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Une nouvelle version (du 25/02/2016) du logiciel Wombat est maintenant disponible sur dga12,dga18,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure

cette version est accessible via la commande: wombat2016

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#WOMBAT]]

Un cycle de présentations pour faciliter et promouvoir l'utilisation de R a été donné par Chris Hoze, Andrea Rau et Denis Laloë en mars et avril 2016 dans le cadre des eCafés GABI.

Les présentations (ainsi que les codes R associés) ont pu être ajoutées au wiki CTIG Environnement pour le logiciel R.

Amusez vous bien,
Eric

La version 1.3.0 de hapflk est installée sur dga12,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure

Cette version est accessible par la commande : /bao/hapflk/hapflk130.sh

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/LeLivret#Outils-génétiques-du-DGA]]

La version 3.2.3 de R est maintenant disponible sur les serveurs du CTIG (dga12,dga18,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure).

Elle est accessible via la commande : R323

Cette version sera mise en production d'ici 2 mois si des problèmes ne sont pas remontés

La version 4.1 d'Asreml est installée sur dga12 et dga18.
Cette version est actuellement accessible par la commande : asreml4

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#ASReml]]

La version actuelle de wombat (19/05/2012) arrive à expiration le 01/05/2015.

La version du 06/02/2015 vient d être installée sur dga12, dga18 et le cluster.

Cette version est pour le moment accessible par la commande : wombat2015

Elle sera mise en production (accessible par la commande wombat) le 30 avril 2015.

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#WOMBAT]]

Ce message concerne le logiciel SAS et ne s'adresse qu'aux personnes ayant oublié de migrer leurs bibliothèques encore en version 6 de SAS, avant le passage de dga2 à dga12.

En général, les noms des bibliothèques de la version 6 de SAS sont suffixées par ssd01.

Les bibliothèques V6 ne sont pas utilisables avec le SAS installé sur dga12 (et dga18).

Une licence temporaire (fin de validité le 17/06/2015) vient d'être installée à nouveau sur dga2.

Si vous avez des bibliothèques SAS V6 à convertir, veuillez vous adresser à l'équipe système (ctig.systeme@dga.jouy.inra.fr) qui réactivera votre compte sur dga2 afin que vous puissiez convertir vos bibliothèques.

Il faudra que vous communiquiez à l'équipe système l'emplacement de vos bibliothèques à convertir afin de mettre en place un accès depuis dga2.

Pour convertir vos bibliothèques de la version 6 à la version 9, vous pouvez utiliser la procédure SAS copy
exemple:
Dans l'exemple ci-dessous, repertoireV6 se rapporte au répertoire où se trouvent les bibliothèques en version 6 de SAS et
repertoireV9 au répertoire où seront créées les bibliothèques en version 9 de SAS. Cet exemple doit être exécuté sur dga2.

/*-- le script SAS commence ici --/
libname libv6 V6 '/repertoireV6' ;
libname libv9 V9 '/repertoireV9' ;
proc copy in=libv6 out=libv9 ;
run;
/*-- le script SAS se termine ici --*/*

Vous trouverez des informations sur la procedure copy en suivant le lien ci-dessous
http://support.sas.com/documentation/onlinedoc/91pdf/sasdoc_913/base_proc_8977.pdf

Le logiciel FImpute est installé sur dga12,dga18 et le cluster

FImpute (ef-impute) was mainly developed for large scale genotype imputation in livestock where hundreds of thousands of individuals are genotypes with different panels.

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#FImpute]]

• ajout d'un mode d'emploi concernant la validation de la disparition des fichiers
• des conseils pratiques afin d'archiver

https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Services#Larchivage-avec-ADA

Bonjour

Pour information une nouvelle FAQ a été ajoutée dans le wiki : elle explique comment lire un fichier compressé sans le décompresser, ce qui permet de gagner du temps et d'économiser les ressources d'une machine.

Cordialement,