Forge DGA

Bonjour

Une coupure électrique aura lieu sur le centre de Jouy en Josas le jeudi 1 décembre 2016 entre 09h30 et 10hOO.

Les serveurs du CTIG continueront à fonctionner mais ils ne seront pas accessibles depuis l'extérieur du CTIG.

Simulated datasets can now be obtained using msprime (Kelleher et al, 2016), which decreases simulation time by a factor from 10 to 100.

The new functions based on msprime are in comp_stat.1.zip, which can just replace comp_stat.zip. Everything works exactly as with comp_stat.zip (see the wiki for a description), except that msprime must first be installed on your computer, as described here:
https://pypi.python.org/pypi/msprime

5 licences Utilisateurs ont été ajoutées pour le programme Asreml
10 utilisateurs peuvent désormais utiliser simultanément ce programme

Une nouvelle version (du 25/02/2016) du logiciel Wombat est maintenant disponible sur dga12,dga18,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure

cette version est accessible via la commande: wombat2016

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#WOMBAT]]

11/04/2016:

A quick start example has been added on the wiki, python and R scripts used for this example have been added in the compressed directories comp_stat.zip and estim.zip.

The description of the files available for download has been updated.

Un cycle de présentations pour faciliter et promouvoir l'utilisation de R a été donné par Chris Hoze, Andrea Rau et Denis Laloë en mars et avril 2016 dans le cadre des eCafés GABI.

Les présentations (ainsi que les codes R associés) ont pu être ajoutées au wiki CTIG Environnement pour le logiciel R.

Amusez vous bien,
Eric

La version 1.3.0 de hapflk est installée sur dga12,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure

Cette version est accessible par la commande : /bao/hapflk/hapflk130.sh

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/LeLivret#Outils-génétiques-du-DGA]]

La version 3.2.3 de R est maintenant disponible sur les serveurs du CTIG (dga12,dga18,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure).

Elle est accessible via la commande : R323

Cette version sera mise en production d'ici 2 mois si des problèmes ne sont pas remontés

We are happy to introduce a new version of hapflk that improves how the population tree is estimated and consequently the estimation of the population kinship matrix.

The improvement concerns mainly situations where no outgroup information is available. In the previous hapflk versions, in such cases we used a midpoint rooting approach, which could lead to biased estimations of the populations kinship matrix, as exemplified in the recent paper by Gautier (2015). We now implement a maximum likelihood-based approach to (i) identify the branch in the unrooted tree where the root is located and (ii) optimize the root placement within that branch. The rationale is to adjust branch lengths to observed population heterozygosities.

The new implementation makes it possible to use hapflk in datasets with only two populations and no outgroup information, which was not possible with previous releases. It also corrects a bug with the --keep-outgroup option where the root was previously ill-placed, in particular in datasets with few populations.

All of this has been reimplemented in python, so that performing these procedures with hapflk no longer requires R nor its packages ape and phangorn.

• Gautier M. (2015) Genome-Wide Scan for Adaptive Divergence and Association with Population-Specific Covariates. Genetics. 10.1534/genetics.115.181453

Le gestionnaire de version Git est maintenant utilisable par l'ensemble des membres de la forge DGA.
Plus d'information dans la FAQ : https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/docforge/wiki/FAQ#Git