Organisation des sources et architecture logicielle¶
Packages¶
Les sources de QTLMap sont divisées en plusieurs packages. Chaque package est composé d'un ensemble de module Fortran.
| Paquage | Module | Description | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| DATA | Types structurés | |||||
| m_qtlmap_base.F95 | Ensemble des fonctions utilisées dans l'ensemble des package de QTLMap (source:/trunk/src/data/m_qtlmap_base.F95) | |||||
| m_qtlmap_constant.f95 | Définition des constantes (source:/trunk/src/data/m_qtlmap_constant.f95) | |||||
| m_qtlmap_type_cli.F95 | Module "Command Line Interface" pour définir les options en entrée du programme QTLMap. Définition de l'aide en ligne. | |||||
| m_qtlmap_type_dataset.f95 | Définition de l'objet "Jeux de données" qui est donné en argument à toutes les fonctions. | |||||
| m_qtlmap_type_dataset_trio.f95 | Construction des informations necessaires aux analyses multicaracteres et calcul des corcd/cd (thèse Mohamed Kileh wais sur l'utilisation des phenotypes de F3 ) | |||||
| m_qtlmap_type_genealogy.f95 | Description de l'objet Genealogy encapsulé dans l'objet Dataset | |||||
| m_qtlmap_type_genotype.f95 | Description de l'objet Genotype encapsulé dans l'objet Dataset | |||||
| m_qtlmap_type_incidence_solution.f95 | le type manipulé par les module qtlmap_incidence_* |
|||||
| m_qtlmap_type_lrt_solution.f95 | Type LRT solution instancié par le module analyse et utilisé par le package OUTPUT | |||||
| m_qtlmap_type_map.f95 | Type pour la gestion de la carte génétique | |||||
| m_qtlmap_type_pdd.f95 | Type utilisée pour transporter les informations des probabilités de transmissions grand parentaux | |||||
| m_qtlmap_type_phenotype.f95 | Type pour la gestion des données de phénotypes | |||||
| m_qtlmap_type_parameter.f95 | Type pour la gestion des paramètres utilisateurs | |||||
| m_qtlmap_types.f95 | module d'interface qui permet d'importer l'ensemble des types définis dans le package DATA | |||||
| INPUT | Fabrique et remplissage des structures de données utilisateurs | |||||
| m_qtlmap_factory_dataset.f95 | Ce module n'est pas utilisé actuellement ! | |||||
| m_qtlmap_genealogy.f95 | ||||||
| m_qtlmap_genotype.f95 | ||||||
| m_qtlmap_map.f95 | ||||||
| m_qtlmap_simulation.f95 | ||||||
| m_qtlmap_traits.f95 | ||||||
| LOG | Gestion des logs | |||||
| m_qtlmap_log.F95 | permet d'ecrire sur la sortie standart (console) avec une gestion de la verbosité | |||||
| TOOLS | Boites à outils pour le calcul | |||||
| m_qtlmap_isymmax2sat.f95 | Interface pour l'appel de l'outil symmax2sat (Thèse Aurelie Favier sur la reconstruction des phases parentales) livré avec Toulbar2 | |||||
| m_qtlmap_math.F95 | Module interfacant un ensemble de librairies mathématique (Permet en autre de router les appels NAG sur d'autres fonctions ) | |||||
| m_qtlmap_optimization.F95 | Module interfacant les appels aux fonctions d'optimisation pour le calcul du maximum de vraisemblance | |||||
| m_qtlmap_solve_linear.F95 | Interface generale pour la resolution de A * X = B | |||||
| OUTPUT | Gestions des sorties fichiers pour les resultats | |||||
| m_qtlmap_format_carthagene.f95 | ||||||
| m_qtlmap_output_handler.f95 | ||||||
| HAPLOTYPE | Implementation des calculs de probabilités de transmissions des alleles aux descendants, construction des haplotypes à une position du GL | |||||
| m_qtlmap_haplotype.f95 | ||||||
| m_qtlmap_haplotype_util.f95 | ||||||
| m_qtlmap_haplotype_V1.f95 | ||||||
| m_qtlmap_haplotype_V2.f95 | calcul des phases parentales / Calcul des probas de transmission des segments parentaux aux descendants | |||||
| m_qtlmap_haplotype_external.f95 | ||||||
| m_qtlmap_phase_offspring.f95 | ||||||
| ANALYSE | Implementation des analyses de detection de QTL | |||||
| m_qtlmap_analyse.F95 | point d'entrée pour l'ensemble des analyses exécutées dans QTLMap | |
const_gpu_impl.h | fichier d’entête (définition des constantes) pour les calculs sur GPU | ||
| cuda_qtlmap_linear.cu | calcul des modèles avec les vraisemblances linéarisées (homoscedastique, hétéroscedastique, animale ) | |||||
| m_qtlmap_analyse_discret_unitrait.f95 | ||||||
| m_qtlmap_analyse_unitrait.f95 | analyse unicaractere avec optimisation de la vraisemblance par un quasi-newton (version base P.Leroy) | |||||
| m_qtlmap_analyse_multitrait.f95 | analyse multicaractere avec optimisation de la vraisemblance par un quasi-newton (version base H.Gilbert) | |||||
| m_qtlmap_analyse_multitrait_DA.f95 | analyse multicaractere avec une fonction discreminante et optimisation de la vraisemblance par un quasi-newton (version base H.Gilbert) | |||||
| m_qtlmap_analyse_gen.f95 | structure pour les analyses uni et multicaracteres (P.Leroy,H.Gilbert) | |||||
| m_qtlmap_analyse_lin_gen.f95 | structure pour les analyses unicaracteres modlin (JM.Elsen) | |||||
| m_qtlmap_analyse_modlin.f95 | analyse unicaractere avec prise en compte des effets de nuisances et optimisation de la vraisemblance par un quasi-newton (version base JM.Elsen) | |||||
| m_qtlmap_analyse_modlin_cox.f95 | analyse unicaractere modèle de survie cox avec optimisation de la vraisemblance par un quasi-newton (version base C.Moreno) | |||||
| m_qtlmap_analyse_discret_unitrait.f95 | analyse unicaractere de phenotypes discret avec prise en compte des effets de nuisances et optimisation de la vraisemblance par un quasi-newton (version base JM.Elsen) | |||||
| m_qtlmap_analyse_modlin_ldla.f95 | analyse unicaractere LD/LDLA avec prise en compte des effets de nuisances et optimisation de la vraisemblance par un quasi-newton (version base JM.Elsen) | |||||
| m_qtlmap_incidence.F95 | module de base pour la généralisation de l'optimisation d'une vraisemblance Hn/Hn-1 | |||||
| m_qtlmap_incidence_linear.F95 | résolution du modèle linéaire de la vraisemblance Hn/Hn-1 | |||||
| m_qtlmap_incidence_multi.f95 | résolution du modèle non linéaire par optimisation de la vraisemblance multicaractere Hn/Hn-1 | |||||
| m_qtlmap_incidence_optim.F95 | résolution du modèle non linéaire par optimisation de la vraisemblance Hn/Hn-1 | |||||
| m_qtlmap_incidence_multi.f95 | développement d'analyse multi-caractère, multi QTL et utilisant des données phenotypique des F3 (thèse Mohamed Kileh wais) | |||||
| m_qtlmap_calcul_ic.f95 | Calcul des intervalles de confiance |
Les fichiers "main" des programmes
| qtlmap.F95 | qtlmap |
| qtlmap-check.f95 | qtlmap-check |
| tocarthagene.f95 | tocarthagene |