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Hello,
suite aux discussions de ce matin en visio....

l'ecriture de la vraisemblance du LD 8 prend en compte les phases comme dans l'analyse modlin :
dans la fonction de vraisemblance, on a une boucle sur les genotypes des meres

do ig=p_spt%ngenom(current_chr,jm)+1,p_spt%ngenom(current_chr,jm+1) )

puis lorsque la vraisemblance de la famille de plein frere est calculé conditionnellement à la pahse courante 'ig', on a :

vmere=vmere+p_spt%probg(current_chr,ig)*dexp(-0.5d0*vpf)

remarque :
dans les faits, on peut lancer cette analyse que pour du genotypage HD => ce qui impose l utilisation de l'option --snp.
nous avons donc la phase la plus probable des meres et par consequent le meme resultats que avec LD 25....

Est ce que l'ecriture de la vraisemblance revient aux meme que la version linéarisé ?