Modele Animal

Développement du modèle

Le développement de cet analyse à été réalisé à partir du module m_qtlmap_incidence.F95 et se base sur les développements qui ont été réalisé pour la linéarisation des analyses MODLIN.

2 sources sont impactés :

  • m_qtlmap_incidence.F95
  • m_qtlmap_incidence_linear.f95
  • cuda_qtlmap_linear.cu (implémentation GPU de la méthode)

Modèle

sachant:

M = (I - (I + lambda*A^-1)

On calcul la solution b :

bHat = (X'.M.X)^-1 . X'.M.Y

Description des subroutines

m_qtlmap_incidence.f95/build_M_modanim

Cette routine calcul l'entité

M = (I - (I + lambda*A^-1)

m_qtlmap_incidence.f95/build_A_modanim

Construction de la matrice de parenté en utilisant la méthode récursive de Henderson

A = L.L' Aij = SUM k=1 ( Lik.Ljk )

i>j : 
   Lij = (Aij - Sum Lik.Ljk) / Ljj

i==j : 
   Lii = SQRT(Aii - SUM Lik^2)

elle est appelé par la subroutine build_M_modanim

m_qtlmap_incidence_linear.f95/modele_MA_homoscedastic

Calcul et estimation des paramètres sur chaque position testée.

  • Calcul de X'.M. X-1
  • Décomposition de cholesky
  • Calcul de X'.M.Y
  • Calcul de la variance résiduelle

Test du Modèle Animal

Attention ces scripts sont un developement spécifique et non robuste à une utilisation autre que le test du modèle animal

L'archive Workflow-ModAnimal.tar.gz contient un ensemble de script permettant de tester la puissance et la précision du modèle Animal dans QTLMap.

Ce test génère des simulations LDSO (avec un QTL unique) à partir d'un fichier pédigrée (ID PERE MERE GENERATION) puis éxécute les analyses QTLMap (Homoscedastic classic, Heteroscedastic classic, Modèle Animal).

Contenu de l'archive

  • Un générateur de généalogie src/creat_pedig.f (compil.sh compile le programme et le met dans le répertoire bin)
  • ./bin/ldso (l'executable ldso)
  • ./utils/ un ensemble de script pour le workflow d'excécution
    • functions.sh définition des fonctions utiliser dans le workflow
    • simul_all.sh simule le jeux de données en appelant dans un premier temps create_pedig puis ldso
    • workflow_ldso_qtlmap.sh : boucle sur
      • simulation du jeux de donnees
      • Execution des 3 analyses QTLMap
  • execute_all.sh le script principale d’exécution du workflow

Configuration de la simulation

Le script execute_all.sh contient la configuration générale de la simulation :
  • Emplacement des executables LDSO,CREATEPEDIG,QTLMAP
  • Paramètres de generation du fichier de généalogie :
  • Paramètres de generation de la carte
  • Options des analyses QTLMap
#!/bin/bash

ROOT=$PWD
CREATEPEDIG=$ROOT/bin/create_pedig
LDSO=$ROOT/bin/ldso
QTLMAP=/home/ofilangi/workspace-8/QTLMap-Types/build/cuda/src/qtlmap

#TO generate only dataset and qtlmap file without execution....
ACTIVE_QTLMAP="OK" # "OK" ou "KO" 

# Nombre de simulation LDSO + QTLMAP
NSIM=10

#Nombre de simulation QTLMAP
NSIM_SEUIL_QTLMAP=100
LONG_CHROMO=1.0
NB_MARKER=200
POS_QTL=0.450
EFF_QTL=0.5

H2=0.3
RATIO_POLQTL=0.500

NG=5         # Nombre de generation
NMPED=5      # Nombre de male
NFMPED=3     # Nombre de femelle par pere
NDFPED=20    # Nombre de descendant par femelle par generation historique
NMQTL=5      # Nombre de male dans le protocole QTL
NFMQTL=3     # Nombre de femelle par pere dans le protocole QTL
NDFQTL=20    # Nombre de descendant par femelle par generation historique dans le protocole QTL

QTLMAP_STEP=0.05

#analyse demi-frere
QTLMAP_NDMIN=25
QTLMAP_H2=$H2

export OMP_NUM_THREADS=4

source $ROOT/utils/workflow_ldso_qtlmap.sh

la derniere ligne lance l'execution du workflow.

Résultats

Ce script génère des répertoire et fichiers préfixer par certain paramètre.
Dans le repertoire suivant :

NG5_NMPED5_NFMPED3_NDFPED20_NMQTL5_NFMQTL3_NDFQTL20/H2_0.3_RATIO_POLQTL0.500_LONGCHROMO1.0_NMK200_POS_QTL0.450_EFF_QTL0.5/

nous trouvons un certain nombre de répertoire contenant chacun une simulation (le nom des répertoire correspond au seed utiliser pour generer la simulation) ainsi que les fichiers
RESUME_CALCUL_NDMIN25_100_STEP0.05_MODELH2_0.3_NSIMTHRESH100_<NUM> suffixé par l'option --calcul de QTLMap

18290_18568_4346_9598    
21245_7743_26746_15145  
30845_3724_3597_10001  
9068_7864_29322_27199
18501_18723_18088_27308  
21511_18206_14195_6026  
587_8406_23092_4305
18973_15872_4476_1008    
25300_29409_9347_12659  
5917_4652_2596_19926
RESUME_CALCUL_NDMIN25_100_STEP0.05_MODELH2_0.3_NSIMTHRESH100_29
RESUME_CALCUL_NDMIN25_100_STEP0.05_MODELH2_0.3_NSIMTHRESH100_3
RESUME_CALCUL_NDMIN25_100_STEP0.05_MODELH2_0.3_NSIMTHRESH100_4

Les fichier RESUME contiennent l'information sur le resultat de chaque simulation

== INFO DATASET SIMUL == 

LONG_CHROMO=1.0
NB_MARKER=200
POS_QTL=0.450
EFF_QTL=0.5
H2=0.3
RATIO_POLQTL=0.500
---------------
NG=5
NMPED=5
NFMPED=3
NDFPED=20
NMQTL=5
NFMQTL=3
NDFQTL=20
---------------
QTLMAP_H2=0.3
QTLMAP_NSIM=100

 == SIMUL == 
GROUPE_SEED POSIQTL  LRT  MARK_FLK_LEFT  MARK_FLK_RIGHT THRES_0.1000  THRES_0.0500 THRES_0.0100 THRES_0.0050 THRES_0.0027 THRES_0.0001
18290_18568_4346_9598          18.43        23.58        43.21        47.95        49.74        50.81        51.06        51.29  
5917_4652_2596_19926          16.15        18.52        26.13        27.96        28.66        29.08        29.17        29.27  
9068_7864_29322_27199          15.70        18.08        20.42        20.95        21.15        21.27        21.30        21.33  
587_8406_23092_4305 0.5000   12.27086 SNP100               SNP101                    19.14        22.58        40.71        46.06        48.13        49.38        49.67        49.95  
18973_15872_4476_1008 0.4500   17.09385 SNP90                SNP92                     21.09        25.28        53.33        60.95        63.89        65.65        66.07        66.45  
18501_18723_18088_27308 0.4500   25.45973 SNP90                SNP92                     20.00        23.09        28.13        28.60        28.75        28.84        28.86        28.87  
21245_7743_26746_15145 0.3500   11.91909 SNP70                SNP71                     16.69        21.45        32.61        33.45        33.71        33.84        33.87        33.90  
21511_18206_14195_6026 0.4500   27.70589 SNP90                SNP92                     16.54        19.04        23.21        23.66        23.82        23.91        23.93        23.95  
25300_29409_9347_12659 0.4500   27.85610 SNP90                SNP92                     16.75        21.14        29.66        30.58        30.90        31.07        31.11        31.15  
30845_3724_3597_10001 0.6000   18.88219 SNP120               SNP121                    19.82        22.22        24.77        25.02        25.10        25.15        25.16        25.17  

Information graphique

On peux obtenir une information graphique :
distribution des LRT Max de la méthode en executant le script ./utils/analyse_resume.sh <CHEMIN>/RESUME_CALCUL_NDMIN25_100_STEP0.05_MODELH2_0.3_NSIMTHRESH100_<NUM>
Ce script genere un repertoire RAPPORT contenant les graphes

Bench

Date Resultats CR
10 Avril 2012 120409-12_47_07.zip CR 28-30 3 2012.docx

protocole de simulation.docx (30 KB) Olivier Filangi, 01/18/2013 10:18 AM

Workflow-ModAnimal.tar.gz (2.54 MB) Olivier Filangi, 01/18/2013 01:11 PM

RESUME_CALCUL_NDMIN25_1500_STEP0.01_MODELH2_0.8_NSIMTHRESH1500_29.png (13.8 KB) Olivier Filangi, 01/18/2013 01:48 PM

120409-12_47_07.zip (10.6 MB) Olivier Filangi, 01/18/2013 01:49 PM

CR 28-30 3 2012.docx (14.1 KB) Olivier Filangi, 01/18/2013 02:10 PM