;;;
00000000000018905640;;;;GC8613;05032009;11:29:43;;;;;;;
00000000000018905700;;;;GC8492;05032009;11:24:50;;;;;;;
00000000000018905624;;;;GC8615;05032009;11:27:14;;;;;;;
00000000000021161205;;;;GC8487;05032009;11:24:13;;;;;;;
00000000000021161627;;;;GC8486;05032009;11:23:32;;;;;;;
00000000000021161723;;;;GC8491;05032009;11:25:07;;;;;;;
00000000000021161474;;;;GC8488;05032009;11:22:36;;;;;;;
00000000000021161570;;;;GC8612;05032009;11:27:34;;;;;;;
00000000000021161351;;;;GC8490;05032009;11:23:50;;;;;;;
00000000000021161401;;;;GC8485;05032009;11:23:00;;;;;;;
00000000000021161257;;;;GC8489;05032009;11:23:15;;;;;;;

flaperruque@dga20:~/000# python /home/flaperruque/SIDExTRACT.py -c raoylhey2yrrigukw9b11jass3x64dudh7p9hc1zboa08ognn -t officielle

Version 2.1 (06/01/2016)
Cle :  raoylhey2yrrigukw9b11jass3x64dudh7p9hc1zboa08ognn
Type Identifiant :  officielle

['CODE BARRE SANG 1', 'CODE BARRE SANG 2', 'CODE BARRE CENTRIFUGATION', 'CODE BARRE PLASMA']

flaperruque@dga20:~/000# cat 398.dat
 FR29MQ1200803287;;;;GC8614;05032009;11:27:00;;;;;;;
 FR29MQ1200803292;;;;GC8616;05032009;11:26:12;;;;;;;
 FR29MQ1200803296;;;;GC8617;05032009;11:26:41;;;;;;;
 FR29MQ1200803307;;;;GC8618;05032009;11:25:25;;;;;;;
 FR29MQ1200803310;;;;GC8493;05032009;11:25:54;;;;;;;
 FR29MQ1200803332;;;;GC8613;05032009;11:29:43;;;;;;;
 FR29MQ1200803340;;;;GC8492;05032009;11:24:50;;;;;;;
 FR29MQ1200803356;;;;GC8615;05032009;11:27:14;;;;;;;
 FR56DA9200801044;;;;GC8487;05032009;11:24:13;;;;;;;
 FR56DA9200801068;;;;GC8486;05032009;11:23:32;;;;;;;
 FR56DA9200801069;;;;GC8491;05032009;11:25:07;;;;;;;
 FR56DA9200801097;;;;GC8488;05032009;11:22:36;;;;;;;
 FR56DA9200801110;;;;GC8612;05032009;11:27:34;;;;;;;
 FR56DA9200801180;;;;GC8490;05032009;11:23:50;;;;;;;
 FR56DA9200801208;;;;GC8485;05032009;11:23:00;;;;;;;
 FR56DA9200801228;;;;GC8489;05032009;11:23:15;;;;;;;