le type QTLMAP_TRIO et DATASET_QTLMAP_TRIO¶

Ces types ont été créé dans le cadre des analyses développées durant la thèse de mohamed Kileh wais (m_qtlmap_incidence_multi.f95).
Il s'agissait de :

• créer les performances des F2 à partir de phenotype F3 (performance avec CD)
• créér les correlation entre CD pour chaque individus

Il s'agit ici de remplir les structures de données : NCK,NCiCjK,corcd du type DATASET_QTLMAP_TRIO

la fonction membre du type DATASET_QTLMAP_TRIO, calcul_cd (source:trunk/src/data/m_qtlmap_type_dataset_trio.f95) se charge de remplir les entitées NCK,NCiCjK
et d'initialiser genea%y et genea%cd pour chaque kd :

Y(ic,kd) = SYM Yprog(kd) / NCK (ic,kd)
CD(ic,kd) = 1.d0 + [h2(ic) * (NCK(kd,ic) - 1.d0) / 4] / NCK (ic,kd)

La fonction membre calcul_corcd calcul les corrélations pour chaque descendants F2 et chaque couple des caractères à étudier

                          RhoG(ic,jc) * SQRT( h2(ic)*h2(jc) )
   v(ic,jc)          =    -----------------------------------
                                     RhoP(ic,jc)

                       NCiCjK(kd,ic,jc) + 0.25d0*v(ic,jc)* [ NCK(kd,ic)*NCK(kd,jc) - NCiCjK(kd,ic,jc) ]
   CORR_CD(ic,jc,kd) = ---------------------------------------------------------------------------------
                                                     NCK(kd,ic) * NCK(kd,jc)

L'appel de ces méthodes se fait dans le main (source:trunk/src/qtlmap.F95) de QTLMap. Elles sont appelées si
l'option --calcul-cd est activée

if ( dataset%cli%cli_is_calcul_cd() ) then
     call dataset%datasetUser%calcul_y_cd(dataset%genea,dataset%phenoAnimal,dataset%phenoModel)
     call dataset%datasetUser%calcul_corcd(dataset%genea,dataset%phenoAnimal,dataset%phenoModel)
end if