Forge DGA

dga20 sera arrêté et redémarré ce jour (25 juillet) vers 12h30.
durée prévue de l'interruption : 1/2 heure
cause: déplacement d'un espace disque

Un switch est tombé en panne ce jour (02/07/2019) vers 16h00 occasionnant quelques problèmes d'accès en particulier aux forges hébergées au CTIG.
Des switch de remplacement ont été mis en oeuvre et tout est revenu, normalement, à la normale

La version 3 de FImpute vient d'être installée sur les noeuds du cluster.

Cette version ne doit pas être lancée sur dga20. Il faut donc utiliser SGE pour lancer cette version par la commande : FImpute3

La documentation a été mise à disposition dans la Forge du département
https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#FImpute

Le transfert de l'espace /travail vers une autre baie de disques est terminée.
dga20 et le cluster sont à nouveau accessibles

L'intervention concernant la migration de l'espace /travail débute maintenant (10/06/2019 09:10 )

Une nouvelle annonce sera faite lorsque cette intervention sera terminée

Nous avons dernièrement investi dans une nouvelle solution de stockage pour remplacer la baie Panasas arrivée en fin de garantie. Malgré nos tests préalables, nous rencontrons des problèmes de temps d’accès au filesystem /travail. Pour la résolution de ce problème, nous sommes accompagnés du support RedHat et d’un ingénieur spécialisé sur l’outil GlusterFS qui gère les accès. Malgré la modification de différents paramètres, les temps de réponse restent trop longs. Afin de ne pas vous pénaliser plus longtemps, nous allons donc basculer /travail sur une autre baie de disque.
Cette intervention nécessite un arrêt total de l'utilisation de /travail le temps d'effectuer une dernière synchronisation de l'espace actuel vers le nouveau. Cette interruption de service d'une durée difficile à estimer (peut être 2h00) car elle dépend de la quantité de fichiers à copier, doit être planifiée (arrêt des connexions sur dga20, suppression des jobs en cours d'exécution sur le cluster pour les utilisateurs ayant accès au filesystem /travail).

Cette intervention aura peut être lieu le lundi 10 juin (une annonce sera faite quelques temps avant) si la synchronisation est terminée sans qu'il soit actuellement possible de préciser l'horaire exact.

NOTE: les jobs sge de l'équipe GenEval et de l'équipe Production du CTIG en cours d'exécution sur le cluster ne seront ni supprimés ni suspendus durant l'intervention, par contre les jobs soumis ne démarreront pas.

Afin que la dernière synchronisation de /travail se fasse plus rapidement, il serait préférable de ne pas soumettre trop de jobs écrivant sur /travail ce week-end

Quantitative trait loci (QTL) with small effects, which are pervasive in quantitative phenotypic variation, are difficult to detect in genome-wide association studies (GWAS). To improve their detection, we propose to use a local score approach that accounts for the surrounding signal due to linkage disequilibrium, by accumulating association signals from contiguous single markers.

We also updated the scripts, so now is possible to compute the distribution of the local score for xi= 3 and 4, under the assumption that the p-values follow a uniform distribution.

Reference:

• A local score approach improves GWAS resolution and detects minor QTL: application to Medicago truncatula quantitative disease resistance to multiple Aphanomyces euteiches isolates https://www.nature.com/articles/s41437-019-0235-x

Les modifications de la configuration nautilus ont été mises en place

Pour tenter de remédier aux problèmes de temps de réponse de dga20, nous allons faire des modifications dans la configuration de nautilus le gestionnaire de fichiers de dga20.
Ces modifications seront mises en place ce jour (04/06/2019) à 12h30.

Les connexions en cours ne seront pas perturbées

L'intervention concernant le déplacement de l'espace /home est terminée.
dga20 et la cluster sont à nouveau disponibles

Si vous rencontrez toujours des difficultés merci de nous prévenir en essayant de préciser quel outil rencontre des problèmes (nautilus (gestionnaire de fichiers, ...))