Calcul des phases parentales et des probabilités de transmissions des allèles aux descendants¶
Fonctionnement global¶
Il existe plusieurs options de calcul pour cette partie. L'utilisateur choisit la méthode en utilisant l'option --haplotype
La fonction haplotype définit par le module d'interface m_qtlmap_haplotype permet d'appeler la méthode donnée par l'option --haplotype.
Source du routage du calcul (permet d'appeler la méthode correspondant à l'option donnée en argument de qtlmap --haplotype) :¶
Les différents calculs :¶
- Les phases sont données par le sens de lecture m_qtlmap_haplotype_external.f95
- Premier calcul de PDD implémenté dans QTLMap - Utilisation avec des marqueurs microsatelittes m_qtlmap_haplotype_V1.f95
- Les derniers calcul implémentés m_qtlmap_haplotype_V2.f95
- Version V3 du calcul des probabilités de transmissions des segments parentaux aux descendants
- Version V4 du calcul des probabilités de transmissions des segments parentaux aux descendants
- Calcul rapide des phases parentales pour marqueurs SNP (Elsen et al. A fast algorithm for estimating transmission probabilities in QTL detection designs with dense maps)
- Calcul de la proba max des phases parentales (Thèse A.Favier. Décomposition fonctionnelles et structurelles dans les modèles graphiques probabilistes appliquées à la reconstruction d'haplotypes)