Cours "Dissection de la variabilité des caractères complexes à l'aide de puces SNP" 24-26 Juin 2013¶

Lundi 24 Juin¶

• Information sur le déroulement de la formation
• Quelques éléments sur l'analyse d'association
• Présentation du logiciel Robpower
• Présentation du logiciel Muller
• Caractéristiques de la population simulée pour les TP et sa Description

• TP RobPower et Muller : Calcul de la puissance de détection de QTL pour un échantillon donné ou un protocole expérimental en fonction de la méthode de détection utilisée (analyse d'association : régression, GRAMMAR, modèle mixte (EMMAX) et analyse familiale : QTDT) , de l'héritabilité du caractère et de la structure d'apparentement. Calcul des seuils de rejets des statistiques de test utilisées pour la recherche systématique de QTL sur le génome => Matériel pour le TP

Mardi 25 Juin¶

• Simuler une population à échantillonner et évaluer les meilleures stratégies pour faire évoluer et compléter un dispositif existant afin de gagner en précision et/ou en puissance de détection.
• Modèles non linéaires pour l'estimation conjointe, à l'échelle du génome, des effets de marqueurs SNP.

• TP LDSO : Simulations de populations d’étude à partir de dispositifs existants ou pour initier une étude de faisabilité, avec une ou deux populations / race dans le dispositif, différentes hypothèses sur la structure du déséquilibre de liaison et l’histoire des populations.
• TP GS3 : Estimation conjointe, à l'échelle du génome, des effets de marqueurs SNP.=>Matériel pour le TP

Mercredi 26 Juin¶

• Détection de QTL des dispositifs familiaux
• Analyse de liaison
• Joint association and linkage QTL mapping in (full) and half-sib families by regression
• Modèle de détection de QTL LD/LDLA prenant en compte des haplotypes d’origines différentes
• QTLmap et les données ayant une distribution non gaussienne

• TP QTLMap : mise en œuvre de quelques unes des options de QTLMap pour faire des analyses LA, LD ou LDLA dans un dispositif familial. => Matériel pour le TP

Disponibilité des programmes/logiciels¶

• QTLMap, GS3 et LDSO sont disponibles directement en ligne de commande sur les serveurs de calcul DGA11 et DGA12.
• Robpower est disponible sur le site qgsp: https://qgsp.jouy.inra.fr
• Muller est disponible (pour le moment) uniquement dans le matériel TP