Calcul des intervalles de confiances en multi-QTL

Ajouté par Olivier Filangi il y a plus de 5 ans

Je travaille sur le formattage des informations des intervalles de confiance.
Actuellement le calcul se fait pour une analyse mono-qtl. J'aimerai etendre ce calcul aux analyses qtl=2,3....

Le calcul du drop off et de hengde li utilise la courbe et (grosso-modo) calcul une aire en dessous de cette courbe, comment s etend ce calcul
lorsque qtl=2 (il y a 4 marqueurs flanquant pour les 2 QTLs testes ?) ou qtl=3 (8 flanquants),....


Réponses (6)

RE: Calcul des intervalles de confiances en multi-QTL - Ajouté par Helene Gilbert il y a plus de 5 ans

Sur une analyse 2 QTL, pour un max de vraisemblance en positions (x1,x2), tu peux extraire de la surface de vraisemblance une courbe f(x/x1) pour avoir l'intervalle de confiance pour x2, et inversement f(x/x2) pour x1. Je ne crois pas qu'il y ait de litterature spécifique pour cela.
Idem avec f(x/x1,x2) ect pour trois QTL...

RE: Calcul des intervalles de confiances en multi-QTL - Ajouté par Olivier Filangi il y a plus de 5 ans

J'ai fini d'implementer les IC pour du multi-QTL. Je met en attachments la sortie.

on affiche pour chaque test (H1/H0 pour qtl=1, H2/H1 et H2/H0 pour qtl=2, etc....) et chaque caractere :

- nom du QTL
- Sa position
- La methode de calcul IC (drop-off,hengde li, boostrap intra-famille,boostrap globale )
- la position "à gauche"
- la position "à droite"
- le marqueur flanquant à gauche
- sa position
- le marqueur flanquant à droite
- sa position

"Name Position Method Average Pos Left Pos Right Left flank marker Pos Right flank marker Pos"

result (25,918 ko)

RE: Calcul des intervalles de confiances en multi-QTL - Ajouté par Helene Gilbert il y a plus de 5 ans

la présentation me va.
sauf que dans cet exemple, je ne crois pas qu'il y ait de marqueur entre les deux positions retenues comme maximum.

RE: Calcul des intervalles de confiances en multi-QTL - Ajouté par Olivier Filangi il y a plus de 5 ans

on informe sur chacune des positions trouvées,
Dans l'exemple, on a (pour H2/0, en drop-off, seuil=90%):
  • la position 0.590 est entrouré des marqueurs SW1354 (0.230) et SLA (0.620)
  • la position 0.620 est entrouré des marqueurs S0383 (0.010) et SW764 (1.700)

RE: Calcul des intervalles de confiances en multi-QTL - Ajouté par Helene Gilbert il y a plus de 5 ans

c'est pas ça: on ne fait un test exact que si il y a dans le jeu de données un marqueur informatif entre la position 0.59 et la position 0.62.

RE: Calcul des intervalles de confiances en multi-QTL - Ajouté par Olivier Filangi il y a plus de 5 ans

ok, j avais pas compris.

  • Est ce une information à donner dans le chapitre "Intervalle de Confiance"
  • On donne les marqueurs flanquants au QTL (voir le fichier esult dans le chapitre "maximum de vraisemblance"). Ca ne suffit pas comme information pour savoir si il y a un marqueur entre les deux positions ?

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