News

hapflk: hapFLK release 1.3

Added by Bertrand Servin about 7 years ago

We are happy to introduce a new version of hapflk that improves how the population tree is estimated and consequently the estimation of the population kinship matrix.

The improvement concerns mainly situations where no outgroup information is available. In the previous hapflk versions, in such cases we used a midpoint rooting approach, which could lead to biased estimations of the populations kinship matrix, as exemplified in the recent paper by Gautier (2015). We now implement a maximum likelihood-based approach to (i) identify the branch in the unrooted tree where the root is located and (ii) optimize the root placement within that branch. The rationale is to adjust branch lengths to observed population heterozygosities.

The new implementation makes it possible to use hapflk in datasets with only two populations and no outgroup information, which was not possible with previous releases. It also corrects a bug with the --keep-outgroup option where the root was previously ill-placed, in particular in datasets with few populations.

All of this has been reimplemented in python, so that performing these procedures with hapflk no longer requires R nor its packages ape and phangorn.

Reference:
  • Gautier M. (2015) Genome-Wide Scan for Adaptive Divergence and Association with Population-Specific Covariates. Genetics. 10.1534/genetics.115.181453

GEEDOC: Version 4.35

Added by Marie-Christine Batut over 7 years ago

Bonjour,

La nouvelle version V4.35 de GeedocVS est disponible.
A installer directement à partir de Geedoc.
Pour cela aller dans le menu ? puis cliquer sur "MAJ version Geedoc", répondre ensuite aux questions ...

Les nouveautés sont sur la forge sur le wiki https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/geedoc/wiki
La documentation est sur le forge.

A vous de jouer
Kinou

GEEDOC: Version 4.34

Added by Marie-Christine Batut over 7 years ago

Bonjour,

La nouvelle version V4.34 de GeedocVS est disponible.
A installer directement à partir de Geedoc.
Pour cela aller dans le menu ? puis cliquer sur "MAJ version Geedoc", répondre ensuite aux questions ...

Les nouveautés sont sur la forge sur le wiki https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/geedoc/wiki
Pour consulter la doc toujours au même endroit : https://germinal.toulouse.inra.fr/~mcbatut/GEEDOC/Notice_user/notice_user.html

A vous de jouer
Kinou

Documentation Forge: Bienvenue à Git !

Added by David Robelin over 7 years ago

Le gestionnaire de version Git est maintenant utilisable par l'ensemble des membres de la forge DGA.
Plus d'information dans la FAQ : https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/docforge/wiki/FAQ#Git

Documentation Forge: Forge DGA indisponible le mercredi 26/08/ 2015 de 7h à 8h

Added by David Robelin over 7 years ago

Bonjour

L'EIC de Jouy en Josas procédera à une opération de maintenance sur les Firewalls le mercredi 26 aout 2015 entre 07h00 et 08h00.

Durant cette période, les accès réseaux entre l'extérieur et le réseau du CTIG seront perturbés.

cordialement

T.Coudert

INRA-CTIG
Domaine de Vilvert
78350 Jouy en Josas

GEEDOC: Version 4.31 disponible

Added by Marie-Christine Batut over 7 years ago

Bonjour,

La nouvelle version V4.31 de GeedocVS est disponible.
A installer directement à partir de Geedoc.
Pour cela aller dans le menu ? puis cliquer sur "MAJ version Geedoc", répondre ensuite aux questions ...

Les nouveautés sont sur la forge sur le wiki https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/geedoc/wiki
Pour consulter la doc toujours au même endroit : https://germinal.toulouse.inra.fr/~mcbatut/GEEDOC/Notice_user/notice_user.html

A vous de jouer
Kinou

GEEDOC: Version 4.29 disponible

Added by Marie-Christine Batut almost 8 years ago

Bonjour,

La nouvelle version V4.29 de GeedocVS est disponible.
A installer directement à partir de Geedoc.
Pour cela aller dans le menu ? puis cliquer sur "MAJ version Geedoc", répondre ensuite aux questions ...

Les nouveautés sont sur la forge sur le wiki https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/geedoc/wiki
Pour consulter la doc toujours au même endroit : https://germinal.toulouse.inra.fr/~mcbatut/GEEDOC/Notice_user/notice_user.html

A vous de jouer
Kinou

GEEDOC: Version 4.26 disponible

Added by Marie-Christine Batut about 8 years ago

Bonjour,

La nouvelle version V4.26 de GeedocVS est disponible.
A installer directement à partir de Geedoc.
Pour cela aller dans le menu ? puis cliquer sur "MAJ version Geedoc", répondre ensuite aux questions ...

Les nouveautés sont sur la forge sur le wiki https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/geedoc/wiki
Pour consulter la doc toujours au même endroit : https://germinal.toulouse.inra.fr/~mcbatut/GEEDOC/Notice_user/notice_user.html

A vous de jouer
Kinou

GEEDOC: Version 4.25 disponible

Added by Marie-Christine Batut about 8 years ago

Bonjour,

La nouvelle version V4.25 de GeedocVS est disponible.
A installer directement à partir de Geedoc.
Pour cela aller dans le menu ? puis cliquer sur "MAJ version Geedoc", répondre ensuite aux questions ...

Les nouveautés sont sur la forge sur le wiki https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/geedoc/wiki
Pour consulter la doc toujours au même endroit : https://germinal.toulouse.inra.fr/~mcbatut/GEEDOC/Notice_user/notice_user.html

Bonnes fêtes à tous
Kinou

Documentation Forge: Montée de niveau de la forge

Added by David Robelin about 8 years ago

Bonjour,
Nous avons monté de niveau la forge afin de proposer la dernière version stable de redmine (2.6.0) et les nouvelles fonctionnalités et corrections de bug qui l'accompagnent. Cette montée de niveau pose transitoirement quelques problèmes. N'hésitez pas à ouvrir des nouvelles demandes afin de signaler ces problèmes et qu'on y apporte une solution. Martin est sur le pont !
Désolé pour la gène occasionnée.

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