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L'Accueil pour les nouveaux ...

La connexion

La charte des Utilisateurs du CTIG

Charte de bon usage des ressources informatiques du ctig
Vous avez signé la charte lors de la validation de votre compte.

Formulaires compte et projet

Formulaires compte et projet
Les demandes doivent être faites par les responsables ou correspondants informatiques, pour la SAGA contacter les personnes qui font les demandes de comptes.

Liste des réseaux connus du CTIG

Adresses IP des utilisateurs qui ont été déclarées puis autorisées sur les matériels réseaux par les administrateurs.

  • le site de la MNE à Paris
  • la SAGA et le LGC sur le centre INRA de Toulouse
  • les unités INRA du centre de Jouy
  • l'URA à Tours
  • l'Unité PEGASE à Rennes
  • l'URZ à Petit Bourg (Antilles)
  • le centre de Theix
  • …

Comment accéder à nos serveurs

Tous les détails dans la documentation technique, Fiche technique freenx .

Pour l'installation de FreeNX sur les ordinateurs personnels, n'oubliez pas d'ajouter les fontes lors de l'installation sous Windows.

L'accès reste possible en ligne de commande avec la commande ssh (à partir d'Unix) ou le client Putty (à partir de Windows).

Gestion du mot de passe

Composition du mot de passe :

Longueur minimale : 7, nombre de numérique minimum : 2, validation par rapport à un dictionnaire (de mot de passe les plus utilisés), pas de réutilisation des 3 derniers mots de passe.

Durée de validité du compte :

Pour les personnels non permanents : compte verrouillé automatiquement à la date de fin de contrat.

Nombre d'essais avant verrouillage : 5

Renouvellement du mot de passe :

- Tous les ans ;
- Un mail avertira avant le verrouillage tous les jours pendant 1 mois avant expiration (congés).

Sur quelques serveurs (dga7, dga3) le changement du mot de passe est obligatoire au bout de 6 semaines de non connexion.

==> Pour tout problème de connexion, contacter .

Serveurs

dga12 - serveur généraliste

Pour faire du calcul et de la gestion de données. C'est le serveur principal du CTIG. La plupart des utilisateurs ont un compte sur cette machine.

Introduction à dga12 (infos SGE) : Fiche technique dga12

dga11 - cluster

Un cluster est une grappe de serveurs (ou “ferme de calcul”) constituée de plusieurs serveurs similaires ou différents (appelés aussi noeuds) et partageant une baie de disques commune ainsi qu'un réseau de communication. Un système d'exploitation spécialisé, exploite les éléments du cluster pour gérer la répartition du calcul ou les traitements à réaliser .

L'accès au cluster se fait en cas d'un besoin de parallélisation important. L’ouverture d’un compte sur le cluster dga11 se fait dans le cadre d’un projet.

Pour les utilisateurs du cluster : documentations et plus ...

dga14 - FreeNX

Par défaut, un compte est créé sur le serveur dga14 qui permet d'accéder aux serveurs du CTIG à partir d'un accès itinérant (adresse réseau non déclarée au CTIG).

dga18 - serveur pour les indexations

Utilisation par les classes « index » du gestionnaire de travaux, ne propose pas d'interactivité.

dgaprod - production

Serveur pour le service production du CTIG.

Autres serveurs d'infrastructure

  • Serveur de stockage : baie NAS N3600 : ~ 35 To en RAID5
  • Authentification (LDAP) : ctig-ldap01 et 02
  • Sauvegarde : dgasp2
  • Archivage : ctig-arch + Baies SAN

Schéma de l'environnement du CTIG

Caractéristiques techniques des serveurs

Les logiciels

Langages

dga12 dga11 dga18 dga5 dga7
XL Fortran for AIX
Intel Fortran 12.0.2.137 11.1.059 12.0.2.137 (juste les librairies)
gfortran 4.4.6 4.4.6 4.4.6
g95
C for AIX 6.0.0.6
GNU C 4.4.6 4.4.6 4.4.6
Java 1.6 1.6 1.6
perl 5.12.3 5.10.1 5.12.3
python 2.66 2.66 2.66 2.6

Aides au développement

La forge du département INRA de Génétique Animale : http://forge-dga.jouy.inra.fr/

Une forge est un système dédié à la gestion de projets, essentiellement informatiques, au travers d'une interface web. Les principales fonctionnalités de cette forge sont, pour chaque projet, une gestion des membres du projet avec différents rôles définis, un wiki, une gestion de "ticket" pour suivre les remontées de bugs ou de nouveaux développements. Le système de gestion de version 'SVN' est inclus dans ce système, permettant un meilleur suivi des versions des développements.
Le fonctionnement de la forge est assuré par le CTIG qui prend en charge l'hébergement et l'administration système de la machine, et par le CATI SICPA, responsable de l'administration web et du support utilisateur.

dga12 dga11 dga18 dga5
Aides à la programmation
idebug
NAG 22 22

Outils statistiques

dga12 dga11 dga18 notes
SAS 9.2 9.2
R 3.0.0 2.15.1 2.15.0 2.14.2 3.0.0 2.15.1 2.15.0 2.14.2 3.0.0 2.15.1 2.15.0 2.14.2 sur dga12, dga18 et dga11 les versions N-1 et N-2 sont accessibles, respectivement, par les commandes R-1 et R-2. R-3 correspond à la version 3.0.0
Splus Remplacé par R sur dga12
Matlab Non reconduit sur dga12

Outils génétiques du DGA

https://qgp.jouy.inra.fr/

La BAO : organisation des logiciels concernant les développeurs

dga11 dga5 dga12
GENEKIT 30/06/2011
GS3 ?? 2.2.3
gsevm
QTLMap 0.9.6 0.9.6
TM x
PLS4SNP 0.0.2 (Apr.02.2013) 0.0.2 (Apr.02.2013)
LDSO 1.0.2 1.0.2
RobPower 1.0.0 1.0.0

Outils génétiques Extérieurs au DGA

dga12 dga11 dga18 dga5
ASReml 3.0 3.0
crEDC 5e 5e
Cri-Map 2.503 2.503
FPC
PEST 4.2.6 4.2.6
PLINK 1.07
VCE 6.0.2 6.0.2
WOMBAT 01/11/2011 01/11/2011

Utilitaires

dga12 dga11
htop
LoadLeveler -> remplacé par SGE
SGE		 6.2 6.2
éditeur nedit 5.5 5.5
éditeur emacs 23.1.1 Version?

Autres

Sur dga5 :

Les bases de données BDIR et Infosnig

Les informations concernant les bases de données Indexation Recherche (BDIR) et l'infocentre des SNIG (Infosnig) pour l'IDELE sont disponibles ici.

Unix et Linux

Démarrer avec les commandes Linux pour l'utilisateur :
  • B.A.-ba pour l'utilisation d'Unix au CTIG
  • Aide-mémoire des commandes Linux
  • Autres Question-Réponse ...

Les services

Les espaces disques

Les sauvegardes

L'archivage

Les impressions ...

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