Forge DGA

Le conseil des utilisateurs du CTIG a décidé de faire des réunions de représentants des utilisateurs et de l'équipe système tous les 2 mois afin de suivre l'utilisation des différents services fournis par le CTIG. Ces réunions devraient permettre de régler ou pour le moins faire avancer des points techniques ainsi que de remonter éventuellement au conseil des points plus organisationnels....

Ce compte-rendu c'est aussi un peu notre lettre d'information.

--> C'est ici : Point technique utilisateurs-système : comptes rendus

La version R 3.0.2 est accessible par la commande R .
L’ancienne version 2.15.1 est accessible par la commande R-1 .
La version précédente l’ancienne version 2.15.0 est accessible par la commande R-2 .

Rappel : tous les utilisateurs peuvent installer des packages dans le dossier /bao/lib_R et ils seront disponibles dans R (il faut se reconnecter pour que les modifications soient prises en compte).

Un forum R est disponible pour échanger entre utilisateurs autour de R.

La version SAS 9.2 expire le 10 janvier 2014, comme annoncé précédemment ( https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/news ).

Mercredi 8 janvier en début de matinée, la commande sas pointera sur la version 9.4 de SAS.
La version 9.2 reste accessible par la commande sas92 jusqu'au 10 janvier.

A partir du 10 janvier, la commande sasassist n'existe plus. Elle est remplacée par l'interface Enterprise Guide sous Windows.

Le conseil des utilisateurs du CTIG a décidé de faire des réunions de représentants des utilisateurs et de l'équipe système tous les 2 mois afin de suivre l'utilisation des différents services fournis par le CTIG. Ces réunions devraient permettre de régler ou pour le moins faire avancer des points techniques ainsi que de remonter éventuellement au conseil des points plus organisationnels....

--> C'est ici : Point technique utilisateurs-système : comptes rendus

La nouvelle version 9.4 est accessible sur dga12 (et dga18) par la commande : sas94 .

Les nouveautés concernant SAS 9.4 de BASE sont ici :
http://support.sas.com/documentation/cdl/en/whatsnew/64788/HTML/default/viewer.htm#n14c8glgh3j7hxn1b1byjs3sqnvz.htm

L'application SAS/Analyst est remplacée par le module Enterprise Guide (sous Windows).

Les anciennes versions 9.2 (sas et sasassist) restent accessibles jusqu'au 10 janvier 2014.

Une journée de formation aux nouveautées de la version 9.4 et 2 jours de formation à Enterprise Guide sont en cours de construction. Si vous êtes intéressé, merci de le noter ici (avant jeudi):
Formation aux nouveautées de la version 9.4 à Jouy : http://doodle.com/mhruqevktn6mc39a
Formation aux nouveautées de la version 9.4 à Toulouse: http://doodle.com/f8z2e8t2idmch6f7
Formation aux nouveautées de la version 9.4 à Rennes : http://doodle.com/rwnanx3na8gu6rwa
Formation à l'utilisation d'Enterprise Guide à Clermont : http://doodle.com/7xvf3en529zksin9
Pour les utilisateurs de Tours et ceux des autres sites INRA : http://doodle.com/n4b6682zmaavwds6

Pour en savoir plus, c'est sur le Wiki ici :
https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/ctig-env-base/wiki/Logstat

Version avec gestion d'une carte génétique

La nouvelle version de QTLMap (0.9.7) est accessible depuis les machines dga11 et dga8.

Attention, il y a eu des petites modifications du format du fichier model à changer (voir la doc ici : https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/qtlmap/documents).

• Si vous aviez definit un filtre sur les caracteres à étudier il faudra mettre le label 'TRAITS' avant.
• le mot clef 'all' devient 'ALL'
• le mot clef 'correlation_matrix' devient 'CORRELATION_MATRIX'
  *le mot clef 'in_race' du fichier p_analyse devient 'in_pop'

Cette version apporte principalement des correctifs (voir le ChangeLog pour des precisions) et une amelioration de l'affichage (summary/lrt/intervalle de confiance/console)

Olivier

Pls4Snp implémente des fonctionnalités pour l'évaluation génomique utilisant les régressions PLS/Sparse-PLS décrites dans la thèse de Carine Colombani Modèle de prédiction pour l'évaluation génomique des bovins laitiers.
La régression PLS (Partial Least Square regression ou Projection to Latente Structure) repose sur la construction de variables latentes, qui sont des combinaisons des variables explicatives (SNP), associées à des poids appelés vecteurs loadings. Les analyses implémentées ne sont pas multivariées (Chaque phénotype est analysé indépendamment).

Müller et al (2011) {Müller BU, Stich B, Piepho HP, 2011. A general method for controlling
the genome-wide type I error rate in linkage and association mapping experiments in plants.
Heredity 106: 825-831} ont proposé une méthode pour le contrôle de l’erreur de première espèce
dans les analyses d’association ou de liaison, basée sur une méthode rapide de simulation.
Cette méthode est applicable aux approches de type « genome scan » dans lesquels chaque chromosome
est exploré en testant successivement la présence d’un QTL en une succession de localisations.
La méthode prend en compte la non-indépendance, engendrée par la liaison génétique, entre les distributions
des statistiques de test aux différentes positions. Elle le fait très rapidement par le calcul des éléments
de la matrice des covariances entre ces statistiques de test et sa décomposition spectrale.

Le logiciel développé dans le cadre du projet ANR Rules & Tools est une application directe de l’algorithme proposé
et permet d'exécuter des BLUP (programme BLUPF90 de Ignacy Misztal and collaborators, University of Georgia) afin
d'obtenir les tests statistiques pour chaque SNP du groupe de liaison testé et enfin de calculer des seuils de rejets
objectifs de l’hypothèse d’absence de QTL sur un groupe de liaison.

Lorsque vous créez un nouveau projet, il vous est possible et recommandé d'inclure un court descriptif de ce projet. Nous attirons votre attention sur le fait que ce descriptif apparait sur la page d'accueil de la forge à chaque utilisateur ayant accès au projet. Dans le cas d'un projet privé, ce descriptif apparait donc aux membres du projet et aux administrateurs de la forge, ces derniers sont soumis à confidentialité. Dans le cas d'un projet public, il apparait à tout le monde, y compris les visiteurs non connectés.
Les descriptif apparait également, dans la liste des projets, et sur la page d'accueil du projet concerné.