Forge DGA

Version avec gestion d'une carte génétique

La nouvelle version de QTLMap (0.9.7) est accessible depuis les machines dga11 et dga8.

Attention, il y a eu des petites modifications du format du fichier model à changer (voir la doc ici : https://forge-dga.jouy.inra.fr/projects/qtlmap/documents).

• Si vous aviez definit un filtre sur les caracteres à étudier il faudra mettre le label 'TRAITS' avant.
• le mot clef 'all' devient 'ALL'
• le mot clef 'correlation_matrix' devient 'CORRELATION_MATRIX'
  *le mot clef 'in_race' du fichier p_analyse devient 'in_pop'

Cette version apporte principalement des correctifs (voir le ChangeLog pour des precisions) et une amelioration de l'affichage (summary/lrt/intervalle de confiance/console)

Olivier

Pls4Snp implémente des fonctionnalités pour l'évaluation génomique utilisant les régressions PLS/Sparse-PLS décrites dans la thèse de Carine Colombani Modèle de prédiction pour l'évaluation génomique des bovins laitiers.
La régression PLS (Partial Least Square regression ou Projection to Latente Structure) repose sur la construction de variables latentes, qui sont des combinaisons des variables explicatives (SNP), associées à des poids appelés vecteurs loadings. Les analyses implémentées ne sont pas multivariées (Chaque phénotype est analysé indépendamment).

Müller et al (2011) {Müller BU, Stich B, Piepho HP, 2011. A general method for controlling
the genome-wide type I error rate in linkage and association mapping experiments in plants.
Heredity 106: 825-831} ont proposé une méthode pour le contrôle de l’erreur de première espèce
dans les analyses d’association ou de liaison, basée sur une méthode rapide de simulation.
Cette méthode est applicable aux approches de type « genome scan » dans lesquels chaque chromosome
est exploré en testant successivement la présence d’un QTL en une succession de localisations.
La méthode prend en compte la non-indépendance, engendrée par la liaison génétique, entre les distributions
des statistiques de test aux différentes positions. Elle le fait très rapidement par le calcul des éléments
de la matrice des covariances entre ces statistiques de test et sa décomposition spectrale.

Le logiciel développé dans le cadre du projet ANR Rules & Tools est une application directe de l’algorithme proposé
et permet d'exécuter des BLUP (programme BLUPF90 de Ignacy Misztal and collaborators, University of Georgia) afin
d'obtenir les tests statistiques pour chaque SNP du groupe de liaison testé et enfin de calculer des seuils de rejets
objectifs de l’hypothèse d’absence de QTL sur un groupe de liaison.

Lorsque vous créez un nouveau projet, il vous est possible et recommandé d'inclure un court descriptif de ce projet. Nous attirons votre attention sur le fait que ce descriptif apparait sur la page d'accueil de la forge à chaque utilisateur ayant accès au projet. Dans le cas d'un projet privé, ce descriptif apparait donc aux membres du projet et aux administrateurs de la forge, ces derniers sont soumis à confidentialité. Dans le cas d'un projet public, il apparait à tout le monde, y compris les visiteurs non connectés.
Les descriptif apparait également, dans la liste des projets, et sur la page d'accueil du projet concerné.

SGE, nouvelle commande : qinfo, bilan à posteriori sur des jobs lancés par SGE sur dga12, dga18 et dga11.¶

Pour obtenir des informations (notamment sur l'utilisation maximale de mémoire!) sur un job qui a été lancé par SGE sur DGA11, DGA12 ou DGA18, il existe depuis mai 2013 un nouvel outil, qinfo.

Pour l'utilisation, voir ici (Wiki->Les logiciels->Utilitaires->SGE).

L'application SAS/Analyst est disponible à partir de dga12.
Elle est accessible en tapant la ligne de commande sasassist (à partir d'un Terminal).

Cette application fait appel au module SAS/ASSIST qui n'est pas accessible lorsqu'on lance sas par défaut.

La commande sasassist permet d'utiliser un SAS de base et les modules GRAPH, STAT et ASSIST.

L'application SAS/Analyst ne sera plus disponible dans la prochaine version de SAS.

La derniere version de QTLMap est disponible depuis dga12 et dga11, elle est
accessible par la ligne de commande qtlmap.

• Cette version est une modification en profondeur de l'architecture
  applicative (suppression des variables globales au profit de structures
  objets définit par la norme 2003/2008). Cet apport est transparent pour
  l'utilisateur.
• Ajout du calcul des intervalles de confiance : Drop-off (par
  défaut), Hendge Li (par défaut), boostrap

Olivier Filangi
Fiche de QTLMap

Quatre forums sont proposés : Fortran, SAS, script et autres.

Les forums de ce projet permettent de poser des questions et de demander de l'aide à la cantonade, vers les utilisateurs du CTIG. Les administrateurs système du CTIG n'ont pas "obligation" d'y répondre contrairement aux demandes qui s'adresseront directement à eux.

Tout sujet de discussion (respectant les chartes signées et le "savoir vivre") concernant notre communauté des utilisateurs du CTIG est accepté.

Si vous ne souhaitez pas recevoir tous les mails de mise à jour des forums, voir comment fait dans message#66.

La version 3.4.0 du produit d'archivage ADA a été installée le 7 janvier 2013, elle remplace la version 3.2.4, elle est accesible à partir de dga12.

Les détails sur la nouvelle version ici.