Forge DGA

Nous avons dernièrement investi dans une nouvelle solution de stockage pour remplacer la baie Panasas arrivée en fin de garantie. Malgré nos tests préalables, nous rencontrons des problèmes de temps d’accès au filesystem /travail. Pour la résolution de ce problème, nous sommes accompagnés du support RedHat et d’un ingénieur spécialisé sur l’outil GlusterFS qui gère les accès. Malgré la modification de différents paramètres, les temps de réponse restent trop longs. Afin de ne pas vous pénaliser plus longtemps, nous allons donc basculer /travail sur une autre baie de disque.
Cette intervention nécessite un arrêt total de l'utilisation de /travail le temps d'effectuer une dernière synchronisation de l'espace actuel vers le nouveau. Cette interruption de service d'une durée difficile à estimer (peut être 2h00) car elle dépend de la quantité de fichiers à copier, doit être planifiée (arrêt des connexions sur dga20, suppression des jobs en cours d'exécution sur le cluster pour les utilisateurs ayant accès au filesystem /travail).

Cette intervention aura peut être lieu le lundi 10 juin (une annonce sera faite quelques temps avant) si la synchronisation est terminée sans qu'il soit actuellement possible de préciser l'horaire exact.

NOTE: les jobs sge de l'équipe GenEval et de l'équipe Production du CTIG en cours d'exécution sur le cluster ne seront ni supprimés ni suspendus durant l'intervention, par contre les jobs soumis ne démarreront pas.

Afin que la dernière synchronisation de /travail se fasse plus rapidement, il serait préférable de ne pas soumettre trop de jobs écrivant sur /travail ce week-end

Quantitative trait loci (QTL) with small effects, which are pervasive in quantitative phenotypic variation, are difficult to detect in genome-wide association studies (GWAS). To improve their detection, we propose to use a local score approach that accounts for the surrounding signal due to linkage disequilibrium, by accumulating association signals from contiguous single markers.

We also updated the scripts, so now is possible to compute the distribution of the local score for xi= 3 and 4, under the assumption that the p-values follow a uniform distribution.

Reference:

• A local score approach improves GWAS resolution and detects minor QTL: application to Medicago truncatula quantitative disease resistance to multiple Aphanomyces euteiches isolates https://www.nature.com/articles/s41437-019-0235-x

Les modifications de la configuration nautilus ont été mises en place

Pour tenter de remédier aux problèmes de temps de réponse de dga20, nous allons faire des modifications dans la configuration de nautilus le gestionnaire de fichiers de dga20.
Ces modifications seront mises en place ce jour (04/06/2019) à 12h30.

Les connexions en cours ne seront pas perturbées

L'intervention concernant le déplacement de l'espace /home est terminée.
dga20 et la cluster sont à nouveau disponibles

Si vous rencontrez toujours des difficultés merci de nous prévenir en essayant de préciser quel outil rencontre des problèmes (nautilus (gestionnaire de fichiers, ...))

La mise en place de la nouvelle infrastructure de stockage pose actuellement des problèmes d'accès au répertoire /home (temps de connexion, utilisation du gestionnaire de fichiers (nautilus)).

Après différents essais d'amélioration, non fructueux à ce jour, et compte tenu de la gêne occasionnée, nous souhaitons basculer dès que nous pouvons l'espace /home vers un autre espace de stockage.

Cette intervention devrait prendre entre 02h00 et 03h00 à partir de 16h00 ce jour (15/05/2019)

Durant cette période, dga20 ne sera pas accessible et l'accès au cluster suspendu.

Les travaux encore en cours sur le cluster seront suspendus le temps de l'intervention et devraient redémarrer ensuite sans problème.

Nous espérons un retour à la normale demain mais si vous rencontrez toujours des difficultés merci de nous prévenir en essayant de préciser quel outil rencontre des problèmes (nautilus (gestionnaire de fichiers, ...))

Bonjour,

Le service informatique du centre nous informe qu'une coupure réseau est programmée demain entre 6h et 8h

Voici le message

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Chers collègues,

Notre fournisseur d’accès internet RENATER vient de nous informer d’une opération de mise à jour logiciel sur leurs équipements de Vilvert qu’il prévoit de réaliser le 15/05/2019 entre 06h et 08h.

Cette opération aura forcément un impact dans ce créneau puisse qu’un redémarrage du routeur est à prévoir, ce qui coupera pendant quelques instants l’accès internet.

Mehdi

Bonjour,

Suite à la mise en place du filesystems "/home" dans le nouvel espace de stockage, DGA20 est très lent, voir inaccessible lorsque vous tentez de vous y connecter,
Nous faisons de notre mieux pour améliorer la situation

Mehdi

DGA20 est maintenant disponible.
Nous avons constaté des améliorations des temps de connexion par rapport à l'avant reboot

Mehdi

Bonjour,

Nous avons identifié une des sources du problème, qui devrait permettre aux utilisateurs d'arriver à se connecter sur DGA20.
Cependant le temps pour se connecter restera supérieur à d'habitude.

Pour cela nous avons besoin de rebooter DGA20.
Le reboot aura lieu 11h ce jour

Mehdi