Forge DGA

DGA20 est maintenant disponible.
Nous avons constaté des améliorations des temps de connexion par rapport à l'avant reboot

Mehdi

Bonjour,

Nous avons identifié une des sources du problème, qui devrait permettre aux utilisateurs d'arriver à se connecter sur DGA20.
Cependant le temps pour se connecter restera supérieur à d'habitude.

Pour cela nous avons besoin de rebooter DGA20.
Le reboot aura lieu 11h ce jour

Mehdi

Bonjour,

Suite à la mise en place du filesystems "/home" dans le nouvel espace de stockage, DGA20 est très lent lorsque vous tentez de vous y connecter.
La connexion direct via SSH fonctionne, avec quelques ralentissements.
La connexion via X2GO est très lente, plusieurs minutes d'attente.

Nous faisons le nécessaire pour améliorer rapidement la situation.

Mehdi

L'intervention sur dga20 et le cluster est terminée.

dga20 et le cluster sont maintenant disponibles

Nous devons déplacer les filesystems (/home,/travail,...) installés sur une baie disque Panasas vers un nouvel espace de stockage.

Compte-tenu de l'espace disque à transférer, cette intervention nécessitera une indisponibilité totale de dga20 et du cluster. Durant cette période, il n'y aura pas de connexion possible sur dga20 ou sur le cluster ni de soumission de jobs sur le cluster. Les jobs encore en machine en début d'intervention (lundi 06mai 18h00) seront supprimés.

Nous prévoyons un retour à la normale le mardi 07 mai en début d'après-midi.

Une version améliorée du programme FImpute3 vient d'être mise en place.
La commande de lancement du programme n'a pas changé

Attention, cette version expire le 05/05/2019

Nouveauté
Now minimum number of informative SNP for parentage can be specified by /min_isnp command in parentage section (for example /min_isnp=200 force the program to report parentage for progeny-parent pair with at least 200 informative SNP; The default is 100)

Le serveur d'archivage est à nouveau disponible. La vérification des filesystems est terminée.
Vous pouvez de nouveau utiliser ADA

Le problème de clés d'activation est résolu. FImpute3 est donc maintenant disponible sur l'ensemble des noeuds du cluster

• node114
• node116
• node120
• node124

Si vous voulez la tester, n'oubliez pas de suffixer le nom de la classe par le node désiré
exemple: workq@node116

Une version 3.0 d'essai de FImpute (valide jusqu'au 05/05/2019) vient d'être installée sur les noeuds du cluster.

Cette version ne doit pas être lancée sur dga20. Il faut donc utiliser SGE pour lancer cette version par la commande : FImpute3

La documentation a été mise à disposition dans la Forge du département
https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#FImpute