Implémentation des méthodes multi-caractère dérivé du module m_qtlmap_incidence.F95¶
Les analyses implémentées¶
Il y a quatres implémentations des analyses multi-caractères avec le module incidence :- 2 analyses implémentées sur le modèle modlin
- calcul sur les phenotypes des F2
- modèle GDD : Grand Daughter Design Traitement des variances.doc
- 2 analyses "LU" (implémentation pour résoudre le problème de matrice non inversible)
- calcul sur les phenotypes des F2
- modèle GDD : Grand Daughter Design Traitement des variances.doc
Le schema suivant représente le flow d'exécution en fonction des options d'entrées de la ligne de commande :
Calcul des vraisemblances¶
le routage des méthodes withcd se fait dans les fonctions model_optim_multi_hn model_optim_multi_hn_LU sur l'initialisation ou non de la structure dataset%data%datasetUser
Toues les fonctions de vraisemblances sont implémentées sur l'optimisation m_qtlmap_optimization.F95
Les différentes fonctions de vraisemblances (prise en compte des CD et/ou résolution du problème Traitement des variances.doc) sont implémentées dans les subroutines suivantes :
- likelihood_ncar_hn_family source:trunk/src/analyse/m_qtlmap_incidence_multi.f95#L1806
- likelihood_ncar_hn_family_withcd source:trunk/src/analyse/m_qtlmap_incidence_multi.f95#L2141
- likelihood_ncar_hn_family_LU source:trunk/src/analyse/m_qtlmap_incidence_multi.f95#L2977
- likelihood_ncar_hn_LU_family_withcd source:trunk/src/analyse/m_qtlmap_incidence_multi.f95#L3236