QTLMap

Sur une analyse 2 QTL, pour un max de vraisemblance en positions (x1,x2), tu peux extraire de la surface de vraisemblance une courbe f(x/x1) pour avoir l'intervalle de confiance pour x2, et inversement f(x/x2) pour x1. Je ne crois pas qu'il y ait de litterature spécifique pour cela.
Idem avec f(x/x1,x2) ect pour trois QTL...

J'ai fini d'implementer les IC pour du multi-QTL. Je met en attachments la sortie.

on affiche pour chaque test (H1/H0 pour qtl=1, H2/H1 et H2/H0 pour qtl=2, etc....) et chaque caractere :

- nom du QTL
- Sa position
- La methode de calcul IC (drop-off,hengde li, boostrap intra-famille,boostrap globale )
- la position "à gauche"
- la position "à droite"
- le marqueur flanquant à gauche
- sa position
- le marqueur flanquant à droite
- sa position

"Name Position Method Average Pos Left Pos Right Left flank marker Pos Right flank marker Pos"

la présentation me va.
sauf que dans cet exemple, je ne crois pas qu'il y ait de marqueur entre les deux positions retenues comme maximum.

• la position 0.590 est entrouré des marqueurs SW1354 (0.230) et SLA (0.620)
• la position 0.620 est entrouré des marqueurs S0383 (0.010) et SW764 (1.700)

c'est pas ça: on ne fait un test exact que si il y a dans le jeu de données un marqueur informatif entre la position 0.59 et la position 0.62.

ok, j avais pas compris.

• Est ce une information à donner dans le chapitre "Intervalle de Confiance"
• On donne les marqueurs flanquants au QTL (voir le fichier esult dans le chapitre "maximum de vraisemblance"). Ca ne suffit pas comme information pour savoir si il y a un marqueur entre les deux positions ?