Forge DGA

Un cycle de présentations pour faciliter et promouvoir l'utilisation de R a été donné par Chris Hoze, Andrea Rau et Denis Laloë en mars et avril 2016 dans le cadre des eCafés GABI.

Les présentations (ainsi que les codes R associés) ont pu être ajoutées au wiki CTIG Environnement pour le logiciel R.

Amusez vous bien,
Eric

La version 1.3.0 de hapflk est installée sur dga12,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure

Cette version est accessible par la commande : /bao/hapflk/hapflk130.sh

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/LeLivret#Outils-génétiques-du-DGA]]

La version 3.2.3 de R est maintenant disponible sur les serveurs du CTIG (dga12,dga18,dga11 ainsi que sur la nouvelle infrastructure).

Elle est accessible via la commande : R323

Cette version sera mise en production d'ici 2 mois si des problèmes ne sont pas remontés

We are happy to introduce a new version of hapflk that improves how the population tree is estimated and consequently the estimation of the population kinship matrix.

The improvement concerns mainly situations where no outgroup information is available. In the previous hapflk versions, in such cases we used a midpoint rooting approach, which could lead to biased estimations of the populations kinship matrix, as exemplified in the recent paper by Gautier (2015). We now implement a maximum likelihood-based approach to (i) identify the branch in the unrooted tree where the root is located and (ii) optimize the root placement within that branch. The rationale is to adjust branch lengths to observed population heterozygosities.

The new implementation makes it possible to use hapflk in datasets with only two populations and no outgroup information, which was not possible with previous releases. It also corrects a bug with the --keep-outgroup option where the root was previously ill-placed, in particular in datasets with few populations.

All of this has been reimplemented in python, so that performing these procedures with hapflk no longer requires R nor its packages ape and phangorn.

• Gautier M. (2015) Genome-Wide Scan for Adaptive Divergence and Association with Population-Specific Covariates. Genetics. 10.1534/genetics.115.181453

Le gestionnaire de version Git est maintenant utilisable par l'ensemble des membres de la forge DGA.
Plus d'information dans la FAQ : https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/docforge/wiki/FAQ#Git

Bonjour

L'EIC de Jouy en Josas procédera à une opération de maintenance sur les Firewalls le mercredi 26 aout 2015 entre 07h00 et 08h00.

Durant cette période, les accès réseaux entre l'extérieur et le réseau du CTIG seront perturbés.

cordialement

T.Coudert

INRA-CTIG
Domaine de Vilvert
78350 Jouy en Josas

La version 4.1 d'Asreml est installée sur dga12 et dga18.
Cette version est actuellement accessible par la commande : asreml4

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#ASReml]]

La version actuelle de wombat (19/05/2012) arrive à expiration le 01/05/2015.

La version du 06/02/2015 vient d être installée sur dga12, dga18 et le cluster.

Cette version est pour le moment accessible par la commande : wombat2015

Elle sera mise en production (accessible par la commande wombat) le 30 avril 2015.

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#WOMBAT]]

Ce message concerne le logiciel SAS et ne s'adresse qu'aux personnes ayant oublié de migrer leurs bibliothèques encore en version 6 de SAS, avant le passage de dga2 à dga12.

En général, les noms des bibliothèques de la version 6 de SAS sont suffixées par ssd01.

Les bibliothèques V6 ne sont pas utilisables avec le SAS installé sur dga12 (et dga18).

Une licence temporaire (fin de validité le 17/06/2015) vient d'être installée à nouveau sur dga2.

Si vous avez des bibliothèques SAS V6 à convertir, veuillez vous adresser à l'équipe système (ctig.systeme@dga.jouy.inra.fr) qui réactivera votre compte sur dga2 afin que vous puissiez convertir vos bibliothèques.

Il faudra que vous communiquiez à l'équipe système l'emplacement de vos bibliothèques à convertir afin de mettre en place un accès depuis dga2.

Pour convertir vos bibliothèques de la version 6 à la version 9, vous pouvez utiliser la procédure SAS copy
exemple:
Dans l'exemple ci-dessous, repertoireV6 se rapporte au répertoire où se trouvent les bibliothèques en version 6 de SAS et
repertoireV9 au répertoire où seront créées les bibliothèques en version 9 de SAS. Cet exemple doit être exécuté sur dga2.

/*-- le script SAS commence ici --/
libname libv6 V6 '/repertoireV6' ;
libname libv9 V9 '/repertoireV9' ;
proc copy in=libv6 out=libv9 ;
run;
/*-- le script SAS se termine ici --*/*

Vous trouverez des informations sur la procedure copy en suivant le lien ci-dessous
http://support.sas.com/documentation/onlinedoc/91pdf/sasdoc_913/base_proc_8977.pdf

Le logiciel FImpute est installé sur dga12,dga18 et le cluster

FImpute (ef-impute) was mainly developed for large scale genotype imputation in livestock where hundreds of thousands of individuals are genotypes with different panels.

[[https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Loggen#FImpute]]