Spécifications techniques¶
Généralités¶
Les versions la plus récentes (>0.9.6) de QTLMap utilisent les apports de la norme 2003/2008 de Fortran pour des besoins d'architecture applicative. Les sources
sont néanmoins toujours préfixées par f95 pour des raisons pratiques (CMake n'evoluant pas en meme temps que les compilateurs, les extensions f03 f08 ne sont pas reconnues automatiquement).
QTLMap utilise principalement les fonctionnalités "Objets" définit dans la norme ce qui a permis depuis la version 0.9.6 de supprimer la gestion statique des structures de données utilisateurs (phenotypes/genotypes/carte génétique).
Information sur les sources QTLMap¶
- Rôle des types structurés QTLMap
- Organisation des sources et architecture logicielle
- Flow d'exécution du programme
Spécifications et développement des méthodes/algorithmes¶
- Organisation et récupération des données de l'utilisateur : l'objet dataset
- Calcul des phases parentales et des probabilités de transmissions des allèles aux descendants
- Organisation et génération des informations génétiques (phases/proba de transmission/reconstruction d'haplotype) : les objets spt et shp
- Les calculs implémentés dans QTLMap
- Description des types structurés utilisés pour relayer les solutions entre modules QTLMap
- Les calculs des intervalles de confiance
- Calcul sur GPU